Liz Parker est une brillante lycéenne qui, à ses heures perdues, travaille dans le restaurant de son père à Roswell, au Nouveau-Mexique. Lors d'une bagarre entre deux clients, un coup de feu éclate, et Liz est grièvement blessée. Sur place, Max, un élève du lycée, la guérit miraculeusement. Sa vie est bouleversée lorsqu'il lui apprend qu'il est, en fait, un extraterrestre...

Michael cherche à voir la photo de l'extraterrestre que Liz a entraperçu chez le shérif. Il est persuadé que ce cliché peut l'aider à savoir d'où viennent les extraterrestres, qui ils sont, pourquoi ils sont sur Terre et peut-être comment ils peuvent retourner chez eux. Liz suspecte la nouvelle remplaçante du professeur de géométrie d'être une chasseuse d'extraterrestres...

L'inquiétude gagne Max et ses amis. Leur confiance en Maria s'effiloche et ils doivent la surveiller pour empêcher qu'elle ne dévoile leur secret. Son comportement étrange rend d'ailleurs le shérif Valenti fort suspicieux. Isabel utilise alors ses pouvoirs pour intervenir dans les rêves de Maria et trouver un moyen pour qu'elle ne parle pas au shérif...

En colère après avoir vu Max flirter avec Liz au restaurant, les amis de Kyle le suivent, l'encerclent et l'agressent. Max décide de cacher cette mésaventure à Liz. Celle-ci attend impatiemment la venue de sa grand-mère à Roswell. Mais quelque temps après son arrivée, la vieille dame, victime d'une attaque, est emmenée d'urgence à l'hôpital...

Liz panique lorsqu'elle ne trouve pas son journal intime, dans lequel elle décrit comment Max a utilisé ses pouvoirs pour lui sauver la vie. Maria l'aide à chercher le voleur. Les soupçons des deux jeunes filles se portent sur Alex. En effet, Liz et Maria ne lui parlent plus, ce qui pourrait expliquer un tel acte...

Michael est déterminé à se rendre à Marathon, au Texas, afin de trouver ce qui se cache derrière le mystérieux dôme géodésique qu'il a vu plusieurs fois au cours de ses rêves. Il est convaincu que le secret de ses origines se trouve dans ce dôme. Après avoir voulu l'empêcher de partir, ses amis finissent par le rejoindre...

Le groupe est toujours coincé dans la pièce secrète d'Atherton, dans le dôme, à la recherche d'indices de l'arrivée des aliens sur Terre. Avant de quitter l'endroit, Isabel a le temps de prendre un mystérieux pendentif dont la forme lui rappelle un symbole que Max et elle avaient l'habitude de dessiner lorsqu'ils étaient jeunes. De leur côté, Liz et Max se rendent dans une réserve indienne pour y chercher des informations sur l'extraterrestre qui a disparu en 1959...

Lors d'une ballade en voiture, Liz et Max ont un accident en voulant éviter un cerf. Blessé, Max est aussitôt emmené à l'hôpital. Alors que l'infirmière s'apprête à lui faire une prise de sang, Liz réalise que cet échantillon risque de révéler que Max est un alien...

Liz est déconcertée lorsqu'elle aperçoit Michael et Maria flirter dans un restaurant, puis Kyle, main dans la main avec sa nouvelle petite amie. Mais elle est encore plus perturbée quand, passant devant le bureau du principal, elle voit Alex interrogé par monsieur Forrester et Valenti. Les deux hommes veulent savoir si Alex sait quelque chose sur la disparition de madame Topolsky...

Michael est troublé par un dessin présent dans la grotte que l'Indien a montrée à Max. Persuadé que ce dessin fait partie d'un langage alien, Michael retrouve l'Indien dans sa réserve et participe à un rituel. Plus tard, Alex et Isabel le découvrent inconscient au centre d'études extraterrestres...

Utilisant ses dons, Max sauve sa mère des flammes, éveillant sa suspicion. Isabel tente de convaincre le jeune homme de tout lui raconter. De son côté, Michael veut remercier Maria de l'avoir secouru lorsqu'il était malade...

Des lumières apparaissent dans le ciel, pendant la nuit, non loin de Roswell. Tout porte à croire qu'il s'agit de la venue d'extraterrestres sur Terre. Le shérif Valenti, Liz et ses amis se démènent pour arriver les premiers sur les lieux, juste à côté de la réserve indienne...

La convention sur les extraterrestres à Roswell attire une foule colossale. Le shérif Valenti, étonné d'y voir Everett Hubble, un chasseur d'extraterrestres, lui fait comprendre qu'il n'est pas le bienvenu sur le site. D'autant qu'Everett se plaît à répéter à qui veut bien l'entendre qu'il connaît toute la vérité sur le fameux meurtre qui, en cette nuit de 1972, a marqué la fin de la carrière du père de Valenti...

