Michael se retrouve emprisonné avec Mahone et Bellick à Sona, un pénitencier du Panama où les prisonniers sont livrés à eux-mêmes. Les gardiens ont préféré se retirer à la suite d'une émeute survenue un an plus tôt... De son côté, Lincoln profite que les charges contre lui ont été abandonnées pour tenter de faire libérer son frère par les moyens légaux, en passant par le consulat...

La Compagnie retient en otage Sara et LJ ! Elle fait pression pour que Scofield se débrouille pour faire évader de Sona un prisonnier du nom de James Whistler. Accusé d'avoir tué le fils du maire de Panama City, celui-ci craint pour sa vie et se cache au sein du pénitencier... Toujours à la recherche de Maricruz, Sucre est prêt à tout pour la retrouver. Il se procure une arme et se rend à Sona... Dans la prison, le manque d'eau se fait sentir, et les détenus commencent à se rebeller...

Sucre se résoud à laisser Maricruz vivre sa vie loin de lui. Il trouve Burrows dans l'espoir que celui-ci lui donne un peu d'argent... Lincoln reçoit des photos de son fils et de Sara en train de tenir le journal du jour. Mais Michael tient à parler avec Sara au téléphone pour s'assurer qu'elle va bien. Linc tente alors de négocier avec Susan... Sofia apprend à Whistler que le livre est entre les mains de Michael Scofield. Quant à Mahone, il doit lutter contre sa dépendance...

Lincoln est bouleversé par la tournure des événements. Il ne parvient pas à annoncer la mauvaise nouvelle à son frère. De son côté, Michael réfléchit à un plan d'évasion. Il demande à Lincoln de soudoyer le fossoyeur pour les aider à prendre la fuite...

Lincoln continue de cacher à son frère la mort de Sara. Il ne veut pas prendre le risque de faire capoter l'opération, mettant en danger la vie de son fils. Michael cherche un moyen de détourner l'attention des gardes. Pendant ce temps, un nouveau venu à Sona semble reconnaître Whistler...

Michael, Mahone et Whistler mettent au point les derniers préparatifs pour leur évasion. Mais un nouveau détenu du nom d'Andrew Tyge prétend connaître Whistler. Mahone craint que celui-ci leur cause des problèmes... Michael exige une photo de Sara avant de passer à l'action. Et Mahone se voit proposer une réduction de peine en échange de son témoignage dans le cadre de la conspiration Burrows...

Michael est bouleversé d'apprendre la mort de Sara. Furieux, il s'en prend à Whistler et le provoque en duel pour régler leurs comptes. Ce dernier tente de plaider sa cause... en vain ! Michael est déterminé, et Lechero organise le combat...

Susan reçoit une visite inattendue et plutôt menaçante. Elle n'a pas le choix, il lui faut employer tous les moyens pour sortir Whistler de de la prison aujourd'hui même. A Sona, la pression monte aussi. Michael pense avant 4 jours devant lui, mais aucune idée de comment procéder. Il demande l'aide de Lechero...

Après deux tentatives d'évasion en 48 heures à Sona, le général Zavala prend les choses en main. Il place Scofield dans une cage en plein soleil pour l'inciter à parler... Pendant ce temps, Lechero et Whistler tentent de trouver une issue. T-Bag remarque la nouvelle complicité entre les deux hommes et sent que quelque chose se prépare... Dépité, Mahone est renvoyé à Sona...

Les complots continuent de se nouer à Sona. Scofield, Whistler, Lechero et Mahone préparent un nouveau plan d'évasion. T-Bag, toujours à l'affût, se joint à eux. Mais Sammy a reçu pour consigne de se débarrasser de Lechero pour prendre la direction des opérations à Sona. Un retournement de situation qui pourrait bien compromettre leurs projets...

Après les dégâts causés par l'effondrement, le plan de Scofield prend du retard. Un contretemps d'autant plus contrariant que les intempéries oblige Michael à avancer la date de l'évasion...

Le moment venu, Lechero, T-Bag et Bellick profitent de la coupure de courant pour prendre la fuite. Mais à peine la lumière revenue, les fugitifs sont capturés avant même d'avoir atteint la grille. L'alerte est immédiatement donnée ! Michael, Whistler et Mahone parviendront-ils à s'échapper dans ce chaos ?

Ne voulant pas servir de monnaie d'échange, Whistler fausse compagnie à Scofield et Burrows. Entretemps, Susan arrive sur le lieu du rendez-vous avec ses otages, LJ et Sofia... Démasqué par les autorités grâce à T-Bag, Sucre est torturé...