En cherchant des survivants après le crash d'un jet dans les Everglades, les Experts découvrent le corps d'une femme à 8 km du site de l'accident. L'unique survivant leur explique alors que la femme a ouvert la porte de l'avion pour se suicider, mais Horatio a des doutes. Pour retrouver les pièces qu'il manque au puzzle, l'équipe essaie de reconstituer ce qui s'est passé lors de ce vol fatal.

Après la mort du mentor d'Horiatio, tué en déarmorçant une bombe, notre Expert fait de l'enquête une mission personnelle. Bien que l'équipe ait passé la zone de l'explosion au peigne fin, des questions restent sans réponses. Mais quand Horatio et Megan sont appelés pour une deuxième bombe, ils découvrent avec effroi qui est la vraie cible de ce terrorisme.

Une attaque de requin devient suspecte quand Horatio et Megan trouvent une balle dans le torse mutilé d'un homme. Puis un bateau abandonné livre ses secrets aux Experts et conduit Horatio et son équipe sur la piste d'une mission secrète vers la liberté, qui aurait mal tourné.

Horatio et son équipe enquêtent sur un viol et un meurtre qui ont eu lieu sur une plage de Miami. En interrogeant la victime du viol, Megan et Horatio apprenent que le couple était présent à une soirée grandiose dasn la demeure d'une riche famille de politiciens. Quand les indices pointent du doigt cette famille, les tout-puissants Hamilton prennent ls choses en mains pour protéger leur nom.

Un prêtre a été tué et les indices font de Cameron Medina, un enfant de choeur de 12 ans, le premier suspect. Mais après un examen plus approfondi de son environnement faimilial, l'enquête des Experts prend une autre direction. Pendant ce temps, Horatio et Delko étudient les restes calcinés d'une femme enceinte. Il leur faudra trouver les preuves matérielles pour inculper le suspect. Mais Horatio est intimement convaincu que ce dernier est le tueur.

Une fillette de 5 ans est retrouvée morte dans les toilettes d'un fast-food pour enfants et les Experts découvrent que le tueur avait l'intention de la kidnapper. Calleigh, Delko et Speedle trouvent un délinquant sexuel parmi les clients, mais les caméras de surveillance lui fournissent un alibi. A la recherche d'une nouvelle piste, l'équipe réalise jusqu'où on peut aller dans l'horreur pour échapper à la loi.

Horatio et son équipe enquêtent sur le meurtre d'un jeune strip-teaseur après une soirée érotique pour femmes. Les indices révèlent un empoisonnement et plusieurs mobiles sont mis à jour avant qu'Horatio apprenne la passion que le jeune homme vouait à une des femmes participant à cette soirée. De leur côté, Megan et Delko tentent d'élucider la mort d'un plongeur en apnée, tué d'un coup de couteau en eaux profondes.

Un bébé, errant dans les rues d'un quartier résidentiel, conduit la police jusqu'à une maison où une famille a été cruellement assassinée. La mère, un nourisson et deux garçons sont morts. Seuls le père et le bébé ont suvécu. En utilisant les traces de sang trouvées sur les lieux du crime, les Experts essaient d'établir une chronologie et de reconstituer les faits d'appréhender le tueur.

Trois personnes sont abbatues dans le centre de Miami à l'heure de pointe. Horatio et son équipe s'engagent dans une course contre la montre pour retrouver un sniper professionnel. Ils sont déroutés quand ils découvrent une quatrième victime dont les circonstances de la mort sont différentes des trois premières. Les Experts doivent alors anticiper les gestes du tueur avant qu'il ne répande à nouveau la terreur sur la ville.

Un professeur d'université, célèbre pour ses cours sur le mal et la violence, est retrouvé mort sur un campus, après avoir été violemment torturé et pendu à un arbre. Les Experts reconstituent ses documents passés au broyeur et étudient ses méthodes d'enseignement quelque peu inhabituelles. Ils découvrent alors qu'un étudiant a peut-être trop bioen révisé ses cours. Pendant ce temps, Delko enquête sur la mort d'un homme retrouvé noyé dans le coffre d'une voiture abandonnée.

