Dunham est retenue dans une installation à l'intérieur de la statue de la Liberté et est soumise à un traitement expérimental mené par le Brandon de cet univers et destiné à remplacer ses souvenirs avec ceux de l'Olivia Dunham de cet univers. Le traitement semble inefficace et Walter-ego ordonne qu'une dose plus importante lui soit administrée malgré les risques. Lors de ce traitement, elle parvient à s'échapper, nage jusqu'à la terre ferme et prend Henry, un chauffeur de taxi en otage. Au début, Henry ne croit pas les élucubrations de Dunham mais coopère sous la contrainte. Dunham le force ensuite à la conduire à l'opéra où son groupe est parvenu à retourner dans leur univers. Mais elle arrive juste au moment où le quartier est scellé et mis en quarantaine dans de l'ambre. La division Fringe de l'univers alternatif parvient finalement à la retrouver à une pompe à essence et envoie une équipe pour la récupérer. Dunham et Henry s'échappent du piège de Lincoln Lee et Charlie Francis en tirant très précisément sur une citerne d'essence. Walterego explique que cela résulte du transfert des souvenirs de l'Olivia Dunham de l'univers alternatif qui est médaillée d'or du tir de précision aux Jeux olympiques. Dunham se dirige alors vers le bâtiment de Massive Dynamic pour découvrir qu'il n'existe pas. Elle décide de forcer le conducteur de taxi à un endroit qu'elle croit être une planque, mais qui s'avère être la maison de la mère de la Dunham de cet univers, Marilyn. Dunham déclare à Marilyn qu'elle ne sont pas mère et fille, que sa mère est morte quand elle n'avait que quatorze ans et qu'elle n'a jamais mis les pieds dans cette maison. Marilyn demande alors comment Dunham a pu arriver à cet endroit si elle ne le connaissait pas, ce qui force Dunham à remettre son identité en question. L'agent Francis de cet univers arrive à la maison à la recherche de Dunham et celle-ci accepte de le suivre et de travailler avec la section Fringe de cet univers. Le Brandon de l'univers alternatif suggère à Walterego que l'adrénaline produite par son évasion a activé le traitement en le faisant passer la barrière hémato-encéphalique. Walter-ego révèle qu'en convaincant Dunham qu'elle est bel et bien l'agent de cet univers et donc en gagnant son respect, ils pourront avoir une idée plus précise de son don lui permettant de voyager à travers les univers.

Newton confie une mission à l'Olivia Dunham de l'univers alternatif. Lors d'une enquête, la division Fringe recherche une mystérieuse boîte, que trois cambrioleurs ont déterré du sous-sol d'une maison de banlieue. À l'ouverture de la boîte, toutes les personnes présentes dans l'habitation, sauf une, sont entrées en transe avant de mourir. Parallèlement, Walter et Peter se rendent dans les locaux de Massive Dynamic pour la lecture du testament de William Bell, qui a confié deux enveloppes, une à Nina Sharp, l'autre pour Walter. Ce dernier refuse de dire ce qu'elle contient. Après plusieurs recherches, Walter suppose que la boîte, une fois ouverte, émet un son particulier qui provoque l'état de transe. Olivia et Peter enquêtent sur les cambrioleurs et découvrent l'existence du troisième homme, qui s'échappe en repérant Olivia. De son côté, Newton est contrarié : la boîte est justement l'objet qu'il recherchait. Le soir même, le dernier cambrioleur se rend chez Olivia pour lui remettre la boîte. Elle comprend que sa survie est due à sa surdité et le tue après avoir remis la boîte à Newton, mais Peter fait irruption quand elle veut se débarrasser du corps. Ils sont interrompus quand Newton provoque un attentat en laissant la boîte dans une bouche de métro. Walter a une idée pour aller chercher la boîte : utiliser la détonation d'une arme à feu pour assourdir temporairement la personne qui désactivera la boîte. Peter se désigne, Olivia l'assourdit. Peter parvient à débrancher le générateur avant qu'Olivia ne le sauve d'une rame de métro arrivante. Peter reconnait la boîte comme faisant partie de la machine que Walter-ego cherchait à construire. Walter, de son côté, confie son secret à Astrid : William Bell lui a légué Massive Dynamic.

