Raito Yagami, un lycéen de 17 ans, brillant élève en cours découvre un livre : la Death Note. Il appartient en fait à Ryuku, un dieu de la mort qui s'ennuie dans le monde des Shinigamis. Il l'a laissé tomber sur Terre. Le Death Note est un cahier qui tue tout ceux dont on écrit le nom à l'intérieur.

Après avoir tué plus d'une centaine de criminels à travers le monde, Raito commence à être crains et admiré en même temps de la population japonaise: il se fait maintenant appeler "kira" (le tueur) . Mais le premier vrai obstacle se dresse devant lui: L, le meilleur détective mondial fait son apparition afin de faire barrage à Kira avec la police japonaise. On nez voit néanmoins pas son visage et Raito prend conscience qu'il représente un danger pour son avenir.

Le père de Raito travaille dans la police, ce qui permet à Kira d'obtenir toutes les avancées de l'enquête et ainsi contourner toutes les théories de L. Ryuku avertit alors Raito que quelqu'un le surveille, il lui précise également que, s'il le souhaite, il peut obtenir des yeux de shinigami, ce qui lui permettrait de connaître aussitôt le nom de chaque personne qu'il verra. En échange, son espérance de vie diminuera de moitié.

Raito est surveillé par un agent du FBI. Enervé par cette constante surveillance il essaie de découvrir son nom pour le marquer sur la death note! En redoublant d'ingéniosité, il réussit à le découvrir (Ray Penbar) et découvre aussi par la même occasion qu'il peut, grâce a la death note, contrôler ses victimes plusieurs heures avant leur mort!!

Raito réussit à tuer Ray Penbar, en lui faisant donner avant, la liste de tous les agents du FBI. Suite à cette mort, les soupçons de L et de la police japonaise se tournent vers Raito L découvre aussi que kira peut tuer autrement qu'une crise cardiaque!!!

Face aux echecs de la police et de ses propores echecs, L décide de montrer son vrai visage à celle ci et ensemble, ils établissent un plan pour capturer Kira (des hypothèses du moins) Pendant ce temps là, Raito rencontre la fiancée de Ray Penbar, qui en a beaucoup découvert sur kira. Raito décide de l'accompagner pendant un petiot moment...

Raito, qui voit en la fiancée de Ray Penbar une menace pour son anonymat, tente de découvrir son prénom mais elle s'avère plus maligne que prévu mais il réussit quand même à le découvrir et utilise sa death note une fois de plus...

L qui a fait le rapprochement entre la mort de Ray Penbar et le fait qu'il surveillait Raito, décide de placer des caméras de surveillance dans toute la maison des Yagami... Raito, s'en aperçoit et redouble de vigilance.

Raito dois passer un examen: bien entendu, il arrive premier et doit faire un discours. Seulement voilà: un autre candidat a obtenu les mêmes résultats que lui et fait lui aussi un discours: Cet autre candidat n'est autre que L, qui, de plus en plus soupçonneux, a décidé de provoquer Raito sur le terrain: il lui avoue qu'il est L pour tester sa réaction et c'est la que la vrai confrontation commence.

Raito et L décident de faire un match de tennis ensemble: bien sur, ils ont tous les deux un très bon niveau et ce match n'a rien à voir avec leur "amitié": c'est juste une technique de L pour tester les réactions de Raito...bien sur ils en apprenent un peu plus sur eux mais apprennent aussi que le père de Raito a eu une crise cardiaque mais heureusement, elle n'était pas grave.

Des messages sont envoyés par Kira sur Sakura TV où il annonce la mort en direct de deux présentateurs. Les procédés étant différents de d'habitude, L déduit qu'il s'agit d'un faux Kira.

L demande à Raito de se faire passer pour Kira afin d'adresser un message au faux Kira qui est en fait Misa une célèbre mannequin. Accompagnée de Remu, son Shinigami, elle tente d'entrer en contact avec Kira.

Grâce à ses yeux de Shinigami, Misa identifie Raito. Elle décide d'aller à sa rencontre et lui promet de faire tout ce qu'il lui dira en remerciement pour avoir tué l'assassin de ses parents.

Raito aimerait que Remu tue L pour lui et il se rend compte à quel point le fait d'être vu avec Misa pourrait être dangereux.

L est persuadé que Misa est le 2ème Kira, il s'arrange alors pour la faire capturer. Remu qui ne supporte pas de la voir souffrir, lui propose de renoncer à sa Death Note afin qu'elle oublie les meurtres qu'elle a commis.

Raito décide de dire à L qu'il a peut-être été Kira et il se retrouve ainsi enfermé. Cette manœuvre prouvera si oui ou non Raito EST Kira. Cependant, Raito renonce à son tour à sa Death Note et jure qu'il n'a jamais pu être Kira. De plus, les crimes qui s'étaient arrêtés reprennent de plus belle.

Le père de Raito veut absolument faire libérer son fils, L lui demande alors de le tuer. Ayant passé le test, Raito et Misa sont autorisés à sortir mais seront surveillés en permanence. D'ailleurs, L va jusqu'à s'attacher avec Raito car il continue à croire en sa double personnalité.