Lorsque le corps non-identifié d'une jeune fille est découvert à proximité d'une maison de correction, Horatio et son équipe mènent l'enquête. Les Experts soupçonnent une des élèves de leur cacher des informations sur cette tragédie. Mais les indices les conduisent à une explication à laquelle personne ne s'attendait. De leur côté, Speedle et Delko enquêtent sur la mort d'un petit escroc dont le visage et la gorge ont été brûlés.

Horatio et son équipe enquêtent sur la mort d'une prostituée retrouvée poignardée et cachée sous un lit dans une chambre d'hôtel. Le tueur méticuleux a pris le temps de nettoyer la scène du crime et même de donner un bain à sa victime. Alors que les indices pointent tous dans la même direction, Horatio pense que le vrai tueur a trafiqué la scène du crime pour s'assurer de sa liberté. Pendant ce temps, Calleigh et Delko tentent de comprendre le meurtre d'un touriste allemand, lors d'une tentative de "car jacking".

Après la mort d'un homme innocent ayant pénétré dans une maison infestée de vapeurs toxiques, Horatio et Speedle découvrent que cette maison est en réalité un laboratoire clandestin où sont fabriqués des médicaments, qui se révèlent être mortels. Les Experts doivent alors réunir des indices pour retrouver les responsables avant qu'une autre victime ne trouve la mort. Pendant ce temps, Calleigh et Delko enquêtent sur le violent assassinat d'une personne âgée dans une maison de retraite.

Les Experts découvrent le corps d'un homme attaché à son lit, bâillonné et violé. Il s'agit en fait d'un individu coupable de plusieurs viols et cambriolages. Pensant à une vengeance, Horatio remonte aux victimes des viols dans l'espoir de démasquer un suspect. De leur côté, Calleigh et Delko cherchent à comprendre le meurtre du propriétaire d'un crématorium. Ils découvrent bientôt des dizaines de corps non incinérés dans son jardin. Parmi ces corps, ils trouvent celui d'une femme ortée disparue deux semaines plus tôt. Ils esaient alors d'établir un lien entre elle et le propriétaire du crématorium.

Le laboratoire des Experts est évacué lorsqu'on découvre qu'un cadavre a été fortement irradié. Les indices conduisent Horatio à une avocate spécialiste de l'environnement, condamnée par les mêmes radiations. Mais elle hésite à coopérer à l'enquête, de peur de perdre son procès en cours contre la société responsable de son état. Horatio lui promet alors de résoudre l'enquête avant sa mort.

Lorsqu'un immigré d'Europe de l'Est est poignardé dans une cabine de peep-show, le seul témoin est une strip-teaseuse qui se produisait devant lui au moment de sa mort. Quand elle-même est tuée dans un accident de voiture après un délit de fuite, Horatio interroge son mari proxénète sur les séances privées qu'ils organisaient chez eux. Mais bientôt, le mari est lui aussi retrouvé mort. Les échantillons d'ADN relevés dans al chambre du couple conduisent l'équipe au vrai coupable.

Les Experts se retrouvent enlisés dans une affaire politique quand le mar d'une conseillère ambitieuse de Miami est jugé pour le meurtre de leur domestique. Un meurtre similaire est découvert alors que l'homme est en détention provisoire. Horatio se demande alors si l'homme est réellement le coupable et craint que la ville ne soit menacée par un serial killer en liberté.

Un convoi de routine à l'incinérateur municipal pour détruire une saisie de drogue tourne court lorsque la cargaison est détournée par une bande d'hommes armés. Après le carnage, deux agents de police sont tués et Speedle est blessé. Tous les Experts sont suspectés quand la police des polices ouvre une enquête pour savoir qui aurait divulgué des informations concernant le convoi. La situation empire quand un membre de l'équipe est testé positif à la cocaïne. Les Experts doivent alors résoudre l'affaire et protéger le réputation de leur service.