Liz est la grande gagnante d'un concours radiophonique. Sa récompense consiste en un rendez-vous au restaurant en compagnie de l'homme parfait. Maria intègre le groupe de rock d'Alex. Michael pense avoir percé le secret d'une carte mystérieuse et tente de convaincre Isabel d'envoyer un message au quatrième extraterrestre encore inconnu, lequel serait capable de changer son apparence. De son côté, Kyle propose à Max d'enterrer la hache de guerre...

Max remarque que Michael porte des traces de coups sur le visage. En le questionnant, il apprend que son père adoptif le bat depuis quelque temps. Isabel conseille alors à Michael de quitter le domicile familial pour se mettre à l'abri et contrôler ses pouvoirs afin d'épargner son père. Le garçon refuse, par crainte d'attirer l'attention sur lui. Maria et Liz, quant à elles, sont déstabilisées après avoir vu le shérif Valenti embrasser la mère de Maria...

Lorsque Max et Liz s'embrassent pour la première fois, Liz parvient à voir des images du passé de Max. De la même façon, Max voit le passé de Liz. Celle-ci décide de se confier à Maria, mais son amie s'empresse de le répéter à toute l'école. Michael et Maria, eux aussi, s'embrassent sans arrêt. Isabel, qui commence à en avoir assez d'être célibataire, se rapproche d'Alex. Les jeunes gens finissent par échanger des baisers, Isabel prétextant que cela pourrait l'aider à avoir des visions...

L'agent du FBI Kathleen Topolsky revient à Roswell pour prévenir la bande qu'un chasseur d'extraterrestres les recherche. Elle leur conseille d'agir comme des adolescents normaux. Une nouvelle élève arrive au lycée et sympathise rapidement avec Isabel. Max et Michael préviennent Isabel que sa nouvelle amie fait peut-être partie d'un piège...

Max se sent irrésistiblement attiré par Tess, la nouvelle amie d'Isabel, et cette attirance se traduit par d'incontrôlables rêves érotiques. Ainsi, lorsqu'il embrasse Liz, Max se surprend à penser bien malgré lui à Tess. Il se confie à Michael, lui avouant qu'il soupçonne Tess de savoir sur lui des choses que personne d'autre ne sait. Les aliens et leurs amis pensent quant à eux que Tess n'a pas la conscience tranquille. Le shérif Valenti, poursuivant ses investigations, apprend que Topolsky aurait trouvé la mort dans un incendie d'origine criminelle. Enfin, Michael découvre que quelqu'un aurait placé une caméra dans son appartement...

Isabel fait un rêve dans lequel elle avoue à Alex qu'elle est prête à s'engager dans une relation avec lui. C'est alors qu'Alex la réveille : ils sont dans l'entrepôt et ont passé la nuit à surveiller Tess grâce à la caméra. Mais celle-ci s'en va en cours, et c'est Michael et Maria qui prennent le relais. Petit à petit, l'énigme qui entoure la mystérieuse Tess s'éclaircit. Isabel accède à son dossier scolaire, tandis que Max et Michael ont des visions très explicites de la jeune fille. Isabel et Michael, quant à eux, font des rêves étranges dans lesquels ils se voient parents d'un adorable bébé...

Après avoir eu des visions, Isabel pense qu'elle pourrait être enceinte de Michael. Maria surprend une conversation entre Michael et Isabel à ce sujet. Elle le prend très mal. Alex, qui apprend la nouvelle par cette dernière, réagit différemment. Il propose à Isabel de l'aider. Michael et Isabel apprennent que Tess est de leur côté mais ne savent pas, tout comme Max, s'ils peuvent lui faire confiance. Nasedo, l'extraterrestre capable de changer de forme, prend l'apparence de Max et capture Liz afin de prendre au piège le chasseur d'extraterrestres, l'agent Pierce...

Max se retrouve dans une pièce entièrement blanche dont il ne sait pas comment sortir puisqu'elle n'a ni porte ni fenêtre. Isabel entre en contact télépathique avec lui et lui révèle la clé de cette énigme. Après leur évasion de la base militaire, Tess et Michael sont sans nouvelles de Nasedo. Ils ignorent où il est passé et ne parviennent pas à le localiser...

Michael sauve Max et tue accidentellement l'agent Pierce. Nasedo prend la forme de l'agent et essaie de contrôler le programme anti-extraterrestre du FBI. Max et ses amis peuvent s'enfuir grâce à l'intervention du shérif. Ils arrivent ensuite à décrypter le mode de fonctionnement des communicateurs et découvrent un message holographique de la mère de Max et Isabel...