Max, hanté par l'image de son fils disparu, entraîne Liz dans une recherche effrénée de l'enfant. Leur enquête les mène à un supermarché où se dissimule un vaisseau spatial. Le couple, dénoncé par un mystérieux informateur, est arrêté pour tentative de hold-up. De son côté, Isabel poursuit une liaison clandestine avec Jesse, un bel avocat. Michael est, quant à lui, très occupé à mettre de l'ordre dans sa vie...

Michael, tout fier d'avoir décroché un job de vigile, déchante vite. Sa maladresse lui vaut d'être prestement limogé par son employeur. De son côté, Kyle se rend compte qu'il est seul désormais à assumer les dépenses de sa famille, car Jim, son shérif de père, a décidé de tout plaquer pour se lancer dans une carrière musicale avec un groupe local. Max et Liz continuent à se voir malgré le désaccord de leurs parents...

Aidée par le fantôme d'Alex, Isabel surmonte ses peurs et assume ses sentiments envers Jesse. Maria, délaissée par Michael, a la surprise de le retrouver au bowling et de découvrir un aspect de sa personnalité qui lui était totalement inconnu. De leur côté, Max et Liz affrontent le père de la jeune femme qui désapprouve leur relation...

Max part enquêter à Hollywood où un meurtre a été commis. Il est persuadé que l'auteur en est un extra-terrestre. Ses investigations le conduisent dans les studios de la Paramount, sur le plateau d'une production fantastique : «They are among us». Et contre toute attente, le jeune homme se retrouve à auditionner pour interpréter le rôle d'un extra-terrestre dans un épisode de la série «Star-Trek». Le producteur Jonathan Frakes remarque ses talents d'acteur...

Max demande à Kal Langley de l'aider à retrouver son fils : il est le seul à pouvoir localiser le vaisseau et surtout à savoir le piloter. Mais son ancien protecteur se met en colère et refuse catégoriquement de l'épauler. Il le menace même violemment... Isabel annonce ses fiançailles à ses proches. Une nouvelle qui sidère sa mère, Diane, et ses amies. Toutes essaient de la dissuader d'épouser Jesse. En vain. Isabel attend patiemment le retour de Max pour lui faire part de l'événement. Diane, fébrile, l'appelle sur son portable : il doit convaincre sa soeur de renoncer à ce mariage. Mais l'arrivée inopinée de Langley met fin à cette conversation. Max, au cours de sa discussion avec Kal, s'aperçoit qu'il peut lui donner des ordres...

Peu avant son mariage, Isabel fait un rêve étrange concernant son ancien amant extra-terrestre, Kivar, et s'en ouvre immédiatement à Kyle. Max confie un peu plus tard à Isabel que son voyage à Los Angeles ne s'est pas déroulé comme il l'avait espéré. Jesse propose à Max d'être son garçon d'honneur. Le jeune homme hésite mais finit par accepter. Il profite de l'enterrement de vie de garçon du futur marié pour mener son enquête sur son passé. Ce qu'il découvre est plutôt surprenant...

Isa et Jesse, enfin mariés, s'apprêtent à partir en lune de miel. Mais, peu avant le départ, Isa prévient Kyle de la présence de Kivar et lui demande de prévenir Max et Michael le plus rapidement possible. Ceux-ci décident alors de protéger les deux époux de l'influence néfaste de Kivar. Celui-ci est en effet fermement décidé à rejoindre sa planète en compagnie d'Isabel. Philip, de son côté, mène une enquête pour le compte de Max. Il cherche à en apprendre plus sur la mystérieuse disparition de Tess et sur le rôle que le père de Liz a pu jouer dans cette affaire...

Maria qui se pose des questions sur son couple décide de se lancer à fond dans sa passion : la musique. Ce qui ne va pas arranger ses relations avec Michael. Le père de Max, de son côté, essaie toujours de rassembler les pièces de son enquête. Isabel s'associe à Max dans le but de le stopper dans ses recherches.

Pendant la période de Noël, dans le pub Crashdown plein à craquer, Max remarque qu'un petit garçon, sagement assis à côté de sa mère, ne cesse de le fixer. Au bout de quelques instants, l'enfant se dirige vers lui en murmurant «papa». L'événement est d'autant plus troublant que le petit Samuel est autiste et n'a jamais prononcé le moindre mot. Intrigué, Max se prend très vite d'affection pour cet enfant, qui a peut-être été choisi par son fils pour entrer en contact avec lui. Pendant ce temps, Michael participe à une oeuvre caritative et se déguise en Père Noël. Quant à Isabel et Jesse, ils passent leurs premières vacances ensemble en tant que mari et femme....

C'est le réveillon du jour de l'an. Les uns ont raté leur correspondance d'avion et d'autres travaillent en ce soir de la Saint Sylvestre. Il se déroule dans la ville une fête : Enigma. Il s'agit de trouver des indices dispersés un peu partout, une sorte de chasse aux trésors. Maria, Max, Kyle et Isabelle partent à leur recherche. Ils se rendent au lycée où se trouve le premier indice. Cependant, ils se fourvoient pour le deuxième indice. Entre temps, Mikael est pris d'une violente crise : il est hypersensible et tous ses sens sont développés. Il n'est plus en mesure de contrôler ses pouvoirs. Quel est l'origine de ce mal ?

