L'agent Fox Mulder du FBI découvre l'existence des dossiers non classés, qui, selon lui ne peuvent être résolus par une approche classique Le FBI, inquiet de ces potentielles découvertes, fait appel a l'agent Dana Scully pour « surveiller Mulder le martien ». Tout deux partent pour l'Oregon afin d'enquêter sur une mystérieuse série de disparitions.

Mulder et Scully enquêtent sur la disparition d'un pilote d?essai. Mulder est alors contacté par un informateur « anonyme » : Gorge Profonde, qui lui conseille d?abandonner ses recherches, pour sa propre sécurité.

Plusieurs victimes ont eu le foie arraché à mains nues sans qu'aucune effraction n'ait été détectée. Mulder et Scully sont sur la piste d'Eugene Victor Tooms, un homme capable de déformer son corps et de s'introduire dans un conduit de cheminée ou d'aération, par exemple. Ce monstre sous son apparence de jeune homme est en fait centenaire et doit sa longévité aux 5 foies qu'il absorbe tous les 25 ans ! Scully va ainsi se retrouver prise au piège par Tooms...

Au bord d?un lac, une adolescente disparaît au milieu d?une lumière aveuglante. A ce même endroit, il y a plusieurs années, un OVNI était apparu. Mulder relie ces enlèvements a celui de sa soeur, survenu quand il était enfant?

Un vagabond a été assassiné. Son corps, dépecé a été découvert dans un bois du New Jersey. Mulder relie ce meurtre a d'autres perpètrés en 1947.

Apres le choc du décès de son patron, Lauren Kyte est agressée par deux inconnus. Plus tard, Mulder et Scully sont à la morgue du Maryland. Là, deux morts posent problème car leur gorge a été écrasée de l'intérieur. Selon Mulder les deux hommes ont été tués par la télékinésie.

Au siège d'Eurisko World, multinationale spécialisée dans la haute technologie, le PDG est mort par « électrocution » commandée dans les toilettes de l'étage 29. Le principal suspect : la tête chercheuse du groupe, un éminent scientifique qui aurait crée une intelligence artificielle destructrice.

Mulder et Scully se rendent en Alaska pour élucider deux meurtres suivis du suicide des deux meurtriers. Avant de céder à cette pulsion meurtrière, les deux hommes travaillaient ensemble sur un ver capable d'influencer les comportements humains.

Nos deux agents du FBI enquêtent sur le sabotage d?une navette spatiale, qui aurait été commis par « un fantome de Mars », ramené sur Terre par un astronaute.

Mulder et Scully enquêtent sur le lieu présumé d'un crash d'OVNI, que Mulder soupçonne le gouvernement de vouloir étouffer. Il va faire la rencontre de Max fenig, qu'il retrouvera a la morgue dans Tempus Fugit (dans la quatrième saison).

Deux meurtres ont été commis a deux endroits differents : Seul(s) point(s) commun(s) : deux fillettes clonées et une scientifique jouant a Dieu.

Mulder et Scully sont confrontés a un homme capable d'enflammer les objets par simple touché. Mulder a pour seconde coéquipière une ancienne connaissance assez intime. Pour résoudre cette enquête, il devra vaincre sa peur du feu.

Le père de Scully est mort ! Mulder doit affronter un tueur psychopathe tandis que Scully se remet progressivement.

Une personne est capable de se transformer en homme et en femme. Mulder et Scully vont suivre une piste qui les mènera chez des Hammish.

Un agent du FBI et un voleur de banque sont tous les deux abattus durant un braquage. Le voleur décède, mais l'agent commence à endosser la personnalité du criminel.

Mulder est confronté a un homme qu'il pensait mort. Il est revenu pour se venger mais a subi des tests qui lui ont donné une main de salamandre et qui l'ont rajeunis de 10 ans.

Mulder et Scully découvrent les preuves que le gouvernement tente d?étouffer une affaire de crash, quand ils apprennent qu'un OVNI a été abattu en Irak et a été transporté en secret aux Etats-Unis.

Mulder et Scully découvrent un homme dont le pouvoir de guérisseur est tantôt positif, c'est à dire qu?il peut sauver des vies, tantôt négatif, en tuant des gens.

Mulder et Scully se rendent dans une réserve indienne pour élucider des meurtres causes par une créature très féline.

Fox et Dana enquêtent sur la mystérieuse disparition d?une trentaine de bûcherons qui défrichaient une foret dans l'état de Washington. A leur arrivée sur les lieux, les agents du FBI sont accueillis par Larry, l'officier des eaux et forets, et Steve, le chef de la compagnie forestière. Là, ils découvrent qu'une malédiction s'est abattue sur les bûcherons des environs, quand ils ont coupé un arbre qu'ils auraient du laisser tranquille car il contenait en son centre des sortes de lucioles carnivores.

Eugène Victor Tomms parvient a sortir de la prison de haute sécurité ou il était enfermé, en se conduisant bien et en obtenant une libération pour bonne conduite, étant donné qu'il n'y a aucune preuve qu'il est le véritable meurtrier. Mulder décide de le surveiller jour et nuit pour l'empêcher de commettre de nouveaux meurtres. Tooms entreprend cependant de terminer le travail commencé avant son arrestation par Mulder et Scully. Cette fois ci, la fin sera plus sanglante.

Mulder et Scully ont ici affaire a une fillette douée du pouvoir de télékinésie et commettant des meurtres très spéciaux. Un ancien policier se serait réincarné en elle.

Un épisode aux couleurs de la physique ! En effet, Mulder et Scully enquêtent sur des meurtres perpètres dans un laboratoire de propulsion. Il est possible qu'un handicapé mental soit a l'origine de ces « accidents ».

Gorge Profonde indique à Mulder un lieu ou ce dernier découvre que le gouvernement se sert de cobayes humains pour expérimenter de l'ADN extraterrestre.