Deux personnes meurent dans des accidents de bus. La division Fringe de l'autre côté enquête, car il semblerait qu'un homme provoque ces accidents volontairement. C'est la première affaire pour la nouvelle Olivia, dont Broyles apprend enfin les véritables raisons de l'intégration : obtenir des informations sur l'autre monde. Olivia, Francis et Lee, qui guérit encore de ses brûlures, vont sur les lieux des accidents, et découvrent un point commun : un stylo-bille par terre, objet devenu obsolète et qui aurait été la cause d'une réaction en chaîne provoquant les accidents. Dunham repère d'ailleurs un suspect sur les lieux, qui s'enfuit de façon similaire : en provoquant une suite d'événements incertains. La division Fringe retrouve rapidement les traces de cet homme : cet homme, Milo, était un handicapé mental grave, qui a subi des expériences sur des nootropiques ayant décuplé son quotient intellectuel. Il utilise désormais ses nouvelles facultés pour tuer les personnes impliquées dans son traitement. Après l'avoir retrouvé par sa sœur, Dunham le poursuit sans savoir que Milo a déjà calculé qu'elle mourra écrasée par des parpaings renversés par un plateau pendant la poursuite. Sa tentative échoue, ignorant une variable — le fait qu'elle ne connaisse pas tout du monde alternatif —, et il est donc arrêté et enfermé dans une cellule pour y utiliser ses facultés, l'effet des nootropiques étant désormais irréversible. Cependant, Dunham a des hallucinations de son passé sur le monde original, et elle comprend finalement, à travers une vision de Peter, qu'elle n'est pas de cet univers.

Le sénateur James Van Horn a eu un accident de voiture. Broyles, ami de longue date, vient le voir à l'hôpital avant d'y retrouver Newton, qui tente de l'enlever, et de découvrir que Van Horn a été remplacé par un métamorphe. Walter, nouveau directeur de Massive Dynamic, compte utiliser ses nouveaux moyens pour étudier le corps. Walter ne découvre que trop tard que la mémoire du métamorphe est situé dans le bas de sa colonne vertébrale. Un autre métamorphe - qui s'est laissé séduire par sa vie de couverture - récupére le disque dur et le remet à Newton avant de se faire éliminer par celui-ci. Newton est pris en chasse par Dunham et Peter. Il est capturé au terme d'une course poursuite où Peter remarque l'hésitation d'Olivia à tirer sur le métamorphe. Dunham récupère le disque dur avant Peter et le dissimule. Elle rend plus tard visite à Newton dans sa cellule et lui remet une petite carte, ce qui lui permettra quelques instants après de se suicider.

Alors que l'agent Dunham accepte de subir des expériences sur le voyage entre les mondes, la division Fringe apprend qu'un homme aurait été libéré de l'ambre d'un site de quarantaine et qu'il serait en vie.

À travers les États-Unis, vingt personnes perdent totalement la mémoire après avoir capté un signal radio dictant une série de nombres en néerlandais. Pendant ce temps, Walter reproche à Peter de continuer à travailler sur les plans de la machine de Walter-ego. Peter, accompagné de l'Olivia de l'autre réalité rendent visite au libraire de Peter qui leur confie un livre rare évoquant la fameuse série de nombre radiodiffusée depuis bien avant l'invention de la radio. Ce livre évoque des êtres présentés comme les "premiers êtres" à avoir vécu sur terre avant l'apparition de l'homo sapiens et qui avaient réussi à concevoir le "vide", une capacité à la création comme à la destruction. Astrid et Walter se penchent sur le décodage de cette série de nombres. Olivia tente de convaincre Walter d'aider Peter à étudier l'engin de l'autre réalité. Elle demande aussi à Nina de massive dynamic de convaincre aussi Walter. Astrid parvient à craquer le code, les nombres sont des latitudes et longitudes indiquant des lieux bien précis à travers toute la planéte, 28 au total. Peter fait organiser des fouilles à l'emplacement le plus proche. l'équipe découvre enfoui sous terre un immense sarcophage renfermant ce qui semble être une partie de l'engin déjà construit par le Walter de l'autre réalité. devant cette découverte Walter décide d'aider Peter à construire l'engin afin de comprendre son fonctionnement. Astrid découvre au même moment qu'un des emplacements correspond à l'endroit où la boîte à ultrasons mortelle du deuxième épisode a été déterrée. Olivia fait son rapport et il lui est demandé de passer à la phase deux.

