L'épisode commence où s'était terminé le season finale précédent. Lorelai se réveille dans le lit aux côtés de Christopher. Confuse, elle sort en urgence, ignorant les demandes de Christopher de rester. Une fois chez elle, elle se débarasse de tout ce qui lui rappelle Luke. Rory reçoit un jouet fusée de la part de Logan et se demande bien ce que cela signifie. Elle décide de le rejoindre à Londres pour l'été, et y apprend qu'il lui a acheté un billet pour qu'elle aille lui rendre visite à Noël. Par ailleurs, Kirk et Taylor causent un accident bizarre qui endommage le restaurant de Luke. Paris accepte d'aider une étudiante, Katilin, à étudier pour les SATs. Rory et Lorelai passeront du temps ensemble à un match de racquetball. Finalement, Luke se rend chez Lorelai pour lui demander de s'enfuir avec lui...

Rory est triste depuis que Logan est parti et surtout du fait qu'ils ont dû annuler leur voyage planifié depuis longtemps en Asie. Afin de redonner le moral à Rory et de se changer les idées vu le tournant qu'a pris dernièrement ses propres amours, Lorelai transforme sa maison sur le thème asiatique. Afin de réparer les dégâts causés au restaurant de Luke, T.J. arrive en ville, et Luke lui annonce sa séparation avec Lorelai. Lorsque cette dernière rencontre Luke en ville, ils ont une confrontation très douloureuse et Luke ne peut cacher sa colère à propos de leur récente rupture. Rory apprend avec tristesse que sa mère a couché avec Christopher et est furieuse. Par ailleurs, Lane et Zack rentrent de leur lune de miel à Mexico, chacun avec leur propre histoire d'horreur.

Quand Richard et Emily n'ont aucune réaction particulière à l'annonce de la séparation de leur fille et Luke, Lorelai réalise soudainement que, pour l'essentiel de sa vie sentimentale, elle a toujours fait ou ressenti les choses à l'opposé de la volonté de ses parents. Plus tard, quand Michel force Lorelai à assister au bal des débutants organisé par Emily, Lorelai découvre que certaines choses que ses parents ont voulu pour elle n'étaient en fait pas si terribles. Elle rencontre une enfant de 10 ans, nommée Charlotte, qui lui rappelle elle lorsqu'elle avait son âge et la fait réfléchir sur les choix qu'elle a fait dans sa vie. Par ailleurs, Rory a des difficultés à supporter sa relation à distance avec Logan. Enfin, après avoir sorti Rory pour un dîner père/fille, Christopher fait une effrayante révélation à Lorelai.

Lorelai et Christopher commencent à sortir ensemble, et même si Lorelai a du mal à s'impliquer complètement dans cette relation, Christopher organise un rendez-vous romantique pour gagner à nouveau son coeur... De retour à Yale, Rory rencontre deux étudiantes excentriques lors d'une exposition d'art, et Richard est invité pour une conférence. Luke a la charge d'April pour quelques semaines car Anna doit quitter la ville. Par ailleurs, Emily est arrêtée parce qu'il est illégal de parler au téléphone en conduisant dans le Connecticut et Lorelai est obligée de l'aider à sortir de prison.

Emily et Richard se réjouissent de voir Lorelai et Christopher se présenter au souper du vendredi soir ensemble. Christopher révèle que Sherry lui a envoyé une lettre disant combien elle regrettait d'avoir abandonné leur fille, GiGi et qu'elle voudrait que celle-ci lui rende visite à Paris. Lorelai n'arrive pas à croire que Chris puisse réellement accepter et elle se dispute avec lui pendant le dîner. Logan retourne en ville pour un voyage d'affaire et rend ainsi une visite surprise à Rory. Rory est très heureuse, mais durant le dîner avec les collègues de Logan, elle se rend compte qu'elle n'a aucun lien avec son nouveau monde, et se sent particulièrement menacée par une de ses nouvelles collègues. Par ailleurs, Stars Hollow est affectée par une terrible odeur lorsqu'un train avec une cargaison de cornichons déraille, et Taylor refuse de payer pour le nettoyage.

