En ce début de sixième saison, Christian a des nouvelles pour Liz et le ralentissement de l’activité économique a frappé très fort McNamara/Troy. Cependant, les garçons ont apparemment recruté un sauveur en la personne du Dr. Mike Hamoui, qui est maintenant à L.A et qui a trouvé une spécialité bien profitable. En attendant, La relation entre Sean et Teddy Rowe se développe et Matt traverse une mauvaise passe.

Incapable de dormir, Sean se retrouve alors à un dîner, puis dans une salle des urgences. Liz cherche à obtenir le bateau de Christian, ce qui pousse celui-ci à proposer à Kimber de faire affaire ensemble. Sean et Christian enlèvent les tatouages d’un adolescent obsédé par « le côté noir de sa personnalité »

Sean prend une décision qui va bouleverser sa vie. Christian donne des conseils à Mike au sujet des relations amoureuses.

Christian a des difficultés à comprendre les problèmes qu'éprouve un de ses patients pour maitriser sa colère. Christian et Dean révèlent le secret de Matt. Teddy, Sean, Annie et Connor partent camper.

Matt est rattrapé sans le vouloir par ces erreurs commises, Julia elle rentre à New York pour se reposer après son opération. Sean lu découvre avec stupeur, ce qui se cache derrière son mariage avec Teddy...

Fraîchement remariée, Erica Nougthon (la mère de Julia) débarque et sème la zizanie. En effet, cette dernière souhaiterait la garde de Annie et Connor. Sean et Julia vont alors rassembler leurs efforts et tout faire pour l'en empêcher. Pendant ce temps, Mike dévoile ces projets d'avenirs à Kimber.

Alors que Erica découvre une horrible vérité au sujet de son nouveau mari, Julia peut enfin se venger de tout ce que sa mère a pu lui faire subir. Pendant ce temps, Alexis et Matt font une demande plutôt inhabituelle à Christian...

Une visite médicale chez un ami de Liz, fait remettre en question Chrisitian, il se demande alors, si il a fait le bon choix. Sean lui tente de se remettre comme il le peut, notamment avec la rencontre d'un nouveau patient...

Sean et Christian reçoivent la visite de Brendan McNamara, si Sean est ravi de revoir son frère, Christian lui, voit d'un très mauvais oeil cette visite. Christian se lie d'amitié avec un patient qui tout comme lui, à été adopté...

Lorsqu'il apprend qu'il doit effectuer une opération chirurgicale sur un prisonnier, Sean pense que cela posera un problème d'éthique et de moral au cabinet. Kimber se pose des questions au sujet de Christian et des dernières nouvelles qui tombe sur le chirurgien...

Alors que Christian reçoit un prestigieux prix, Sean se remémore de douleurs souvenirs du passé. Entre temps, les deux chirurgiens reçoivent la visite d'un patient, qui souhaite avoir recours à la chirurgie reconstructive. En effet ce dernier s'auto-mutile à cause de sa maladie génétique...

En redécorant le nouvel appartement de Sean, Kimber se rapproche de plus en plus de lui. Le cabinet McNamara et Troy, recoit un patient qui après un long coma d'une dizaine d'années, souhaite retrouver sa jeunesse perdue. Pendant ce temps, Christian qui refuse catégoriquement de rendre un mannequin plus laide, risque plus gros qui ne le pense...

Au cabinet, un nouveau patient demande une chirurgie reconstructive, après une tentative de suicide ratée. Afin d'apaiser sa culpabilité, Sean travail bévénolement avec un ancien ami du collège. Pour pouvoir accroître le plaisir avec Kimber, Christian n'hésite pas à prendre des risques...

Alors que Sean se prépare pour l'Afrique, Brandy la mère de Kimber débarque en ville, ce qui fait remettre en question Christian. Au cabinet, ils reçoivent un patient qui attaqué par un animal sauvage, à besoin de grosses interventions chirurgicales...

Une adolescente débarque au cabinet, elle aimerait en apprendre plus et se pose des questions, sur son défunt père qui est Escobar Gallardo. Elle déclenche alors une grande culpabilité auprès de Sean...

Après toutes les dernières révélations et les vieilles blessures du passé réouvertes, Christian et Sean décident d'entamer ensemble une psychothérapie. Liz et Matt vont également participés à une séance, et se lâcher sur ce qui leur tenaient à coeur...

Sean et Christian craignent que la chirurgie esthétique ne soit plus à la mode, ils décident alors de commercialisé leur pratique, afin de stimuler la clientèle. Liz de son coté, a un rendez vous galant, avec une femme représentante en pharmacie et fraîchement divorcée. Christian se rend enfin compte, qu'il est en pleine crise existentielle...

Alors que Matt prépare son mariage, un des grands amours de sa vie refait surface, ce qui risque de troubler toute la famille. Sutout que Julia vient rendre visite à Christian et Sean, et elle refuse les avances de ces deux anciens amants. Liz annonce une grande nouvelle à ces amis...

Sean et Christian repensent à tout ce qui a pu leur arriver dans leurs relation affectives, et amicales pendant toutes leurs années d'amitié...