La section Fringe enquête sur des enlèvements, dont les premiers indices indiquent le retour d'un criminel surnommé l'Homme-aux-Bonbons. Le fils du colonel Broyles en a été victime deux ans auparavant, et reste très concerné : les victimes ont fini dans un état de santé déplorable. Olivia suspecte rapidement que l'homme prélèverait des hormones de l'hypophyse de ses victimes pour créer un sérum de jeunesse. Elle veut interroger Christopher, le fils de Broyles, et malgré la colère de l'agent, elle parvient à le mettre en confiance et obtenir des informations qui la mène vers un fidèle d'un groupe religieux, dirigé par un ancien médecin. Olivia finit par retrouver à temps l'enfant enlevé, et comprend plus tard que le gourou médecin est en fait l'initiateur de ce projet. Broyles fait comprendre à Olivia qu'il sait qu'elle reste convaincue de ne pas faire partie de sa réalité à lui mais il la laisse partir puisqu'elle l'a aidé à sauver son fils. Olivia se rend sur Liberty Island avec l'aide de Henry, le chauffeur de taxi. Elle rentre dans le caisson pour tenter de repartir de l'autre côté. Elle est récupérée in extremis par les soldats de Walter-ego mais durant le laps de temps qu'elle passe dans sa réalité elle demande à une femme de ménage de passer un message à Peter Bishop.

Le colonel Broyles se demande quoi faire : sauver Dunham en la renvoyant de l'autre côté ou aider Walter-ego à détruire l'univers originel. Après en avoir parlé avec sa femme, il choisit d'épauler Dunham. Ils s'infiltrent donc dans le laboratoire de la Statue de la Liberté, où Dunham découvre le réservoir d'eau vide, ainsi que des poches de Cortexiphan. Ayant besoin de privation sensorielle pour traverser à travers les univers, elle décide de partir dans l'ancien laboratoire de Walter-ego à Boston, où elle espère retrouver un autre réservoir. Par chance, il y en a un. Mais quand elle s'apprête à plonger dedans, les hommes de Walter-ego arrivent, ayant poursuivi Broyles grâce à des implants sous-cutanés. L'épisode se conclut par le retour des deux Dunham dans leurs univers respectifs, mais le voyage de Dunham dans l'univers alternatif a entraîné le transfert du cadavre de Broyles de son univers, tué par les militaires à leurs trousses.

Dunham fait son retour dans la section Fringe, et fait son rapport sur l'objectif de Walter-ego. Elle parvient à convaincre Broyles de revenir dans le service actif, où elle reçoit rapidement une nouvelle affaire : un homme a été retrouvé dans une maison, la poitrine ouverte et le cœur retiré, mais encore en vie. Walter est perplexe de voir qu'à son arrivée, la rigidité cadavérique n'est pas installée. Rapidement, de nouveaux dossiers montrent qu'une personne cherche des organes greffés, provenant du même donneur. Dans le même temps, Dunham apprend que Peter et son double ont eu une liaison. Si elle semble bien le prendre, elle n'arrive pas à se réapproprier son quotidien : son appartement, ses vêtements… Pendant que Peter et Dunham recherchent l'identité du donneur, Walter travaille sur le cadavre et ressort un de ses vieux projets pour comprendre l'objectif du voleur d'organes. Ils comprennent finalement que le coupable cherche à reconstituer le corps de la donneuse, une danseuse de 17 ans qui s'est suicidée, pour la ressusciter. Peter et Dunham retrouvent l'homme, qui a fait partie du même groupe de soutien aux dépressifs, et qui est parvenu à développer un sérum de régénération cellulaire. L'équipe de la section Fringe les retrouve chez l'homme, qui a pris peur après être parvenu à redonner brièvement la vie à la danseuse, ne la reconnaissant pas. Dunham est profondément touchée par ses mots, et avoue à Peter qu'elle ne comprend pas comment il n'a pas pu voir la différence entre elle et son double. L'épisode se conclut sur Peter et Walter, observés à distance par l'Observateur, qui téléphone à quelqu'un et lui dit qu'il « le » recherche encore et qu'« il » est vivant.