Christopher discute avec Lorelai de son projet de rendre visite à Rory à Yale pendant la Semaine des Parents, et Lorelai est surprise de découvrir que Richard et Emily y vont aussi. Pour essayer de prouver à quel point il est cool, Christopher invite tous les collègues de Rory au Yale Daily News à un dîner dans un restaurant chic où ils boivent tous beaucoup trop. Le repas se termine brusquement lorsque Rory insiste pour partir pour couvrir une histoire de coeur brisé. Luke rencontre le professeur de natation d'April, Susan Bennett (Mia Cottet) qui le convainc de prendre des cours pour adulte. Lorsque le coach commence à flirter, Luke lui propose de sortir avec lui...

Christopher et Lorelai emmènent GiGi rendre visite à sa mère à Paris. En dépit d'un sévère retard de l'avion, ils parviennent à faire une visite magnifique et très romantique de la ville. Rory arrive à la fin de son tour comme rédactrice-en-chef du Yale Daily News et soudainement commence à doûter de son avenir. Ses nouvelles amies Olivia (Michelle Ongkingo) et Lucy (Krysten Ritter) lui proposent un petit voyage à Stars Hollow pour une nuit entre fille. Rory est surprise de découvrir que le nouveau petit ami de Lucy est en fait son vieil ami Marty (Wayne Wilcox), qui prétend ne pas connaître Rory !! Christopher et Lorelai rentrent à la maison avec une surprise pour tout le monde.

Lorelai invite Rory à dîner pour lui annoncer qu'elle et Christopher se sont mariés à Paris. Rory fait semblant d'être contente car Chris est dans la pièce, mais plus tard avoue à Lorelai à quel point elle est en réalité blessée et fâchée. De retour en ville pour le lancement de sa nouvelle compagnie internet, Logan invite Rory à la fête de lancement, où elle rencontre un éditeur de magazine qui lui suggère d'écrire un article sur l'événement. Rory écrit un article très critique, décrivant les invités comme une élite gâtée. Logan est blessé et fâché, accusant Rory d'hypocrisie vu qu'elle vit en ce moment dans son appartement sans devoir payer de loyer. Sur la défensive, Rory décide de trouver son propre appartement. Pendant ce temps, lorsque April doit affronter une urgence médicale, Luke, paniqué, demande de l'aide à Lorelai.

Quand Christopher demande à Lorelai pourquoi elle évite de le faire participer à la vie quotidienne de Stars Hollow, elle admet qu'elle craint que ses vieux amis ne puisse pas l'accepter. Christopher fait des efforts pour créer des liens avec les gens de la ville, et Lorelai l'emmène au festival "knit-a-thon" (un tournoi de tricotage), mais son geste pourtant bien intentionné sera très mal considéré par toute la ville. Quand Olivia (Michelle Ongkingo) lance une fête d'anniversaire sur le thème de 2002 pour Lucy (Krysten Ritter), Rory saisit sa chance de confronter Marty à la froideur qu'il a envers elle depuis son retour. Finallement, Luke est touché par la naissance du bébé de Liz et T.J., et lorsqu'il apprend que Anna prévoit de déménager au Nouveau Mexique avec April, il réclame les droigs égaux en tant que parent.

Luke et Lorelai partagent un doux moment lorsque Luke lui présente le bébé de Liz. Christopher assiste à la scène et soupçonne Lorelai de n'être pas complètement engagée dans leur relation et leur mariage. Le jour suivant, Lorelai et Christopher se disputent à propos des voeux qu'ils devraient échanger à la fête de mariage qu'Emily organise en leur honneur. Luke contacte un avocat pour régler ses problèmes de garde avec Ana, puis tombe sur Christopher avec qui il a une affreuse confrontation dans les rues de Stars Hollow. Par ailleurs, quand Logan découvre que Rory et Marty ont prétendus à Lucy qu'ils s'étaient seulement déjà rencontré auparavant, plutôt que d'admettre leur ancienne amitié, il dit la vérité à la jeune fille. Emily donne un avertissement à Lorelai à propos de son mariage.

