Après l'accident de voiture qui a poussé Cooper et Rachel dans la rivière, Nathan plonge pour les sortir de la limousine mais se retrouve à son tour en difficultés. Transportés à l'hôpital, lui et Rachel reprennent conscience, tandis que Cooper reste dans le coma. Lucas, quant à lui tente de savoir où en sont ses relations avec Brooke et Peyton, alors qu'un test de grossesse sème le trouble parmis les filles de Tree Hill...

Cooper se réveille et déclare à la police qu'il est le seul responsable de l'accident qui a failli lui coûter la vie, ainsi qu'à Rachel et Nathan. Ce dernier ne se rappelle cependant plus ce qui c'est passé lorsqu'il était dans la voiture. Lucas veut récupérer Brooke, et Peyton, toujours brouillée avec elle, lui propose de l'aider d'une bien étrange façon... Rachel déclarant qu'elle n'est pas enceinte, le doute plane sur l'identité de la future mère : est-ce Brooke ou Haley ? Après que Dan l'ait menacée, Deb retombe dans l'alcoolisme et un coup de feu éclate dans le café de Karen !

Peyton rencontre Derek, son demi-frère, au café de Karen. Les deux jeunes gens se trouvent beaucoup de points communs, mais Peyton a peur de s'attacher à lui et d'être, ensuite, déçue. Skill joue son premier match sous les couleurs des Ravens. Avant le début de la rencontre, Dan, en tant que maire de Tree Hill, remet une récompense à Nathan pour acte de bravoure. Après le match, tout le monde se retrouve chez Rachel pour une grande fête.

Peyton fait la connaissance de son frère, Derek, qui vient la rejoindre à Tree Hill. Elle se rapproche de Lucas, ce qui rend Brooke jalouse, alors que le doute sur l'identité de la future mère plane toujours. Hayley cherche à en savoir plus sur les raisons qui poussent Nathan à retourner sur le pont où a eu lieu l'accident tandis que Dan décide de se défaire du fantôme de Keith, et lui propose un marché : s'il ne s'approche plus de lui, il aidera Lukas, Karen et son bébé...

Rachel pense que Brooke est enceinte, et suite à un malentendu, le groupe des "vierges pour la vie" est également au courant. En se réveillant, Deb trouve Haley, Nathan, Karen et Dan dans son salon, accompagnés d'une psychologue. Ils tentent de lui faire prendre conscience de son état de dépendance, et de la persuader de retourner en centre de désintoxication, mais elle part sans même les écouter. Plus tard, Dan déclare à cette psychologue qu'il a tué son frère... en le laissant entrer dans le lycée. Nathan remplace sa voiture par une moto, ce qui n'est pas tout à fait du goût d'Haley...

Nathan et Haley ont de gros problèmes d'argent, et ce dernier ne sait pas encore s'il ira à l'université de Duke ou pas. Un ancien élève de Tree Hill tente à sa façon de le convaincre. Peyton est toujours sous le choc après que le "faux" Derek ait tenté de la tué et ait pris la fuite. Elle se réfugie auprès de Lucas, qui a décidé de reprendre le basket. Brooke réalise que son nouveau petit ami est en fait son professeur d'anglais, et ne sait quelle attitude adopter face à cette situation.

Brooke prépare son défilé de mode, tout en essayant de cacher sa relation avec Nick, mais Rachel comprend très vite son secret. De retour au lycée, Peyton est en proie a des crises de panique, mais n'accepte pas l'aide de son frère et de Lucas. Nathan doit une grosse somme d'argent à un usurier, qui lui propose de truquer le score du prochain match de basket pour effacer sa dette. Haley décide de se préparer à la maternité en faisont du baby-sitting, mais cette expérience est un désastre.

Nathan croyait en avoir fini avec Daunte, mais celui-ci revient le menacer de révéler leur secret s'il ne continue pas leur "collaboration". Brooke a des doutes sur ses sentiments envers Lucas, et décide de le reconquérir, ce qui n'est pas du goût de Peyton. Celle-ci a en effet décidé de révéler ses sentiments au jeune homme, et le retour de Brooke ne fait que compliquer les choses. Rachel découvre que sa moyenne en maths est pour le moment insuffisante pour qu'elle obtienne son diplôme. Ravallant sa fierté, elle demande de l'aide à Haley...

Peyton révèle ses sentiments à Lucas, mas cette nouvelle laisse le jeune basketteur sans voix. Alors qu'il tente de se détendre au terrain de basket, Nathan vient le trouver pour lui apprendre que Daunte le force à perdre le prochain match, qui marquera pourtant le départ en retraite du coach Whitey. Lucas décide alors de tout faire pour gagner ce match. Haley donne des cours de maths à Rachel, qui apprend que les professeurs rangent leurs sujets d'examen dans l'un des bureaux de la salle de tutorat. Karen passe chercher Deb pour qu'elle assiste au match, mais la mère de Nathan ne peut s'empêcher d'avaler des pilules...

Haley est percutée par la voiture de Daunte. Nathan se précipite sur lui et le fait sortir de sa voiture. Il commence à le battre avant que Dan n'arrive et ne comprenne que le maître chanteur est mort. Il prend alors la place de Nathan et se fait arrêter par la police. Au même moment, Lucas, qui attend auprès d'Haley l'arrivée des secours, s'écroule, victime d'un arrêt cardiaque. Tous deux sont transportés à l'hôpital où ils sont rejoint par Brooke et Peyton. Lucas, fait un rêve dans lequel il croise Keith, qui le guide pour tenter de le ramener à la vie et lui fait passer un message.