Walter travaille sur un sérum qui lui permettrait de régénérer les parties manquantes de son cerveau quand la section Fringe est appelée dans une maison de repos, où un patient somnambule a reçu la visite de son fils, pourtant décédé en 1985. La visite est d'autant plus intéressante que le jeune garçon était accompagné de l'Observateur. Olivia et Peter doivent re-travailler ensemble, alors que l'Olivia de l'autre monde reste dans les souvenirs de tous. Walter ne cache pas sa joie quand il découvre qui est le patient : Roscoe Joyce, le pianiste de son groupe préféré. Il décide de tenter une technique d'hypnose immersive pour lui remémorer ses souvenirs, et pour cela, l'amène à son laboratoire. L'expérience fonctionne : le message était que Roscoe doit aider Walter Bishop. Pendant ce temps, l'Observateur est intervenu dans une tentative de cambriolage en mettant à terre les malfrats et en sauvant la vendeuse d'une crise d'asthme, mais il part avec l'inhalateur. Plus tard, après une conversation avec un de ses « collègues », il vole une voiture, et enfin, rend visite à Walter pour lui expliquer une partie de son plan : rétablir l'équilibre entre les mondes qu'ils ont perturbé quand Walter a traversé les mondes et quand l'Observateur les a sauvés du lac gelé. Il lui raconte également une histoire selon laquelle Peter, en s'emparant d'une luciole, a provoqué une réaction en chaîne qui a conduit à la mort d'un homme, renversé par un camion. Walter comprend un peu plus tard que le jeune homme était le fils de Roscoe, et que l'Observateur l'a fait voyager dans le temps pour lui délivrer son message. Rapidement, les événements que l'Observateur a initiés arrivent : il provoque un accident de voiture (avec le pick-up qu'il a volé), choquant la vendeuse qui fait une nouvelle crise d'asthme. Sans inhalateur, Walter doit intervenir, mais il doit pour cela laisser partir Peter à ses trousses, au risque de le voir mourir. Walter sauve la vendeuse, et finalement, Peter ne reçoit d'une décharge électrique de l'arme de l'Observateur qui lui donne la migraine. Mais cette migraine pousse Peter à prendre plus tard une aspirine et du lait, dans lequel se trouvait le sérum. Peter convulse avant qu'Olivia ne le sauve grâce à Walter. Walter y voit là ce que l'Observateur voulait provoquer : sauver Walter d'un empoisonnement. Mais en réalité, il cherchait à savoir si Walter était prêt à laisser mourir Peter, ce qui est le cas.