Plutôt que de célébrer Noël alors que Rory est à Londres pour les vacances, Lorelai et Christopher décident de reporter leurs vacances et de faire un "Noël après Noël" quand toute la famille sera réunie. Quand Rory rentre à Stars Hollow, ils décorent plusieurs sapins de Noël, font leur shopping et cuisinent même des buiscuits de Noël pour la première fois en famille... Luke se rend à l'auberge pour demander à Lorelai de lui écrire une lettre de recommendation pour obtenir la garde d'April. Lorelai a du mal à écrire la lettre. Elle et Rory tombent sur Luke et April dans un magasin et Lorelai se rappelle soudainement à quel point Luke a été important dans la vie de Rory. Inspirée, elle écrit la lettre et l'envoie à Luke. Rory décide d'écrire une lettre d'excuse à son amie Lucy, expliquant pourquoi elle et Marty ont gardé leur amitié secrète.

Rory rentre à Yale après un break hivernal et laisse à Lucy un message pour s'excuser de sa déception, tandis que Paris tend une ambuscade à Rory avec leur projet de choses qu'elles doivent accomplir pendant le dernier semestre. Luke et Anna apparaissent devant un juge pour leur affaire de garde. Sookie demande à Lorelai de bien vouloir garder ses enfants de manière à ce qu'elle et Jackson puissent aller skier, mais le comportament de Sookie est mysthérieusement inconstant. Christopher trouve la lettre que Lorelai a écrit pour Luke et ce qu'il y lit ne lui plait pas beaucoup.

Dans la salle d'attente de l'hôpital, Lorelai, Rory et Emily patientent anxieusement pour obtenir des nouvelles sur la situation de Richard. Quand Logan apprend ce qui s'est passé, il s'envole en hélicoptère pour être aux côtés de Rory. Lorelai n'arrive pas à joindre Christopher, qui est toujours fâché à propos de leur dispute la nuit passée. Elle est soulagée quand Luke se pointe à l'improviste et se porte volontaire pour aider Emily.

Deux jours après son opération, Richard commence à se remettre, et Rory retourne à Yale, où elle découvre que le cours d'économie de Richard est maintenant tenu par un jeune professeur très attirant, Tucker Culbertson (Cameron Bender), qui trouble Rory par son charme. Tandis que Lorelai essaie de se distraire pour ne plus penser aux problèmes dans son mariage, elle et Sookie plannifient des funérailles pour le bien aimé chien de Michel. Finallement, Christopher décide qu'il est temps de parler, et lui et Lorelai discutent du principal problèmes qui hante leur mariage : les sentiments de Lorelai pour Luke.

Lorelai prend son courage à deux mains pour annoncer à ses parents sa rupture avec Christopher, mais sa tentative est mise en échec quand Emily lance une discussion sur les repas sains et la politique contre l'alcool qu'elle a instauré afin d'aider à ce que Richard retrouve la santé après sa crise cardiaque. Lorelai demande à Sookie d'apporter à Richard des mets sains mais délicieux, puis aide Emily à organiser les affaires de Richard. Suite aux effets d'une demi-bouteille de scotch, Lorelai avoue finalement à sa mère que son mariage est brisé. Rory assiste à un dîner d'anniversaire étrange organisé pour Logan par son père Mitchum Huntzberger, qui lui demande d'aider à remettre Logan dans la bonne direction. Plus tard, Logan reçoit des nouvelles perturbantes sur une compagnie internet qu'il a acheté. Enfin, Luke partage sa maison avec Liz, T.J. et leur fille pendant que leur maison est en train d'être désinfectée.

Alors qu'elle est en pleine plannification de la fête en l'honneur des bébés de Lane, Rory reçoit l'appel tant attendu du New York Times lui offrant une interview informationnelle. Lorelai se retrouve à négocier la paix entre Lane et Mme Kim à propos de la manière dont Lane élève ses jumeaux. Logan se confie à Rory concernant des problèmes qu'il a dans son travail, et celle-ci lui offre son soutien, mais quand Logan lui annonce qu'il va s'envoler vers Las Vegas, Rory est déçue et inquiète. Quand Luke découvre que Liz et T.J. essayent de vendre son bateau, il décide de faire quelques changements dans sa vie et d'emmener April en voyage sur son bateau pendant l'été.

