Scully et le petit William se portent bien. Mulder, lui a disparu sans laisser de trace. Doggett et Reyes sont maintenant affectés officiellement aux affaires non classées. Ensemble, ils vont découvrir que la vidéo de surveillance du sous-sol du FBI, celui ou Krycek et Rohrer sont censés être morts a disparu. Doggett va découvrir qu'une de ses anciennes amies pourrait bien être un Super Soldat.

La jeune femme qui a noyé deux personnes est Shannon Mac Mahon. C'est un Super Soldat, mais du bon côté, selon ses dires. Elle prétend qu'elle a sauvé la vie de John et qu'elle détient des informations sur le petit William.

Doggett et Reyes mènent ensemble leur première affaire non classée qui les guide jusqu'à des meurtres sataniques, apparemment dirigés par un prisonnier psychopathe qui harcèle John en le comparant sans cesse à Mulder.

Un assassin vicieux se promène entre les dimensions : dans l'une d'elles, Reyes a été égorgée et dans l'autre Doggett est tétraplégique. Entre temps, il collecte des langues pour faire de bons sandwiches à sa maman qui est malade...

Le trio enquête sur une mort suspecte. La cervelle d'un adolescent a été aspirée par ce qui semble être un essaim de mouches dirigé par un autre adolescent.

Alors qu'elle consulte ses mails dans un cybercafé, Scully a des nouvelles de Mulder qui prévoit son retour imminent. Elle est aussi le témoin d'une dispute entre un homme et sa femme, à propos de leur bébé qui ne serait pas comme les autres.

Doggett se réveille au Mexique sans aucun souvenir. Il se fait appréhender par un policier qui le met en prison car il n'a plus aucun papier sur lui. Il est considéré comme un clandestin. Il va être libéré et va devoir travailler pour un homme qui en sait probablement beaucoup plus qu'il n'en dit sur sa perte de mémoire. De son côté, Reyes met tout en œuvre pour le retrouver. Elle va découvrir que Doggett enquêtait sur un puissant cartel de la drogue et qu'on aurait pu le priver de sa mémoire pour le rendre moins gênant.

Reyes se sent particulièrement impliquée dans une affaire de meurtres où toutes les victimes ont été écorchées vives.

Follmer fait mystérieusement appel à Scully et lui demande si elle connaît le type d'inscription vues dans Biogenesis. Dans le même temps, un motard qui tentait de traverser la frontière canadienne est mortellement blessé, mais ressuscite au contact d'un artefact. Il entreprend alors de tuer le bébé de Scully.

L'homme qui a tenté de tuer William a voulu se justifier en disant que ce bébé devait mourir pour ne pas qu'ils l'aient. Ce "ils" est les membres d'une secte ufologique qui parvient finalement a kidnapper William. Le petit est emmené et posé sur le vaisseau d'où provient l'artefact.

Monica a raccompagné John chez lui. En repartant elle a un très grave accident de voiture et se retrouve dans le coma. Elle se réveille dans un hôpital quasiment désert. Il y a cependant une infirmière, Audrey Pauley, qui a le pouvoir de voyager entre ce monde et le monde réel.

Il y a longtemps, Doggett a fait arrêter un meurtrier qui va bientôt être relâché. Il va devoir prouver qu'il est loin d'être innocent et qu'il tuera a la première occasion.

Le trio aidé de la numérologie et d'un italien très joueur doit arrêter un dangereux tueur.

L'agent Leila Harrisson est de retour pour demander un service à Scully. Leila, Monica et John vont se retrouver coincés dans une maison apparemment habitée de monstres se cachant sous le lit d'un enfant.

Morris Fletcher, escroc né, appâte le trio avec une histoire de super Soldats. Les Lone Gunmen doivent supporter cet énergumène pour mettre la main sur un bio terroriste qui menace de répandre une toxine mortelle.

Un inconnu suit Scully et entre par effraction au FBI où il assomme Doggett mais ne parvient pas à s'échapper. Il a le visage atrocement défiguré et prétend venir de la part de Mulder. Scully a un affreux doute : et si c'était Mulder lui-même ?

Un jeune élève de Scully présente de stupéfiantes qualités de clairvoyance. Il prétend aussi qu'il détient des informations sur la mort de Luke Doggett, le fils de John.

Dana, John et Monica enquêtent sur un fan d'une série des années 1970, doté d'un pouvoir de télékinésie qu'il ne peut contrôler. Son ancien psychiatre et le trio décident de l'aider à maîtriser son pouvoir et met ainsi au grand jour la preuve d'une affaire non classée.

Un hélicoptère se pose sur une base militaire : un petit groupe en descend dont l'agent Fox Mulder. Il s'introduit dans l'ordinateur central et découvre quelque chose. Il est terrifié et alors qu'il tente de sortir, il tombe nez a nez avec tout d'abord Krycek, qui n'est qu'une illusion, puis Knowle Rohrer, bien vivant.

Mulder pénètre dans une zone sécurisée. Sur un ordinateur, il découvre une information capitale. Mais avant qu'il ait pu faire quoi que ce soit, Knowle Rohrer le trouve. Les deux hommes se battent. Mulder ne doit son salut qu'à l'intervention de Krycek...