Dunham, Broyles et les Bishop sont amenés dans un hangar détenu par Massive Dynamic pour étudier la machine que souhaite construire Walter-ego, et que d'éminents scientifiques n'arrivent pas à comprendre. Mais peu après leur arrivée, le sol tremble et la machine se met en mouvement alors que Peter commence à saigner du nez. L'équipe médicale de Massive Dynamic fait quelques examens sur Peter pendant que Walter relit un roman qui serait la chronique d'une civilisation disparue. Mais la section Fringe est demandée quand le corps d'un métamorphe est retrouvé dans une fontaine. La liste des noms serait en fait cachée dans les données que le double de Dunham a laissées derrière elles, ce qui indiquerait l'existence d'une taupe. Dunham et Peter n'y ont pas accès, le dossier contenant aussi un journal intime de « Fauxlivia ». Un autre métamorphe est identifié : le docteur Falcon, le médecin qui a supervisé les examens de Peter. Ce métamorphe est retrouvé mort. Walter, qui cherche toujours à régénérer son cerveau, mène l'autopsie, et découvre du sang de l'assassin. Il s'agit en réalité de Peter. Dunham cherche à se rendre utile et force Farnsworth à la laisser étudier le dossier de Fauxlivia, espérant comprendre la logique de son double. Finalement, alors que Walter comprend que l'assassin est son fils, Dunham trouve l'astuce qui lui permet de retrouver les noms des métamorphes. Walter sauve Peter du dernier métamorphe, et tous deux gardent le secret. Walter a en effet peur que le fait d'avoir approché la machine ait changé son fils en tueur implacable. L'épisode se conclut sur Nina Sharp, qui a réuni les derniers exemplaires du roman, et apprend que William Bell cherchait déjà à les obtenir.

Nina Sharp fouille dans les dernières affaires de William Bell pour y retrouver de vieux souvenirs de leur relation, mais aussi un autre exemplaire des Premiers Hommes. Nina et Olivia, dont la relation avec Peter est toujours tendue, se confient un peu l'une à l'autre à propos de leurs relations quand une affaire les appellent : le docteur Warren Blake est retrouvé mort dans son bureau, sans squelette. Walter détermine rapidement que la substance, sous forme d'une forme bleue, s'attaque directement aux os. Les premières recherches les mènent sur un projet initié par Walter et William Bell, et abandonné depuis, mais l'armée aurait engagé des hommes comme cobayes. En effet, l'homme qui a envoyé le colis est identifié comme un ancien militaire, Aaron Downey. Quand il le retrouve, la division Fringe découvre que plusieurs doses du produit ont disparu, mais dans sa fuite, le suspect est renversé par une voiture, et sombre dans un coma profond. Walter a alors une idée, mais préfère la garder pour lui. Olivia et Peter rencontre la femme de Downey pour en apprendre un peu plus sur le projet : ils auraient été vaccinés contre une toxine expérimentale qui a eu pour effet secondaire de développer chez eux un agent pathogène qui a détruit le squelette de leurs bébés avant leur naissance. Peter et Olivia rejoignent ensuite Walter qui leur révèle son atout : Simon Phillips, un ancien cobaye que Walter a supprimé de ses dossiers, mais qui a développé des talents de télépathe. Malheureusement pour lui, il n'a aucun contrôle sur son pouvoir et vit depuis reclus dans le Vermont. Olivia, que Simon n'arrive pas à lire à cause du cortexiphan, le convainc de les aider. Au même moment, trois autres scientifiques meurent. Simon est emmené à Boston, où il parvient à tirer des bribes d'informations de l'esprit confus de Downey. La division Fringe découvre ainsi le projet Méduse, dont il reste deux survivants. Dans la ferme qu'ils ont reçu en compensation, le FBI découvre que les deux hommes projettent de tuer le dernier responsable, un candidat au Sénat, lors d'une collecte de fonds dans un musée. Grâce à Simon, Olivia démasque les deux bio-terroristes et les tuent à temps. Quand Olivia raccompagne Simon chez lui, elle essaie de le convaincre de vivre sa vie malgré son pouvoir, mais il lui remet une lettre. À Boston, Nina Sharp découvre que l'auteur des différentes éditions du livre « Les Premiers Hommes » est en fait Samuel Weiss, le tenant du bowling qui avait aidé Olivia à surmonter son accident. Celui-ci l'avoue et révèle que la machine ne fonctionnera que grâce à Peter et provoquera la destruction d'un deux mondes, selon les sentiments qu'il aura pour Olivia ou FauxLivia. La fin de l'épisode laisse un doute sur le choix de Peter, quand Olivia lit le mot laissé par Simon, qui a lu les pensées de Peter : « Il a encore des sentiments pour elle. »

