Kate, Jack et Sawyer doivent faire face leur passé, tandis qu'ils sont retenus captifs par les "Autres" dans une prison qui leur rappelle étrangement leur vie avant le crash. Kate est retenue en salle d'examen et interagit avec un personnage que nous connaissons déjà : Henry. Sawyer tente de s'évader, Jack est interrogé par Juliet, un autre membre du groupe des « Autres ».

Nous sommes le lendemain de la capture de Jack, Kate et Sawyer. Sayid, ayant compris qu'ils ont été capturés, décide de tendre un piège aux « Autres », au risque de mettre Sun et Jin en danger. Kate et Sawyer sont mis aux travaux forcés par leurs ravisseurs, et Sawyer fait une nouvelle tentative d'évasion. Ben, qui se présente pour la première fois en tant que Benjamin Linus, fait à Jack une proposition difficile à refuser : la possibilité de repartir en échange de sa coopération.

Après l'implosion de la station du cygne Locke se réveille au milieu de la jungle, désorienté, et aphone. Des visions de Boone lui apparaissent, lui disant d'aider Eko. Locke prend ces apparitions comme une nouvelle mission qui lui est confiée par l'île. De son côté, Hurley rentre au campement et explique à tous, le sort de Jack, Kate et Sawyer, prisonniers des « Autres ».

Kate et Sawyer poursuivent leurs tentatives d'évasions, et celui-ci découvre à ses dépends jusqu'où leurs ravisseurs sont capables d'aller pour les garder prisonniers. Juliet demande l'aide de Jack pour sauver Colleen, ayant été blessée par Sun. Pendant ce temps, sur la plage, Desmond retient l'attention des naufragés par ses pressentiments divinatoires.

Eko lutte avec les démons de son passé et s'enfuit du campement. Locke conduit alors une expédition à la Station La Perle pour tenter de le retrouver et de localiser Jack, Kate et Sawyer à l'aide des ordinateurs de cette station. Pendant ce temps, Jack ne sait à qui accorder sa confiance quand Ben et Juliet sont en désaccord.

Kate se sent impuissante quand Juliet la prévient de l'assassinat de Sawyer par les « Autres ». Jack décide de refuser l'offre de Ben, mais celui-ci ne compte pas s'en tenir à cette réponse et trouve un moyen de le faire chanter. Locke découvre, sur la canne d'Eko, un message qui pourait aider à percer les secrets de l'île.

Jack accepte d'opérer Ben et cela dans le but de libérer ses amis. En effet, il oblige les "Autres" à les libérer en les menaçant de laisser mourir Ben. Il est en position de force puisque lui seul peut le sauver. Kate et Sawyer parviennent à échapper aux gardes et à quitter le campement avec l'aide d'Alex. Cependant, Juliet refuse le marché de Jack et ordonne que l'on ramène ou tue les 2 fugitifs. Jack tente alors de persuader Tom que Juliet n'est pas fiable.

Hurley et Charlie enquêtent sur les nouvelles étranges capacités de Desmond et sur la façon dont il a survécu à l'explosion de la station du cygne. Desmond se rappelle alors les minutes suivant l'explosion de la trappe.

Tandis que Kate et Sawyer regagnent l'île principale avec Karl, le "procès" de Juliet, pour le meurtre de Pickett, se prépare au camp des « Autres ». Jack retrouve alors les survivants disparus de la queue du vol 815, apparemment venus assister à la condamnation de Juliet. Pendant ce temps, l'état de santé de Ben ne cesse de s'aggraver.

Kate et Sawyer sont de retour sur la plage. Tandis que Sawyer aide Hurley, Charlie et Jin à faire démarrer une camionette trouvée dans la jungle, Kate part à la recherche de Rousseau afin de sauver Jack.

Kate, Sayid, Locke et Rousseau sont partis dans la jungle à la recherche de Jack et tombent sur une maison habitée. Ils font la connaissance de l'homme borgne qu'ils avaient vu sur le moniteur de la trappe "La Perle".

Kate, Sayid, Locke et Rousseau découvrent le campement des "Autres". Pendant ce temps, Claire attrappe une mouette pour lui accrocher un message à la patte. Une tentative pleine d'espoir de sa part.

Jack a conclu un marché avec les "Autres" lui permettant de quitter l'île à bord de leur sous-marin. Son plan tombe à l'eau puisque Locke fait exploser le sous-marin.

Nikki veut absoluement retrouver les diamants qu'elle et Paulo ont dérobés en Australie avant de s'écraser sur l'île. Elle ignore que Paulo les a cachés, mais décide de se venger en l'empoisonnant lorsqu'elle découvre sa trahison.

Les "Autres" ont abandonné leurs maisons. Kate et Juliet se retrouvent attachées l'une à l'autre dans la jungle. Après une confrontation avec la fumée noire, elles récupèrent Jack et Sayid avant de retourner à la plage. Sawyer, quant à lui, essaye de se racheter une conduite auprès des autres survivants.

Jack, Sayid et Kate arrivent sur la plage accompagnés de Juliet. L'arrivée de cette dernière sur l'île ne fait pas l'unanimité jusqu'à ce qu'elle sauve Claire d'une maladie.

Desmond a une nouvelle vision dans laquelle il croit voir Peneloppe, sa fiancée. Persuadé qu'elle va arrivée sur l'île, il entraîne Hurley, Charlie et Jin dans la jungle pour la trouver.

Après avoir appris que toutes les femmes enceintes du clan des "Autres" mourraient avant de pouvoir donner naissance, Sun demande à Juliet de l'examiner. De son côté, Desmond fait appel à la divine Providence afin de sauver la vie d'une nouvelle venue sur l'île qu'il suppose être une amie de sa dulcinée.

Locke vient chercher Sawyer et lui fait croire qu'il détient Ben. Il dit à Sawyer qu'il va pouvoir tuer le chef des "Autres". En réalité, Locke souhaite que Sawyer tue son père car il en est incapable.

Ben révèle, à contre coeur, à Locke quelques secrets sur l'île, en commençant par le mystérieux Jacob. Le secret de Juliet éclate au grand jour. Dorénavent, les habitants savent qu'elle travail toujours pour Ben.

Jack a prévu de faire sauter le campement au moment où les "Autres" viendront enlever les femmes enceintes et ainsi profitée de leur avantage car Ben ne sait pas encore qu'il sont au courant de la manigance. Sayid, quant à lui, tente de faire marcher le téléphone satellite de Naomi. Pour cela, l'un des survivants doit se rendre dans une station sous-marine, le Miroir.

Le téléphone satellite étant à nouveau fonctionnel, Jack et les rescapés tentent d'entrer en communication avec l'équipe de secours de Naomi.

Le téléphone satellite étant à nouveau fonctionnel, Jack et les rescapés tentent d'entrer en communication avec l'équipe de secours de Naomi.