Le crash du vol 815 survient et les quelques rescapés tentent de survivre comme ils le peuvent. Jack, l'un de rescapés, qui se trouve être médecin, court dans tous les sens pour apporter les premiers secours à ceux qui en ont le plus besoin. A la nuit tombée, les 48 survivants découvrent rapidement que l'île est peut-être habitée par de mystérieuses créatures dont les grognements glacent le sang. Afin de pouvoir lancer un message de détresse, Jack, Kate et Charlie partent à la recherche du cockpit et d'une éventuelle radio.

Ayant trouvé un Talk Walki dans le cockpit de l'appareil, Kate, Jack et Charlie reviennent de leur virée avec un coeur rempli d'espoir. Kate consulte Sayid pour savoir s'il serait capable de réparer l'émetteur. Seulement, le Talki Walki en état de marche, la portée du réseau semble très faible. Sayid conseille de se rendre sur un point culminant afin d'établir une éventuelle communication. Quelques élus dont Boone, Shannon, Sawyer et Kate décident de partir en expédition dans les collines qui bordent l'île. Ces derniers ignorent qu'en empruntant ce chemin ils se retrouveront face à face avec une des créatures qui peuplent l'île...

Jack et Hurley découvrent un secret alarmant à propos de Kate, alors que la vie de Marshall ne tient plus qu'à un fil. En attendant, Kate, Charlie, Sawyer, Sayid, Boone et Shannon considèrent les mystères de l'île comme très inquiétants. La panique s'établira ainsi au sein de la communauté. Par ailleurs, Micheal n'apprécie guère les liens d'amitié qui se sont créés entre son fils, Walt, et Locke.

Au beau mileu de la nuit, les survivants sont brusquement réveillés par des bêtes de l'île, venues dévaster le campement de la plage... Kate et Jack se joignent au mystérieux Locke afin de trouver quelques victuailles. Par inadverstance, ils découvrent un lourd et choquant passé au sujet de Locke. D'autre part, plusieurs rescapés sont horrifiés face au sort que réserve Jack aux corps inertes, toujours dispersés parmi l'épave. Mais Jack a d'autres préoccupations: il semble avoir aperçu un homme dans la jungle qui pourrait bien ne pas appartenir au vol... En outre, notre médecin (Jack) se rémémore des souvenir d'enfance, nous plongeant dans une cour de récréation: Cheveux noirs, visage pâle, le petit Jack, âgé de 12 ans, se retrouve nez à nez avec un gros dur. Ce dernier, malintentionné, frappe notre héros qui un peu plus tard, reçoit de son père une leçon moralisatrice sur les difficultés de la vie...

Jack succombe à la démence par manque de sommeil. Il lutte contre la hantise des évènements qui l'ont méné jusque ici. De son côté, Boone se fait happer par la marée plus violente que jamais. La santé de Claire, enceinte jusqu'au cou, reste incertaine et prend un mauvais tournant. D'autre part, le groupe de survivants a été la proie d'un voleur, ayant dérobé les dernières bouteilles d'eau potable. Note: Veronica Hamel incarne la mère de Jack.

Walt et les autres sont choqués de voir Micheal battu à sang par Jin. Sun connait la nature de cette attaque mais soumise à son mari ne parlant pas un mot d'anglais, le fond de cette histoire reste difficilement compréhensible. Pendant ce temps, Kate, Jack, Locke et Charlie exploitent les éventuels lieux pour établir un nouveau campement: se risquer sur la plage ou s'engouffrer dans les vallées où nichent probablement diverses créatures mais où l'eau douce y est abondante... Locke découvre le secret de Charlie.

Charlie commence à éprouver de la douleur face à l'absence de drogue. Soutenu par Lock, Charlie ignore cependant la principale motivation de ce soudain interêt. En attendant, les survivants luttent pour trouver et libérer Jack des décombres d'une caverne dans laquelle il s'est engouffré. De plus, une personne malintentionnée semble bien décidée à contrecarrer les plans de Sayid , Kate et Boone, cherchant la source de la transmission française.