FauxLivia retrouve son compagnon, parti depuis plusieurs mois et qui ignore tout de sa mission dans l'univers originel. Au même endroit, un homme fait boire une substance à son voisin, qui provoque chez lui une nausée et l'éclosion d'insectes dans le corps. Avec la disparition de Broyles, dont la raison demeure secrète, c'est Lincoln qui dirige maintenant la division Fringe. Après avoir écarté le risque d'une épidémie, il cherche à faire identifier les insectes, qui seraient des dendroctones mais d'une espèce disparue avec les moutons dans cet univers. Afin d'obtenir des informations, il diffuse un message qui permet de retrouver le nom d'un scientifique, le suspect, qui travaillait sur ses insectes pour développer un vaccin contre la grippe aviaire. Pendant ce temps, un deuxième corps est retrouvé, avec des insectes plus gros. Frank, le compagnon de FauxLivia, comprend alors qu'il continue à développer son vaccin en utilisant des cobayes humains comme hôtes pour développer les insectes. FauxLivia et Lincoln retrouvent la trace d'Armand Silva, le scientifique, mais il parvient à les maîtriser et annonce qu'il est sur le point de terminer ses recherches en créant une reine dendroctone à une FauxLivia qui ressent des nausées. Frank prend les choses en main quand il arrive sur les lieux avant de comprendre ce qu'il se passe : Silva a développé la reine dans son corps, qui le tue en éclosant ; les nausées de FauxLivia sont en fait dues à une grossesse. Frank, qui venait de la demander en mariage, la quitte en découvrant qu'il n'est pas le père. Le lendemain, FauxLivia reçoit la visite de Walter-ego, qui se réjouit de savoir qu'il va avoir un petit enfant, qu'il compte utiliser pour faire revenir Peter.

Un immeuble connait d'étranges évènements, où les objets électriques s'allument spontanément, mais la division Fringe n'est appelée que lorsque sept personnes tombent simultanément d'un des balcons. Peter et Walter s'étonnent de voir qu'ils n'auraient pas sauté mais traversé le sol. Walter soupçonne l'apparition d'un vortex similaire à ce qu'il se passe dans le monde parallèle, mais Peter et Olivia cherchent à savoir pourquoi cet emplacement. Walter essaie aussi de réconcilier Olivia et Peter. Olivia semble la plus réticente, souffrant encore d'avoir été remplacée, mais Peter essaie de la convaincre. Alors qu'ils mesurent l'évolution du phénomène, Olivia et Peter se rapprochent, ce qui déclenche chez l'agent du FBI sa capacité à reconnaître les objets de l'autre monde et lui permet de comprendre que la responsable est une vieille locataire de l'immeuble qui a perdu son mari récemment. Olivia suppose que l'homme qu'elles voient ne serait pas un fantôme, mais le double « de l'autre côté » de son mari, qui aurait perdu sa femme. Leur relation si profonde perturberait l'équilibre quantique. Par prudence, Walter décide d'utiliser la solution de Walter-ego pour endiguer le phénomène : il demande à Massive Dynamic de recréer l'ambre. Alors que le vortex est sur le point d'apparaître, Olivia et Peter essaient plutôt d'ouvrir les yeux de la vieille femme, qui finit par comprendre que l'homme qu'elle voit n'est pas son mari quand il apprend qu'il a eu des enfants mais pas elle. Walter reste interdit quand il réalise qu'il a fini par se comporter comme son double. Olivia consent à se donner une chance avec Peter, alors qu'elle n'a plus d'appréhension. De l'autre côté, la division Fringe ne comprend pas ce qu'il s'est passé, alors qu'ils avaient repéré les prémices de la création d'un vortex.

