Le jeune magicien Merlin arrive à la cour de Camelot, envoyé là par sa mère pour débuter une nouvelle vie. Il est accueilli par Gaius, le médecin du château et découvre un royaume où l'usage de la magie est puni de mort, ce qui l'oblige à garder ses pouvoirs secrets. Mais lorsqu'il rencontre le Grand Dragon, retenu prisonnier dans une grotte, Merlin réalise qu'il occupe une place importante dans le destin du pays. Il lui incombe de protéger, par tous les moyens, le jeune Arthur, fils du roi Uther Pendragon, et lui même futur souverain. Mais le prince, personnage arrogant, n'apprécie guère la présence de Merlin...

Un chevalier, Valiant, arrive au château pour participer à un tournoi. Il est connu pour tenir son pouvoir d'un bouclier enchanté qui cause de graves blessures à ses adversaires. Merlin tente, en vain, d'avertir Arthur...

Une épidémie mortelle se propage sur Camelot. Selon Gaius, il s'agit de sorcellerie. Inquiet, le Roi mobilise ses hommes pour démasquer le coupable...

Nimue profite de l'arrivée au palais du Roi Bayard et de ses hommes, venus pour sceller leur traité de paix avec Camelot, pour s'immiscer dans le château. Elle met à exécution son plan destiné à empoisonner Merlin, pour le punir d'avoir fait échouer ses derniers projets...

Lancelot débarque à Camelot dans l'espoir de réaliser son rêve d'enfant : devenir chevalier de Camelot ! Après avoir sauvé la vie de Merlin, celui-ci va l'aider à arriver à ses fins.

Dame Morgana tombe mystérieusement malade et Gaius essaye en vain de la sauver, sans aucun résultat. Là, un homme brûlé au visage, dénommé Edwin fait son apparition en déclarant qu'il a en sa possession un remède universel. Il soigne Morgana en procédant à la magie et Merlin ne tarde pas à le découvrir. Edwin accuse Gaius de faute impardonnable qui aurait pu coûter la vie de plusieurs personnes. Uther prend donc la décision de la remplacer par Edwin qui lui à un remède universel pouvant tout guérir. Celui-ci profite de l'absence du précédent médecin pour tuer Uther car lors de la guerre contre la magie, le roi a assassiné les parents du défunt. Merlin arrivera-t-il à doubler le piège de Edwin? Arrivera-t-il à temps pour sauver Uther?

Morgana fait des cauchemars en permanence et Gaius révèle alors à Merlin le don de voyance de la Lady. L'arrivée d'un homme et de sa fille, Sophia, la trouble parce qu'elle a eu une vision de la jeune personne tuant Arthur. Contre toute attente, celui-ci tombe fou amoureux de Sophia et le couple prévoit de convoler en justes noces...

Un druide et son fils sont surpris à Camelot. Morgane et Merlin parviennent à cacher le jeune garçon mais les gardes d'Uther s'emparent de son père. Uther déclare que quiconque défendra l'enfant sera condamné à mort. Le Grand Dragon émet une sombre prophétie à propos du protégé de Merlin et ce dernier ne sait que penser...

La cérémonie initiatique d'Arthur est interrompue par l'arrivée d'un chevalier noir qui défie les hommes présents ; il les élimine un par un et semble imbattable. Gaius découvre qu'il s'agit du beau-frère d'Uther, décédé mais ramené à la vie par Nimue, qui veut venger sa soeur, morte en donnant naissance à Arthur. Merlin cherche une arme pour le vaincre...

Le village d'origine de Merlin est menacé par une bande de pillads menée par le chef Kanen qui vient puiser toutes leurs réserves. Uther ne peut intervenir sous peine de déclencher une guerre. Merlin décide de quitter Camelot pour aider son village. Morgana, Gwen et Arthur l'accompagnent...

Arthur tue une licorne et un sort s'abat sur Camelot. La ville est soudainement victime de famine et de sécheresse. Afin de conjurer le sortilège, Arthur doit se racheter. S'il ne le fait pas, Camelot est condamnée...

Le père de Gwen est emprisonné après avoir été surpris avec un sorcier, connu comme ennemi du roi.

Arthur part combattre, accompagné de Merlin et de quelques chevaliers, une créature légendaire qui terrorise et tue ceux allant dans les bois.