Une femme est retrouvée assassinée, alors qu'elle prenait le soleil au bord de la piscine d'un hôtel de luxe de Miami. Ses empreintes l'identifient comme étant Gloria Tyson, mais la base de données fédérale émet une réserve: il s'agit en fait de Gina Cusack, qui fait partie du programme de protection des témoins. Pour retrouver le tueur, Horatio doit alors interroger le petit ami de Gina. Mais il se trouve que ce dernier est aussi un témoin protégé et le FBI refuse de dévoiler où il se trouve. Pendant ce temps, le père de Calleigh lui fait une visite surprise et les blessures du passé resurgissent.

A la grande surprise d'Horatio, un homme qu'il a envoyé en prison six ans plus tôt, lui demande de l'aide pour retrouver son fils disparu. La chambre du garçon révèle aux Experts les signes typiques d'une adolescence perturbée. Calleigh fait elle aussi une découverte troublante: des centaines de balles ont été tirées dans un arbre du jardin. En suivant la piste du garçon, les Experts découvrent le corps d'un de ses amis. Commence alors une course contre la montre pour le retrouver et empêcher une nouvelle tragédie dans un lycée. De son côté, Speedle enquête sur ce qui semble être une mort par asphyxie et se trouve attiré par la charmante petite amie de la victime, qui est aussi le principal suspect. Quand elle essaie de jouer sur ses sentiments, Speedle est partagé entre la tentation et la découverte de la vérité.

C'est l'époque du "Spring Break" à Miami et les étudiants font la fête. Mais les Experts sont appelés à enquêter sur deux cadavres. Horatio et Speedle s'intéressent au cas d'une jeune fille retrouvée morte sur la plage. Les résultats de l'autopsie conduisent Horatio au producteur de "Babes on Break", un programme à faible intérêt cinématographique. Pendant ce temps, Calleigh et Delko enquêtent sur la mort d'un étudiant, retrouvé noyé au fond de la piscine d'un motel. Selon ses amis, il s'agit d'un accident. Mais les indices poussent les Experts à chercher plus loin.

Un feu d'artifice utilisé par un DJ déclenche un incendie dans une boîte de nuit de Miami, tuant 16 personnes et en blessant 58 autres. Speedle et delko, qui passaient leur soirée dans ce club, en réchappent de justesse. L'enquête conduit les Experts au corps d'un barman, poignardé avant le début de l'incendie. La thèse de l'incendie criminel étant alors confirmée, l'équipe doit analyser tous les indices, afin de comprendre ce qui s'est réellement passé lors de cette soirée meurtrière.

Horatio, Speedle et Delko échappent de justesse à l'explosion d'une bombe alors qu'ils enquêtent sur le meurtre violent d'un jeune accro à la meth. la plupart des indices étant détruits, ils vont explorer l'univers décalé des accros aux amphétamines, qu'on appelle les "Tweakers", pour tenter de résoudre ce crime. De son côté, quand Calleigh est appelée sur une scène de crime, elle découvre avec stupeur que la victime est un des meilleurs amis d'Alexx. Cette dernière console la veuve, mais Calleigh est bien décidée à faire la lumière sur cette affaire qui n'est peut-être pas un accident.

Horatio est appelée au centre pénitentiaire de Miami pour enquêter sur le meurtre d'un prisonnier. Il est alors témoin, en direct, de l'évasion de trois détenus. Réalisant que le meurtre n'a été commis que pour faire diversion, Horatio mène une véritable chasse à l'homme pour retrouver les deux prisonniers manquants. Mais la tension monte au fur et à mesure de la traque quand les Experts découvrent que deux des détenus se sont évadés pour mener à bien leur vengeance personnelle contre les membres de leur équipe.