Lorelai prévoit de partir en voyage en Caroline du Nord pour assister au mariage de Mia (Kathy Baker), la femme qui a pris Lorelai et Rory sous son aile et était considérée par Lorelai comme une mère, plus qu'Emily. Rory a une dispute avec Logan sur sa réaction immature concernant son travail, et accepte de partir en voyage avec Lorelai. Emily s'invite à la fête, afin de s'éloigner un peu de Richard qui la rend folle tandis qu'il se remet progressivement de son opération. Au mariage, Emily est déçue par l'étroite relation que Mia partage avec Lorelai et Rory. Lorelai apprend qu'Emily est venue voir Mia il y a 5 ans pour lui demander des photos de sa fille et sa petite fille durant les années où elles étaient en mauvais termes. Logan fait une apparition surprise et demande à Rory de lui pardonner. Lane et Zach demandent à Luke d'être le parrain des jumeaux. Lane finit par accoucher et Luke aide à ce que tout le monde vienne la soutenir à l'hôpital.

Alors que Stars Hollow se pépare pour sa fête de printemps annuelle, Rory ramène Logan chez elle et lui fait découvrir la petite ville. Lorelai se rend compte à quel point leur relation est devenue sérieuse et s'inquiète car elle trouve Logan trop irresponsable pour Rory. Taylor met toute la ville en colère lorsqu'il dépense l'entièreté du budget de la fête à l'achat d'un gigantesque labyrinthe en ballots de foin. En explorant le labyrinthe, Lorelai et Luke se tombent dessus et reconnaissent tous deux qu'ils ont fait des erreurs qui ont conduit à leur rupture. Rory obtient une interview avec le "Providence Journal-Bulletin" et doit faire face à des décisions concernant son futur.

Lorelai s'arrête au resto de Luke pour déjeuner... c'est la première fois depuis qu'ils ont rompu, mais elle trouve qu'ils sont mal à l'aise ensemble. Plus tard, sa Jeep tombe en panne et elle demande à Luke de l'aider à s'acheter une nouvelle voiture. Alors qu'ils regardent ensemble à des voitures, ils se disputent, mais Lorelai prend secrètement ça comme un bon signe. Paris est accepté dans plusieurs écoles de droit et de médecine, et décide qu'elle doit rompre aec Doyle, afin que leur relation n'influence pas son choix. Rory reçoit une lettre surprenante qui va avoir de l'influence sur ses projets futurs.

Avec l'approche de la remise de diplômes, Rory est anxieuse concernant le futur, c'est pourquoi Lorelai essaie de la divertir avec une journée entre filles à manger et faire du shopping. Lorelai remarque avec joie que Luke recommence à porter la casquette de baseball qu'elle lui avait donné, et l'invite à se joindre à elle et Rory pour une nuit karaoké dans un bar local. Après plusieurs verres, Lorelai se propose pour chanter "I Will Always Love You" de Dolly Parton, chanson qui est bien sûr adressée à Luke. Logan revient de son voyage d'affaire en Californie et va voir Lorelai pour discuter de son futur avec Rory.

A la veille de la remise des diplômes de Rory, Emily et Richard organisent une fête et chantent même une chanson en son honneur. Lors de celle-ci, Lorelai et Christopher sont réunis pour la première fois depuis leur séparation, et ils sont tous deux soulagés de constater qu'ils peuvent toujours être amis. Logan surprend tout le monde lors de la soirée en demandant Rory en mariage, mais celle-ci est trop choquée pour lui donner une réponse et demande à Lorelai de l'aider à prendre une décision. Le jour de la remise des diplômes, Rory donne finalement sa réponse à Logan. Lorelai est embarassée à propos de la chanson qu'elle a interprété pour Luke lors du karaoké, et Luke est blessé quand il l'endant dire que ça ne signifiait rien.

Alors que Rory vient juste de décrocher son job de rêve comme journaliste politique, Luke demande l'aide de tout Stars Hollow pour lui organiser une fête. Emily et Richard y assistent, et Rory y fait un discours remerciant Lorelai et toute la ville pour lui avoir donné un si bon départ dans la vie. Lorelai réagit de façon inattendue à l'attention de Luke. Au matin où Rory quitte Stars Hollow pour démarer sa carrière, Luke ouvre le resto à l'aube pour partager un déjeuner de fête avec les filles Gilmore. Rory rencontrera son idole de toujours, la journaliste de la CNN Christiane Amanpour.