Maia disparaît mystérieusement le 3 Mars 1946, le 11 Mai 1951 en Corée du sud Richard disparaît aussi sous une lumière aveuglante. De nombreuses disparitions sont constatées ses 50 dernières années. Mais voilà qu´aujourd´hui 4400 d´entre elles réapparaissent, inexplicablement, sortant d'une mystérieuse boule d'énergie blanche qu'on pourrait confondre avec une météorite ! Sans une ride ni aucun souvenir de ce qui leur est arrivé. Ils sont comme ils étaient le jour de leur disparition. Alors que ce beau monde tente de reprendre une vie normale, le FBI enquête sur cet étrange phénomène, qui risque de changer l´humanité à jamais...
Orson, un des 4400, semble développer des pouvoirs étranges lorsqu'il se met en colère. Il vient d'ailleurs de tuer celui qui avait pris la suite de son entreprise lorsqu'il avait disparu grâce à eux. Tom et Diana enquêtent sur cette affaire. Seulement, ce n'est pas le seul parmi les revenants. Maia (disparue en 1946) a été placé dans une famille d'accueil puisque ces parents sont morts. Elle annonce des événements qui se passent exactement comme elle l'avait dit. Ses nouveaux parents sont surpris de ce don étrange. Les 4400 essayent tant bien que mal de reprendre une vie normale.
Carl, un des 4400, a repris son travail dans une poissonnerie. Il subit chaque jour les remontrances de son patron qui ne veut pas qu'il discute avec les clients. En sortant il se rend compte que le parc qu'il fréquentait tous les jours avant sa dispartion est maintenant une zone remplie de truants et de trafiquants de drogues. Il se rend compte qu'il a obtenu une force extraordinaire et va contre l'avis de sa femme, essayer de "nettoyer" le parc. Diana et Tom continuent leurs investigations. Ils ne sont plus dupes et savent que certains des 4400 sont revenus avec de nouveaux pouvoirs. Une question se pose : Dans quel but ? Les nouveaux parents de Maia ont décidés de la rendre au gouvernement effrayés par ces pouvoirs de prédictions. Elle essaye alors de se faire adopter par Diana. Une romance se crée entre deux 4400 : Richard et Lily. Kyle, le fils de Tom, est toujours inconscient sur son lit d'hôpital et son père essaie d'en savoir plus en interrogeant Shawn, qui était présent lorsqu'il est tombé dans le coma. Mais celui-ci ne se souvient de rien.
Les médias commencent à s'interesser de plus à plus aux 4400 en particulier la journaliste Barbara Yates. Un des enlevés, Jordan Collier, un mania de l'hôtellerie, témoigne pour balayer la diabolisation qui pèse sur les 4400. Pendant ce temps, un tueur en série a refait surface, et tous les soupçons vont vers Knox, un des 4400, qui avait disparu juste après que les meurtres s'arrêtent. Mais il a d'excellents alibis puisqu'il a le pouvoir de persuader les gens de faire le sale boulot à sa place. Diana a acccepté de loger Maia chez elle pour une durée encore indetémerminée. Richard et Lily rencontent Jordan Collier qui promet un job de chef de la sécurtié de la fondation des 4400 à Richard. Lily ressent beaucoup de confiance envers Jordan et lui avoue qu'elle est enceinte alors qu'avant son enlèvement, elle n'avait pas eu de rapports sexuels avec son mari. Il lui conseille d'en parler à personne. Le bébé semble avoir la faculté de communiquer avec sa mère comme dans la scène où il lui fait sentir qu'il n'aime pas l'appartement (voir épisode précedent). A ne pas louper la scène qui lève le voile sur le mystère qui entoure l'enlèvement de Shawn.
Tom et Linda se rendent à l'hôpital pour tenter d'en savoir plus sur l'état de santé de Kyle. Richard et Lily s'apprêtent à entrer dans leur appartement quand l'ex-pilote de l'air, ouvrant la porte, aperçoit un fil relié à la poignée. Il se jette à terre, entraînant sa compagne, tandis qu'une explosion ravage leur logement. Ils se relèvent indemnes. Tom et Diana sont aussitôt chargés de l'enquête. C'est le troisième attentat visant des membres des 4400, depuis que leurs coordonnées ont été diffusées sur Internet. Ils découvrent que les trois bombes étaient de fabrication artisanale. Richard et Lily acceptent d'emménager dans la résidence que Jordan Collier met à disposition des «revenants»...
Tom est hors de lui quand il apprend l'irruption de Warren Lytell et ses hommes dans la chambre de Kyle. Au siège du département de la Sécurité nationale, l'agent fédéral se rue sur Warren, chargé de reprendre en main le service de Dennis Ryland, et lui pointe son revolver sur la gorge. Son supérieur essaie de raisonner Tom qui finit par quitter le bureau. Diana le croise au moment où il s'apprête à prendre sa voiture. L'agent lui avoue qu'il a découvert le don de Shawn...