Alors que Shannon souffre d'une grave crise d'asthme, Jack et Sayid décrètent que seule la brutalité permettera de convaincre Sawyer d'abandonner ses projets de sauvetage. Par ailleurs, Sun se demande si elle doit obéir aux ordres de Jin , son mari et demeurer en retrait de la vie sociale des survivants. Pendant ce temps, Kate découvre quelques choquants secrets au sujet de Sawyer.

La vie de Sayid est en péril depuis qu'il a découvert la source de la transmission française: la femme qui lançait un appel de détresse est retrouvée vivante ! De son côté , Hurley propose une activité afin de rendre la vie sur l'île un peu plus agréable et civilisée: une partie de golf. Ce dernier a réussi à dénicher des clubs ensevelis sous des débris. Et pour finir, une série de flash back sur Nadia, l'amie d'enfance de Sayid, et sa participation en Irak durant les prises d'otages.

Claire fait un horrible cauchemar à propos de son nouveau bébé qu'elle croit kidnappé. Des retours en arrière nous montrent la vie passée de Claire. On découvre alors son petit ami qui l'a mis enceinte et qui un peu plus tard l'a abandonné. Claire consulte alors un psychologue qui la convainc d'embarquer dans l'avion qui malheureusement se crashera... Hurley, quant à lui est choqué d'apprendre qu'Ethan, un autre survivant, ne figure par sur la liste des passagers de l'avion.

Les Survivant se demandent pourquoi Charlie et Claire ont été enlevés. Qui a pu commettre un tel acte ? Une battue est alors organisée à travers la mystérieuse jungle pour retrouver et sauver le couple qui manque à l'appel... En parallèle, Jack affronte ses démons intérieurs avec son père qui hante constamment son esprit. En attendant, Boone et Locke découvrent un des mystères cachés de l'île...

Jack, Kate et Sawyer s'acharnent sur une mallette métallique qu'ils ont en leur possession et qui pourrait renfermer des informations sur le mystérieux passé de Kate. D'autre part, Sayid demande un service à Shannon. Cette dernière ayant acquis quelques notions en français lors de ses études, accepte la requête de Sayid et traduit les notes qu'il a pris de la femme française. Du côté de la plage, une forte marée menace d'engloutir le fuselage et le campement... Rose et un triste Charlie tentent de surmonter la disparition de Claire.

Lorsque Locke apprend que Boone veut révèler leur "secret" à Shannon, la vie de cette dernière est soudain mise en péril. Le voile est alors levé sur la vie passée de Boone auprès de sa soeur, Shannon. Kate est très embarrassée face au nouveau comportement de Sun. Hurley, quant à lui, doit rembourser une dette à Jin.

Alors que Locke et Michael entrent en conflit à propos de l'éducation de Walt, la mystérieuse bête de l'île se manifeste... Attristé par la disparaition de Claire, Charlie consulte, en son absence, le journal intime que tenait la jeune femme. Une fois de plus, Sayid incite Shannon à se rendre utile en déchiffrant la carte de Danielle, la femme française.

Après sa disparition, Claire réapparaît sans aucun souvenir de ce qui s'est passé depuis le crash de l'Oceanic 815. Jack et Locke établissent un plan de défense contre le kidnapper, le mystérieux Ethan. Ce dernier menace de tuer chacun des passagers, à moins que Claire ne lui soit rendu...

Kate et Sawyer se divulguent de sombres secrets entre eux, tandis qu'ils traquent un sanglier coriace que Sawyer s'est juré de pourchasser. En attendant, Hurley et Sayid s'inquiètent que Charlie disjoncte après ses démêlées avec la mort.Un lien antérieur entre Sawyer et Jack est révélé.

Alors que le radeau s'est mystérieusement embrasé, Michael tient responsable Jin. Le constructeur du raft pense en effet que le coréen le considère toujours comme rivale. Sun quant à elle surprend de nombreux survivants en dévoilant sa connaissance de la langue anglaise. Boone lance quelques avertissements à Sayid vis à vis de sa liaison avec sa demi-soeur, Shannon. De troublants secrets sur le mariage et la vie de couple de Sun et Jin sont dévoilés.

