Un an après la fuite du dragon, Uther fait toujours rechercher Morgane, jusqu'au jour où Arthur et Merlin la retrouvent perdue en pleine forêt.

Merlin a été sauvé par le dragon, mais doit au plus vite déjouer les plans de Morgane et Morgause, qui attaquent Camelot.

Merlin relâche par erreur un gobelin dans Camelot. Le génie sème le trouble en prenant possession de Gaius pour s'approprier l'or du royaume.

Arthur et Merlin rencontrent dans une bagarre de taverne Gwaine, un combattant émérite qui découvre avec Merlin un complot contre Arthur.

Merlin découvre par hasard la Caverne des cristaux, qui lui montrent une partie du futur où Morgane tue Uther. Le sorcier hésite à prendre une vie pour sauver l'autre.

Uther tente d'arranger le mariage de son fils avec la princesse Elena. Merlin découvre qu'elle serait possédée et sous la surveillance d'un lutin.

Guenièvre et son frère sont enlevés par Cenred. Il fait alors une proposition à Guenièvre : il rendra la liberté à son frère que si elle lui livre Arthur.

Arthur se lance dans une quête qu'il doit accomplir seul et personnellement pour devenir roi. Merlin découvre que Morgane va tenter de le tuer pendant son périple.

Des guérisons miraculeuses dans Camelot indiquent à Gaius le retour d'Alice, son ancien amour. Merlin découvre cependant qu'elle est sous l'emprise d'une manticore, mais le médecin refuse de l'entendre.

Morgane a une prophétie où Guenièvre devient reine de Camelot aux côtés d'Arthur. Elle conçoit alors un plan machiavélique, où Merlin devra risquer sa vie pour sauver son amie.

Un tournoi ouvert est organisé à Camelot. Arthur y participe, rejoint par Uther sous l'impulsion de Morgana, mais Gaius et Merlin remarquent Gilli, un jeune participant à l'allure miséreuse qui gagne avec la magie.

Un chevalier découvre que la Coupe de la vie est aux mains des druides. Uther et Morgause se lancent donc à la quête de cet artefact qui pourrait peser lourd dans la bataille qu'ils se livrent, car elle peut rendre leurs armées immortelles.

Le règne de terreur de Morgane sur le trône de Camelot dure depuis une semaine. Mais avec l'aide de Merlin, Arthur va jeter les premières bases de sa légende, en réunissant ses premiers Chevaliers.