Isabel découvre que l'ami journaliste de Jesse venu à Roswell enquête sur elle, sur Max, et sur Michael après avoir vu ce dernier utiliser ses pouvoirs. Entre temps, elle fantasme sur ce que serait sa vie si Jesse savait qu'elle est une extra-terrestre.

Quand Liz s'aperçoit qu'elle commence à se transformer en extra-terrestre, elle prend conscience qu'il lui faut s'éloigner le plus possible de Max et décide de quitter Roswell définitivement pour un pensionnat dans le Vermont. Pendant ce temps, Maria se voit offrir un contrat avec une maison de disques à New-York, mais elle n'est pas persuadée que transformer sa musique pour la rendre plus commerciale soit une bonne idée.

Après la mort suspecte d'un de ses collègues, Michael enquête au sein de l'usine pharmaceutique où il travaille. Avec l'aide de Valenti, il découvre que les dirigeants de la société le surveillent depuis des mois et savent qu'il est un alien ! Quand Valenti est capturé, Max, Isabel et Michael volent à son secours. Mais, au cours de l'opération, Valenti est blessé à mort et Max utilise ses pouvoirs pour le guérir. Malheureusement, le milliardaire Clayton Wheeler et son épouse, les propriétaires de l'usine, sont témoins de la scène. Max réalise alors que Wheeler est celui qui espionnait Michael depuis le début. Le vieil homme, qui est sur le point de mourir, est à la recherche de l'alien capable de le sauver et, sous la menace, il force Max à le guérir. Mais la maladie de Clayton est si avancée que Max y laisse sa force vitale. Le corps de Max meurt et seul son esprit vit encore dans le corps du milliardaire qui rajeunit pour prendre l'apparence de jeune alien. Michael et les autres parviennent à s'enfuir, mais Isabel est grièvement blessée...

L'esprit de Max occupe désormais le corps de Clayton Wheeler, mais le milliardaire souhaite se débarasser de cet hôte envahissant. Obsédé par des images de Liz, il décide de la retrouver et de la tuer pour détruire définitivement l'âme de l'alien. Il se rend alors dans le Vermont, où Liz a intégré une école privée. Heureusement, l'esprit de Max est encore assez fort pour vaincre Clayton. Grâce à Liz, il parvient à tuer le milliardaire et reprend alors le contrôle de son corps. Pendant ce temps à Roswell, Michael fait appel à un ancien médecin pour soigner Isabel, et Jesse commence à soupçonner la vérité.

Après la mort temporaire de Max, Michael découvre qu'il porte désormais sur le corps le sceau royal des aliens. Il possède également les pouvoirs de Max et se met à se comporter de façon très violente. Il veut éliminer tous les Humains au courant de leur secret, y compris Jesse, qui sait désormais que sa femme est une extraterrestre. Mais Isabel et Max parviennent à l'arrêter et Michael retrouve ses esprits après avoir reçu une belle correction de Max.

Dans le désert, Michael assiste au crash d'un vaisseau alien qui vient de percuter un avion de chasse. Mais il doit fuir les lieux quand l'armée arrive. Par la suite, il mène son enquête avec Connie, la fille du pilote de chasse que l'armée prétend mort. Mais Michael sait que le pilote a eu le temps de s'éjecter. Il sauve la vie de la jeune fille quand l'armée décide de l'exécuter et, avec l'aide de Max, parvient à faire sortir son père de la base militaire où il était retenu prisonnier. Parallèlement, la mère d'Isabel cache une caméra dans la chambre de sa fille afin de découvrir le secret de ses enfants. Plus tard, en visionnant la cassette, elle et son mari prennent conscience des pouvoirs d'Isabel...

Tess est de retour sur terre avec Zan, le fils de Max. Ils ont dû fuir leur planète pour échapper au tyran Khivar, qui a refusé de laisser le trône à Zan car il est 100 % humain. Tess s'est écrasée dans le désert avec son vaisseau, mais l'armée est désormais à ses trousses. Elle trouve refuge chez les Evans au moment même où les parents de Max et Isabel les interrogent sur leurs pouvoirs. Le temps presse et Isabel et son frère sont obligés d'avouer la vérité sur leurs origines à leurs parents adoptifs. Max et ses amis décident ensuite d'exécuter Tess, mais Liz s'y oppose. Tess accepte alors de se rendre à l'armée pour protéger les autres aliens. Néanmoins, une fois sur place, elle préfère se suicider en détruisant la base par la même occasion. Max est ravi d'avoir retrouvé son fils, mais, souhaitant qu'il mène une vie normale, il préfère le faire adopter.

Liz développe un nouveau pouvoir, celui de voir le futur. Elle est terrorisée quand elle a une vision de sa propre mort aux côtés de Max, Michael et Isabel. Le groupe décide alors de quitter la ville après la remise de leur diplôme de fin d'études. Néanmoins, Michael préfère partir seul de son côté et quitte Maria en lui avouant son amour. Mais l'armée a choisi le jour de la remise des diplômes pour abattre les aliens et leurs amis. Michael revient cependant à temps pour créer une diversion et tous les aliens et leurs amis s'échappent. Contrairement à ce qui était prévu au départ, Kyle, Maria, Michael, Liz, Max et Isabel décident de partir ensemble. A la dernière minute, Liz fait parvenir son journal intime à ses parents, où elle leur raconte toute la vérité et leur apprend son mariage avec Max.