L'équipe s'installe dans un nouveau QG et grâce aux crimes commis pas Kira, ils s'intéressent aux activités de la société Yostuba. L engage Aiber et Weddy, un escroc et une voleuse, pour les aider.

Le jeune inspecteur Matsuda se sentant inutile pour l'enquête décide d'aller espioner la société Yotsuba tout seul.

L'équipe réussit à enregister une réunion secrète de Yotsuba. L veut attendre avant d'agir ce que le reste de l'équipe n'approuve pas, il se sert alors de Misa pour forcer la main à Raito.

Misa retrouve la mémoire grâce à Remu qui lui fait toucher une feuille de sa Death Note. Elle obtient rapidement un rendez-vous avec Higuchi qui s'avère être le nouveau Kira.

L décide de piéger Higuchi pour le capturer en toute sécurité. Il demande alors à Matsuda de participer à une émission où le vrai nom de Kira sera révélé à la fin.

Higuchi tente par tous les moyens de trouver le véritable nom de Matsuda, sans succès. Aidée de la police, l'équipe de L se lance alors dans une course-poursuite pour neutraliser l'homme.

En arrêtant Higuchi, les enquêteurs manipulent tous la Death Note et Remu apparaît alors. Quand Raito touche la Death Note à son tour, tous les souvenirs de Kira lui reviennent et il tue aussitôt Higuchi sous le nez de L. À présent, c'est au tour de ce dernier de mourir et Raito demande à Misa de l'aider à nouveau pour avoir son vrai nom. La jeune femme ayant perdu ses yeux de shinigami demande à Ryuuku de faire le pacte une deuxième fois.

Grâce à une règle écrite dans la Death Note, qui stipule que si son utilisateur ne s'en sert pas pendant plus 13 jours meurt, Raito et Misa sont innocentés. Malgré sa liberté, Raito reste auprès de L et comme les meurtres continuent, le détective continue à soupçonner Misa. Pour la protéger, Remu décide alors de se sacrifier en tuant Watari et L.

L est enterré en secret et l'équipe décide de faire de Raito son successeur. Kira à nouveau tuer librement. On arrive ainsi en 2012, Raito a 23 ans et a rejoint les forces de police, tout lui sourit ; pourtant de nouveaux obstacles vont bientôt se dresser.

Near et Mello, deux garçons qui avaient été choisis par L, décident de retrouver Kira chacun de leur côté. Near est intégré au SPK (Secret Provision for Kira) composé d'agents de la CIA et du FBI. Sayu, la sœur de Raito, se fait alors enlever par un groupe qui désire obtenir le Death Note en échange.

Near donne les pleins pouvoirs à Raito pour organiser la libération de Sayu. Raito envoie donc son père pour échanger Sayu contre le Death Note... Mais l'opération échoue ; Sayu est sauvée mais le Death Note est volé par une organisation dirigé par Mello. Mello tue alors la plupart des membres du SPK.

Le père de Raito conclue le pacte avec Ryūku. Grace à ses yeux de Shinigami il parvient à découvrir le vrai nom de Mello, mais il meurt sans avoir écrit le nom sur le Death Note et sans avoir communiqué le nom à son fils.

Near suspecte Raito d'être Kira et la régle des 13 jours d'être fausse. Demegawa, un présentateur télé, se proclame porte-parole de Kira et organise une émeute contre le QG de Near.

Mello vient à la rencontre de Near. Aizawa suspecte Raito et Misa et décide de fouiller leurs chambres. Misa renonce à son Death Note. Un nouveau Kira apparait ; sa manière de penser est identique à celle de Raito. Il tue Demegawa, comme Raito l'espérait.

Mikami Teru prend la relève. Il choisi un nouveau porte-parole : Takada Kiyomi, une ex-amie d'université de Raito.

Near arrive au Japon et son équipe commence à enquêter sur Mikami.

Mikami est suspecté par Near d'être X-Kira. Aizawa, ayant toujours des doutes sur Raito, inspecte la chambre d'hôtel après une rencontre entre Raito et Takada et découvre que ceux-ci communiquent par écrit. Aizawa décide alors d'aller rencontrer Near qui lui dévoile une partie de son plan. Par la suite, Near et le SPK enlèvent Mogi et Misa dans le but de piéger Mikami et Raito.

Near veut rencontrer Raito. Mello enlève Takada Kiyomi avec l'aide d'un complice, abattu plus tard par les gardes du corps de la journaliste. Celle-ci utilise un morceau du Death Note pour tuer Mello. Takada est tuée plus tard par Raito, ou du moins c'est ce qu'il croit...

Raito et Near se rencontrent enfin. Raito savoure déjà sa victoire...

Grâce à un indice laissé par Mello, et à cause d'une erreur commise par Mikami, Near réussi à piéger Raito. Ce dernier, pris de panique, tente désespérément de se servir d'une feuille du Death Note, mais est mortellement touché par des balles de Matsuda. Ryūku inscrit alors Yagami Raito dans son propre Death Note. C'est ainsi que meurt le premier Kira.