Lorsque Sandy Ryerson est renvoyé, Will Schuester, le professeur d'espagnol, décide de reprendre la chorale de l'école. Mais la mission est loin d'être facile ! Le Principal, qui entreprend des restrictions budgétaires, refuse de financer une activité qui ne lui rapporte rien. Et les élèves ne se bousculent pas pour s'inscrire au cours. Comment motiver les élèves ?

Le Glee Club fait une représentation pour la première fois devant toute l'école et pousse la performance jusqu'à la limite. Quand Quinn réalise que Rachel a des sentiments pour Finn, elle va tout faire pour garder son homme. Pendant ce temps, la femme de Mr Schuester révèle de surprenantes nouvelles, forçant Will à trouver une nouvelle façon de joindre les deux bouts.

Will forme les Acafellas, un groupe vocal composé uniquement d'hommes. En l'absence de Will, le Glee Club décide d'embaucher un chorégraphe bien connue pour les aider. Pendant ce temps, Mercedes est touchée par le flèche de Cupidon mais ses sentiments ne sont pas réciproques.

Kurt est le centre des toutes les attentions quand il décide de rejoindre l'équipe de football pour cacher son homosexualité à son père. Sandy et Sue unissent leurs forces pour détruire la chorale. Rachel, qui estime que son talent n'est pas apprécié à sa juste valeur, quitte le club. Alors que Quinn et Finn apprennent une nouvelle qui va changer leur vie...

Pour mettre un peu de piment dans le groupe, Will recrute une ancienne camarade de classe, April Rhodes. Cela semble fonctionner jusqu'au moment où il réalise qu'il risque de perdre un membre clé de la chorale.

Will décide d'introduire une bonne dose de compétition en opposant les garçons et les filles dans une épreuve de mashup. Pendant ce temps, Terri se fait embaucher en tant qu'infirmière scolaire, malgré son absence d'expérience médicale, afin de garder un oeil sur Will.

Afin de causer des tensions entre les membres du Glee Club, Sue oblige les élèves à faire la compétition entre eux, mais la véritable épreuve de force arrive quand Will et ellr sont convoqués dans le bureau du proviseur. Pendant ce temps, les membres du Glee Club se rassemblent pour soutenir Quinn après la révélation d'une nouvelle pour le moins choquante.

Emma demande à Will de faire un mixe pour son mariage et de lui donner des leçons de danse mais ce n'est pas du goût de Ken ! Quinn et Finn rencontrent un problème : ils ne sont plus populaires.

Quinn, maintenant exclue des cheerleaders, commence à mettre en doute la capacité de Finn à élever leur enfant. Celui-ci n'a toujours pas de travail et sa grossesse coûte de plus en plus cher. Will oblige les membres du groupe à être en chaise roulante pour leur prochaine représentation. Quant à Kurt, il remet en cause les choix artistiques de Will.

Les membres de la chorale sont mis en binôme pour chanter des ballades. Kurt se retrouve alors avec Finn, et Rachel flashe soudainement sur M. Shuester ! Finn et Quinn dinent avec les parents de cette dernière...

Will soupçonne Sue de divulguer des informations aux deux écoles concurrentes pour les "sectionnals" et décide de confronter la professeur d'un de ces deux clubs. Kurt aide Rachel à remporter le cœur de Finn.

Quand la chorale n'apparaît pas dans le livre de l'année de l'école, Rachel fait tourner le groupe dans une publicité pour un magasin local de matelas pour rehausser la réputation de la chorale. Will découvre la vérité sur la grossesse de Terri.

La chorale est en route pour les sélections, qui ne seront pas tout repos à cause des manigances de Sue. Finn apprend la vérité sur la parternité du bébé de Quinn. Will prend une décision importante.

Sue revient après sa suspension et demande à Santana et Brittany de séduire Finn afin de saboter sa relation avec Rachel. Jesse St. James, le leader des Vocal Adrenaline, chorale rivale des New Directions, tombe sous le charme de Rachel. Emma et Will essaie de sortir ensemble, mais Will embrasse également Shelby Corcoran, la coach des Vocal Adrenaline.

Les garçons de la chorale malmènent les filles. Will se tourne donc vers Madonna et son message pour l'égalité pour changer leur comportement. Tina et Artie essaient à nouveau d'entamer une relation alors que Kurt et Mercedes rejoignent les Cheerios, en signe de protestation face à l'intégration de Jesse dans la chorale. Ils relookent Sue, la conduisant à recréer le clip Vogue de Madonna. Emma, Rachel et Finn pèsent le pour et le contre dans le fait de perdre leur virginité.

Kurt organise un rendez-vous pour son père afin d'avoir à nouveau une famille complète. Sue demande aux Cheerios de faire un régime en vue d'une interview pour un magazine et April Rhodes revient pour aider Will à sauver la chorale.

Alors qu'une liste de popularité des membres de la chorale circule dans les couloirs de McKinley, Will enquête. Pendant ce temps, Sue est horrifiée de voir une vidéo de son remake du clip "Physical" d'Olivia Newton-John refaire surface.

Rachel panique lorsqu'un mal de gorge l'empêche de chanter. Kurt essaie de changer de personnalité pour impressionner son père. Puck manoeuvre pour élever son rang social.

Tina et Artie doivent faire face des problèmes dans leurs vies personnelles, ce qui complique leur relation. Pendant ce temps, Bryan Ryan, un ancien ennemi de Will, sème le trouble dans la chorale. Rachel, avec l'aide de Jesse, essaie de retrouver sa mère biologique.

La chorale rend hommage à Lady Gaga, en revêtant ses tenues les plus célèbres. Will enseigne aux chanteurs la théâtralité, aidant par la même occasion Tina qui traverse une crise identitaire. Rachel rencontre enfin sa mère biologique. Burt invite Finn et sa mère à déménager mais Finn est réticent à l'idée d'habiter avec Kurt.

Les membres de la chorale apprennent une nouvelle qui ne manque pas de les déstabiliser. Pendant ce temps, Quinn essaie de révéler son côté "funky" avec l'aide de Mercedes et Will tient sa revanche face à Sue.

Quinn accouche. Les New Directions affrontent les Vocal Adrenaline aux régionales, devant le jury constitué d'Olivia Newton-John, de Josh Groban et de Sue Sylvester.