Huit heures sont passées depuis l'évasion de Michael, Lincoln et les autres prisonniers. Bellick et ses hommes sont à leurs trousses. L'affaire est rendue publique et l'agent Spécial du FBI Alexander Mahone s'en mêle déjà alors que ces messieurs n'ont pas encore quitté l'Etat... Hospitalisée pour overdose, le Dr Tancredi est dans un état critique... Michael projette de se rendre dans l'Utah pour récupérer l'argent de Westmoreland. Il leur fait déjà se procurer de l'argent et des vêtements... Veronica découvre que Terrence Steadman, le frère de la Présidente, est bel et bien en vie, caché dans une propriété privée du Montana...

Michael, Lincoln, Sucre, Abruzzi et C-Note décident de poursuivre leur route séparément... LJ doit passer en jugement. S'il est jugé en tant qu'adulte, il finira en prison ! Lincoln veut faire échapper son fils du palais de justice... Bellick et le directeur Warden Pope doivent rendre compte de leurs actes devant le conseil. Les fédéraux, dirigés par l'agent Mahone, prennent en main la traque des fugitifs...

Autorisée à quitter l'hôpital, Sara s'apprête à rentrer chez elle. Mais la police arrive pour l'arrêter... Michael doit à tout prix retrouver la voiture. Il a besoin de ce qu'elle contient pour les faire disparaître son frère et lui... Sucre se met en route pour retrouver Maricruz... Quant à Bellick, motivé par la récompense promise contre chaque fugitif, il est décidé à partir à la chasse à l'homme...

Motivé par l'appât du gain, Bellick et Geary sont sur les traces de Scofield et Burrows... Kellerman tente de se rapprocher du Dr Tancredi en se faisant passer pour un des membres des Alcooliques Anonymes... Mahone a du mal à accepter que les deux fugitifs aient pu se tuer en voiture. Il cherche des indices avant de déclarer publiquement leurs morts...

Michael et Lincoln sont en route pour l'Utah. Ils sont déterminés à trouver l'argent que Westmoreland a caché quelques années plus tôt, avant son arrestation, dans un ranch. Mais ils ne sont les seuls sur le coup. Tweener, C-Note et T-Bag sont également sur la piste de l'argent... Sucre, pour sa part, a d'autres priorités. Il se rend à Las Vegas pour empêcher le mariage de Maricruz et de son cousin Hector... Pendant ce temps, l'équipe de Mahone, qui a retrouvé le disque dur de Scofield, essaie de sauvegarder le maximum de données, une mine d'or susceptible d'aider l'agent du FBI à coincer les fugitifs...

À Toole, Utah, le ranch où est caché l'argent de Westmoreland a été rasé. Mais Scofield, Burrows, T-Bag et Tweener parviennent à localiser l'emplacement du silo, où a été construit une maison. Ils se font passer pour une équipe d'électriciens et commencent à creuser la cave pendant que T-Bag occupe la résidente, une belle blonde légèrement nymphomane. Mahone comprend pourquoi ils vont tous dans l'Utah et son enquête l'amène à déterminer à 100km près où se trouve le magot. Patoshik trouve refuge d'abord dans un fast-food puis chez une vieille dame qui le prend pour un de ses proches. Sara reçoit des messages codés de Scofield, mais elle ne les déchiffre pas. Le gouverneur Tancredi (le père de Sara) aperçoit Kellerman à la Maison Blanche, l'homme que sa fille lui avait présenté comme un compagnon de thérapie.

Les fugitifs sont interrompus par l'arrivée imprévue de la fille de la propriétaire de la maison. Pour ne rien arranger, celle-ci est de la police... En état d'arrestation, Tweener subit un interrogatoire de l'agent Mahone. Jusqu'où est-il prêt à aller pour le faire parler ?... Sara est troublée par la réapparition de celui qu'elle croyait son ami. Elle sait désormais qu'il lui a menti sur son identité et qu'il est probablement dangereux...

Les fugitifs se déchirent pour empocher la totalité de l'argent. Sucre piège ses camarades et se sauve avec le magot... jusqu'à ce qu'il s'aperçoive que son sac ne contient pas un seul billet. Le rusé T-Bag a filé avec tout l'argent sous le nez de toute la bande... Bouleversée par la mort brutale de son père, Sara reçoit une visite inopportune à son domicile. On cherche apparemment à la pousser à se donner la mort en faisant croire à un suicide... Lincoln est parti accueillir son fils à sa sortie de prison. Sachant très bien que c'est un piège et qu'il est surveillé, il attend le bon moment pour agir... Mahone doit donner des explications sur la mort suspecte de son prisonnier, Tweener...

Michael trouve curieux que Mahone en sache autant sur lui. Il décide de mener sa petite enquête pour en savoir plus sur l'homme qui le traque sans relâche... Lincoln est parvenu à sortir son fils d'affaire. Il leur faut maintenant retrouver Michael avant de quitter le pays... C-Note retrouve de vieux amis. Il a besoin de leur aide pour retrouver sa famille sans que les autorités lui tombe dessus...

Bellick et Geary torturent T-Bag pour qu'il leur rélève où il a caché l'argent... Arrêtés par les autorités, Lincoln et son fils sont délivrés en chemin par des inconnus prétendant être de leur côté. Mais Burrows n'est pas homme à donner sa confiance aux premiers venus... Mahone est à Gila au Nouveau Mexique. Il sait que Michael Scofield y a donné rendez-vous à Sara Tancredi. Et il espère bien faire une bonne prise... Informé que Maricruz a refusé de se marier avec Hector, Sucre tente de la contacter. Il pense avoir une chance de recoller les morceaux et fonder une famille...