Nathan avoue à Haley qu'il était de mèche avec Daunte, et que l'accident dont elle a été victime était une vengeance. Il lui confie aussi que ce n'est pas son père, Dan, qui a frappé le bookmaker, mais lui-même. Choquée, la jeune femme préfère partir se réfugier chez Lucas et Karen pour réfléchir. Brooke a encore une très mauvaise note en Maths. Elle accepte donc la proposition de Rachel de voler les répOnses du prochain contrôle. Quand le principal les surprend un soir dans le lycée, elles prétextent être venues pour participer à une réunion des " jeunes chastes ", organisée par Shelly.

Brooke, qui a triché au contrôle de maths, reçoit un A, mais un nouvel élève lui demande de lui donner des cours particuliers... Nathan, qui a toujours des problèmes d'argents, décide de participer avec Skills à un concours de streep tease pour gagner 1000 dollars. Lucas et Peyton se rendent au cimetière, où Lucas a un flash-back : Jimmy ne peut être celui qui a tué Keith...

Un des professeurs propose à ses élèves un exercice nouveau : par groupe de 2, les étudiants doivent passer le reste du cours avec leur partenaire, et répondre honnêtement à plusieurs demandes. Lucas se retrouve avec Glenda, une jeune fille solitaire dont il ne sait rien, Brooke avec son nouvel ami des "clean teens", Micro avec Shelley, une autre "clean teen" qui cache tout un pan de sa vie, tandis que Peyton passe l'heure de cours avec Skills et Peyton avec Nathan.

Une grande chaîne de magasins de lingerie souhaite vendre les créations de Brooken, mais la jeune femme doit faire face à deux obstacles. Elle doit, en effet, convaincre Peyton de la laisser utiliser ses dessins et éviter que l'on découvre qu'elle a triché au devoir de mathématiques, car cela nuirait à l'image de la marque. Shelly et Micro semblent très amoureux mais, en tant que présidente des "jeunes chastes", Shelly ressent certaines pressions de la part des membres de son club. Elle décide alors de quitter Micro et de renoncer à l'accompagner au bal de promotion.

Peyton, en découvrant la cassette où Brooke et Nathan font l'amour, frappe cette dernière avant de quitter la fête. Le lendemain chacun tente de s'excuser : Nathan envers Haley pour lui avoir caché cette relation qui a eu lieu 2 ans plus tôt alors que lui et Peyton venaient de rompre, puis envers Brooke, tandis que Lucas tente de raisonner Peyton : n'a-t-elle pas flirté avec lui alors qu'il sortait toujours avec Brooke ? Cependant Peyton ne semble pas prête à pardonner à Brooke son incartade...

Le bal de fin d'année a commencé, et Lucas se rend chez Peyton. La jeune femme, retenue par celui qui s'est fait passer pour son frère Derek et qu'elle croyait en prison, ne peut que le regarder s'en aller, impuissante. Dan emmène Karen à la soirée, mais reçoit des messages de menaces d'une personne qui sait qu'il est le meurtrier de Keith. Rachel décide de ne pas prendre son avion et retourne au bal, mais le proviseur l'empêche d'entrer. Elle est rejointe par Micro...

Skillz reçoit un mystérieux appel à l'aide de Micro, parti quelques temps auparavant avec Rachel. Toute la bande décide alors de partir le chercher, pour décompresser après l'attaque de celui qui se faisait passer pour Derek. Malheureusement, la voiture tombe en panne et c'est Chris Keller qui les recueuille dans son bus... Arrivés dans une petite ville, Honey Grove, ils découvrent que Micro est en fait en prison !

Lucas frappe à la porte d'Abby, qu'il a reconnu comme celle qui a assisté au meurtre de Keith. Il découvre que la jeune fille semble avoir perdu la raison depuis l'attentat du lycée... Les problèmes s'amoncellent autour de lui : la ligue de basket a en effet ouvert une enquête sur le match truqué, et il est particulièrement visé. Peyton ne se remet pas de l'aggression dont elle a été la victime. Pour l'aider, Brooke fait des recherches sur celui qui se faisait passer pour son frère Derek et découvre qu'il s'appelle Ian Banks. Lors d'un accident de voiture, le jeune homme a perdu sa petite amie, qui ressemblait trait pour trait à Peyton...

Lucas surprend sa mère et Dan en train de s'embrasser. Il se rue sur son père et le frappe en l'accusant d'avoir tué Keith. Il se rend ensuite au commissariat pour déclarerle meurtre de Keith, mais le policier appelle Dan qui accuse Lucas d'être perturbé par la relation qu'il entretient avec sa mère. Brooke demande à Chase de signer son livre de fin d'année, mais ne sait quoi écrire dans celui du skatteur... Haley apprend qu'elle ne pourra pas prononcer le discours de fin d'année devant ses amis.

Alors que Karen gît inconsciente à terre, Lucas fait feu sur Dan pour qu'il ne l'approche pas. Il vise heureusement la porte à côté de Dan, et le force à partir. A l'hôpital, il est rejoint par Haley, Deb et Nathan, puis apprend que sa mère souffre d'une grave maladie, qui pourrait lui côuter la vie ainsi qu'à son bébé. En allant chercher des affaires pour Karen, Deb découvre une trace de balle et comprend que Lucas lui a volé son arme. En lui demandant des explications, elle apprend que Dan a tué Keith... Nathan, qui a perdu sa bourse pour entrer à l'université, décide de travailler dans une usine.

Peyton croit ouvrir sa porte à Lucas qui vient la chercher pour le bal. Elle reçoit alors un violent coup de poing de Derek, le psychopathe qui s'est fait passer pour son frère. Il attache la jeune fille dans la cave et lui annonce qu'il lui a organisé une soirée "romantique". Rachel tente de participer au bal, mais le principal le lui interdit. Elle invite alors les autres élèves à la suivre, mais seul Micro accepte...