En 1985, Peter Bishop, enfant, a conscience de ne pas appartenir à son monde malgré les mensonges de sa mère et de Walter. Pendant ce temps, Walter effectue des expériences sur différents enfants et plus particulièrement sur Olivia Dunham pour essayer de ramener son fils dans l'autre monde le plus rapidement possible. Quand Walter réalise qu'Olivia peut voyager entre les mondes, il essaie de comprendre comment sa capacité fonctionne. Il en vient à penser que le déclencheur serait un sentiment mêlé de peur et d'amour.

Pendant ce temps, dans l'autre monde, Walter essaie d'envisager toutes les possibilités expliquant ce qu'il s'est passé la nuit où son fils a disparu. Il sombre dans l'alcool et le travail, délaissant sa femme. Olivia s'enfuit et c'est Peter qui la retrouve. Lorsque Walter envisage de la renvoyer chez elle, où elle sait que son beau-père la frappera, elle court prévenir Peter, mais elle se rend dans l'autre monde par inadvertance, où elle met au courant Walter-ego de ce qu'il est advenu de son fils.

Walter cherche dans les anciens travaux de William Bell pour y trouver un moyen de ramener son esprit. Une nouvelle affaire de la division Fringe va mettre ses connaissances à rude épreuve : un cambrioleur a été abattu alors qu'il s'échappait, mais son corps flotte dans les airs. Son complice, lui aussi capable de voler, rejoint un homme qui lui promet d'arranger son état, mais il meurt avant. Olivia et Peter sont en couple et ont décidé de ne rien se cacher. Ils aident comme ils peuvent Walter à élucider ce mystère physique : le sang du cadavre, une fois soumis à nouveau à la gravitation terrestre, contient un fort taux d'osmium, le métal le plus lourd connu. Le FBI retrouve la trace du complice et découvre que le responsable utilise comme cobayes des personnes atteints de dystrophie musculaire. Au moment où Walter est sur le point de renoncer, il reçoit le soutien de Nina Sharp. Walter parvient ainsi à trouver que l'osmium est combiné à du lutécium, métal rare. La trace du métal permet de retrouver le coupable et son dernier cobaye. Il souhaitait utiliser sa découverte, qu'il n'explique pas, pour permettre à son fils de se lever de son fauteuil roulant. Peter avoue à Olivia qu'il possède les disques durs des métamorphes, qui contiennent des informations cryptées qu'il ne parvient pas à décoder. Au même moment, Walter explique à Nina Sharp que la molécule de métaux lourds qui flotte est une conséquence du déséquilibre qu'il a causé, mais qu'il aurait trouvé un moyen de ramener l'esprit de Bell. En effet, il revient, dans le corps d'Olivia.

L'esprit de William Bell est dans le corps d'Olivia, comme il l'avait planifié. Cette réincarnation réjouit Walter et met mal à l'aise Peter. Mais une affaire appelle la division Fringe : une femme a été vue se relevant d'une chute mortelle, et selon l'agent Lee de Hartford, ce ne serait pas son premier suicide. Les premiers résultats montrent qu'elle doit sa survie à son énergie magnétique interne qui a augmenté quand elle a été frappée par la foudre par deux fois. Elle se maintiendrait en vie en absorbant l'énergie vitale des personnes au moment de la mort. Bell, contrôlant toujours Olivia, cherche un moyen de trouver un corps capable de réceptionner son esprit au plus vite ; Lee et Peter sont donc les agents de terrain. Après enquête, il s'avère que Dana Gray, la suspecte, cherche à mourir avec des suicidaires. La division Fringe retrouve sa trace chez un autre suicidé mais elle n'aurait rien tenté. Le dernier mort a installé une bombe dans un train, et Lee comprend qu'elle veut mourir avec eux. Finalement, quand la police arrête le train, Dana fuit le train, laisse exploser la bombe dans un champ, où elle est retrouvée morte. Bell échafaude deux possibilités : soit l'explosion l'a libérée de son champ magnétique interne, soit il s'agissait de son destin que d'éviter le massacre. Mais le temps presse : la possession d'Olivia devient instable.

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