Aldo Burrows explique à son fils qu'il travaille avec d'autres pour détruire ces corporations qui tirent les ficelles dans l'ombre. Il compte bien démasquer la Présidente et ainsi toucher ceux qui se cachent derrière elle. Et par la même occasion innocenter Lincoln et le sortir de ce complot dans lequel il est pris tel un animal piégé... Kellerman a mis la main sur Sara Tancredi. Persuadé qu'elle sait où se trouve l'enregistrement téléphonique compromettant entre la Présidente et Terrence Steadman, il est prêt à employer tous les moyens pour la faire parler... Michael mesure l'étendue du chemin parcouru pour sauver son frère et les dégâts collatéraux causés...

Lincoln rejoint Michael et Sucre au point de rendez-vous. Il a amené son père avec lui. La rencontre entre Michael et son géniteur ne se passe pas aussi bien qu'on aurait pu le croire. Mais le temps presse, ils ont un avion à prendre. Et Mahone est toujours sur leurs traces... Sara Tancredi refusant de lâcher la moindre information, Kellerman reçoit l'ordre de l'éliminer... Bellick découvre que Geary a été tué...

Alors que Mahone a enfin mis la main sur Scofield et Burrows, la police des frontières intervient. Un contretemps fâcheux qui l'empêche de mener à bien sa mission... Poursuivis par une patrouille, Sucre et le pilote sont contraints de quitter l'avion et sauter en parachute en plein désert du Nouveau Mexique... Sur les traces de son ancienne conquête, T-Bag cherche à se procurer une prothèse pour remplacer sa main...

Avec l'aide de Kellerman, Scofield et Burrows parviennent à échapper à la police. Ils ne comprennent pas le revirement de celui qui les traque depuis des mois et est responsable de la mort de tous leurs proches. Peuvent-ils lui faire confiance ?... Bellick, qui purge sa peine à Fox River, n'a plus aucun allié. Il doit se débrouiller seul face aux prisonniers qui veulent sa peau... T-Bag prend en otage Susan et ses enfants...

Scofield, Burrows et Kellerman se retrouvent dans un cul-de-sac lorsque Steadman se donne la mort. Ils échappent une fois de plus de peu aux autorités, en embarquant avec eux un caméraman. Mahone, qui a repris du service malgré lui, est à nouveau sur la piste des fugitifs... A Fox River, Bellick a passé une sale nuit. Roué de coups, il arrive à l'infirmerie bien amoché...

Michael retrouve Sara à la descente du train. Elle découvre que Kellerman prétend être de leur côté maintenant. La jeune femme a du mal à le croire. Mais celui-ci soutient que son aide leur sera précieuse. Il saurait d'où provient la clé laissée par le père de Sara. Kellerman est-il réellement digne de confiance ? Surtout depuis que le Président Reynolds a repris contact avec lui ?... Mahone, informé que Patoshik a été localisé après avoir tué un civil, propose à Bellick de l'aider à neutraliser les évadés...

Michael et Sara sont vite repérés lorsqu'ils tentent d'entrer dans le club pour récupérer la preuve cachée par le sénateur Tancredi. Kellerman leur apprend que l'ancien directeur de la prison, Henry Pope, est membre du club. Reste à le convaincre de leur venir en aide ! Ce qui est loin d'être chose facile vu que ce dernier a tout perdu à cause d'eux tous.

Lincoln contacte Jane, l'amie de son père qui prend soin de son fils LJ. Elle lui conseille une personne de confiance à qui il pourrait confier l'enregistrement... Mahone met Bellick sur la piste de Sucre au Mexique... Caroline Reynolds est de passage à Chicago ! Kellerman est déterminé à profiter de l'occasion pour régler ses comptes avec la Présidente... C-Note a passé un marché avec Mahone : il se rend à la justice et l'aidera à coincer Scofield en échange de la libération de son épouse et de soins médicaux pour sa fille...

Michael, Lincoln et Sara apprennent que l'enregistrement n'est pas utilisable légalement. Il reste cependant un moyen de pression efficace sur le Président Reynolds. Ça tombe bien le Président est justement à Chicago pour un discours. Leur nouveau plan risque bien de tourner court entre Mahone qui a localisé l'hôtel des fugitifs et Kellerman qui s'apprête à abattre Caroline... Arrivé au Mexique, T-Bag découvre que Bellick était sur le même vol que lui...

Au Mexique, Sucre et Bellick font équipe pour retrouver T-Bag et l'argent... Michael est dépité par la manoeuvre du Président Reynolds. Lincoln et lui ne peuvent plus rien contre elle. Sara s'apprête à rejoindre les deux frères sur un bateau pour quitter le pays lorsqu'elle découvre qu'elle est suivie... Mr Kim a des comptes à rendre suite aux derniers dérapages qu'il n'a pas su contrôler...

Mahone poste un message sur le net à l'intention de Scofield en se faisant passer pour Sucre. Il l'informe que T-Bag, toujours en possession du sac avec l'argent, se trouve à l'hôtel Fin Del Camino à Panama City. Michael, qui a des remords de laisser un type aussi dangereux que T-Bag en liberté, décide d'intervenir malgré l'opposition de Lincoln. Les deux frères étaient pourtant sur le point de quitter le pays à bord du Christina Rose...

Mahone retient Burrows en otage. Il propose un marché à Scofield : l'argent et le bateau contre son frère. Michael a très peu de temps pour mettre un plan au point... Kellerman débarque au tribunal lors du jugement de Sara Tancredi. Il passe aux aveux et raconte les détails de l'affaire avec preuves à l'appui : l'implication de Caroline Reynolds et de ladite Compagnie... Grièvement blessé, Sucre désespère de pouvoir retrouver Maricruz : seul Bellic sait où elle est enfermée, mais celui-ci est sous les verrous...