Nous découvrons la vie peu commode de Hurley aux expériences inédites, que chaque américain rêve d'acquérir. Malheureusement, l'aboutissement de cet apprentissage est l'une des plus mauvaises choses qui pourrait être donné à un homme - une malédiction. Ayant blessé chacun de ses proches, elle semble toutes fois très attachée à l'île et repose sur de simples chiffres.

Bien décidé à ouvrir la fameuse trappe située dans la forêt, Locke et Boone mettent en place un système afin de briser le hublot. Malheureusement, Locke se blesse à la jambe et Boone essaye alors de le sortir de la fôret. Malgré sa douleur, John Locke pense qu'il s'agit d'un signe que lui envoie l'île. Sur la plage, Sawyer se plaint de maux de tête qui deviennent préoccupant. Dans cet épisode, nous découvrons la véritable identité des parents de Locke et les causes de sa paralysie.

Jack porte secours à Boone, gravement blessé par sa chute. Locke regagne enfin les cavernes. Sun porte assistance à Jack pour soigner Boone. Une idylle s'est formée entre Shannon et Sayid qui se retirent en amoureux. Les "premières" contractions de Claire arrivent alors qu'elle se ballade dans la Jungle. Kate, Jin et Charlie sont pris de panique et doivent se débrouiller seuls afin de procéder à l'accouchement. Cependant, Locke a un comportement des plus mystérieux durant cette scène de chaos où Claire donne la vie et que la mort emporte celle de Boone...

Locke se voit engagé dans un jeu machiavelique du chat et de la souris depuis que Sayid tente d'élucider la mort de Boone. Kate lutte afin que Jack garde son sang froid vis à vis de John Locke, tandis que Shannon est bien décidée à venger son frère. Qu'adviendra-t-il de Locke ? De leur côté, Charlie et Claire essayent de calmer le bébé. Seul Sawyer leur permettera de retrouver le silence.

Michael est violement foudroyé par des maux de ventre alors qu'il construisait son radeau. Jack pense à un empoisonement. Kate et Sawyer font partis des suspects numéro 1. Cependant le secret de Kate est révélé à tous les autres survivants -elle est une fugitive. La trappe est montrée à Jack qui se range aux côtés de Locke pour l'ouvrir malgré l'opposition de Sayid. Walt avertit Locke qu'il ne doit pas ouvrir la trappe. Pour le première fois, Walt prend en compte les efforts de son père et considére son travail. Ce changement d'esprit n'est pas étranger aux intentions de Locke. Par ailleurs, les flashbacks de Kate retrassent sa vie amoureuse avec Tom et évoquent la maladie de sa mère lors d'une visite à l'hôpital.

Danielle Rousseau (l'allemande en Vf), rejoint les survivants sur la plage afin de les avertir d'un danger imminent: l'arrivée des "Autres". Selon elle, trois choix s'offrent à eux: Courir, se Cacher ou mourir... Jin, Sawyer et Michael continuent à préparer leur départ sur le radeau. Par ailleurs, Shannon souffre beaucoup depuis la mort de son frère par alliance, Boone. Walt, qui rejoindra son père afin de quitter l'île sur l'embarcation nouvellement construite, décide de lui léguer son plus précieux compagnon: Vincent.... De son côté Danielle se décide à montrer aux rescapés le fameux "Rocher Noir".

Le radeau parti, les survivants rassemblent leurs affaires pour trouver refuge aux grottes avant la tombée de la nuit... Pendant ce temps, Danielle abandonne Jack, Kate, Hurley, Locke et Arzt au Rocher Noir. Ils inspectent rapidement la coque du bateau à la recherche des explosifs qui leur permettraient d'ouvrir l'écoutille... Face à la menace imminente, Claire panique. Elle craint pour la sécurité de son bébé...

Alors qu'il traverse la jungle en transportant de la dynamite avec Late, Jack et Hurley, Locke se trouve en mauvaise posture. L'île a-t-elle décidée de se débarrasser de lui ?... Sawyer, Michael, Walt et Jin voguent vers le large à la recherche de secours. Sayid et Charlie sont sur les traces de Danielle partie à la rencontre des Autres. Elle espère échanger le bébé de Claire contre le fils qui lui avait été enlevé quelques années plus tôt...