Pensant que Max est morte, Logan décide d'entrer ouvertement en guerre contre Manticore, en dévoilant au grand jour l'existence de ce programme militaire destiné à créer des soldats parfait. De son coté, Max tente de résister à un impitoyable programme de ré-endoctrination.

Après la destruction de Manticore, la plupart des soldats transgéniques se sont réfugiés dans les bois environnants en attente de nouvelles instructions. La plupart ignorent ce qui a réellement provoqué la destruction de la base et encore moins qu'ils sont désormais devenus indésirables pour le gouvernement. Lorsque Max découvre que l'armée opère une opération de récupération de ces soldats, elle part à leur secours.

Alec qui a pris le nom de Monty Cora pour participer à des combats à mains nus est localisé et capturé par White. De son coté, Max est stupéfaite de découvrir, dans un journal à sensation, la photo de Joshua, le transhumain mi humain, mi chien qui l'avait aidé à fuir Manticore. Elle part immédiatement à sa recherche. Quant à Lydecker, il tente d'en apprendre plus sur la directrice Renfro.

Un étrange individu, physiquement difforme et perdant son sang parcours les rues de Chinatown où plusieurs morts suspectes se sont produites. Les victimes semblent toutes avoir succombées à un virus qui ne touchent que les personnes de type asiatiques.

Joshua découvre avec plaisir la fête d'Halloween et voudrait bien y prendre part mais Max s'y oppose en lui expliquant que cela serait trop dangereux pour lui. Joshua accepte à contre coeur de suivre son conseil. Mais à la nuit tombée, Max qui s'apprête à fêter Halloween avec Rafer voit surgir Joshua qui lui demande d'aider un autre transgénique. Une nuit de folie commence alors pour Max lancée à la recherche d'un corps sans tête.

Une série d'attaque brutale contre des policiers de secteur provoque un vent de panique à Seattle. Le suspect serait un homme mi humain, mi chien. De son coté, au grand déplaisir de Max, Alec parvient à se faire engager à Jam Pony.

Max découvre grâce à Logan que Zack est toujours en vie, elle se lance à sa recherche avec Alec. Lorsqu'elle le retrouve, elle découvre que son frère a perdu la mémoire.

Un matin, un groupe de pêcheurs fait une étrange découverte, ils ont pris dans leur filet une jeune femme avec des branchies. Ils pensent avoir capturer une sirène. Immédiatement informé, White tente d'étouffer l'affaire.

Une femme dont l'enfant a été kidnappé entre en contact avec le Veilleur afin d'obtenir son aide. Très vite, Max et Logan découvrent que cette femme est l'épouse de White. De son coté, Alec apprend par hasard que les peintures de Joshua ont une certaine valeur artistique et peuvent lui rapporter énormément d'argent.

Plusieurs membres du mouvement clandestin S1W sont arrêtés lors d'une opération de police. Parmi eux Asha. En tentant de les aider, Max, Alec et Logan font la connaissance d'un étrange jeune homme, Brain, qui semble capable de prédire l'avenir.

Une banale course pour Jam Pony, replonge Alec dans de douloureux souvenirs lié à Manticore. Harcelé par une mystérieuse personne, le jeune homme décide finalement de faire face à son passé.

Max trouve un remède temporaire pour le virus génétiquement ciblé destiné à tuer Logan. Elle apprend quelle a douze heures de sursis et compte bien en profiter mais Joshua qui a découvert la présence à Seattle d'un Gossamer, un animal créé par Manticore, interrompt brusquement sa soirée.

Alors qu'elle fait la queue pour de l'essence, Max est gravement blessée. Elle est conduite de toute urgence à Harbor Lights. Lors de ces analyses de sang, l'hôpital découvre la présence du virus dont Max est porteuse et la place en quarantaine. Max doit alors faire face à une double menace, celle du CDC et celle de White.

A l'entrée d'une boite de nuit, Original Cindy est blessée par un groupe de jeune gens, tous porteurs d'un code barre sur la nuque. De son coté, Alec parvient à convaincre Joshua d'effectuer des livraisons à sa place.

Logan demande à Max d'entrer en contact avec le comptable du chef de la Mafia de Seattle et de le convaincre de témoigner contre son patron. Hélas Max se heurte à une étrange jeune femme, Mia qui a la faculté d'influencer les autres. Elle parvient ainsi à se faire engager à Jam Pony et à convaincre Alec de reprendre ces combats.

Logan reçoit un appel inquiétant de Wendy, la femme de White qui affirme avoir retrouver son fils, Ray puis elle disparaît à son tour. Logan et Max se rendent alors dans la petite localité de Willoughby et découvre l'existence d'une étrange école.

Lors d'une dispute avec Logan, Max le touche accidentellement. Il sombre immédiatement dans le coma. A l'hôpital, Max apprend que Logan est contaminé par le virus de guerre bactériologique Zycinor. Les transgéniques étant immunisés contre la plupart de ces agents de guerre, elle demande à Alec de venir les rejoindre à l'hôpital pour qu'il leur donne un peu de son sang, malheureusement en chemin, Alec est arrêté par la police pour meurtre.

Depuis le meurtre brutal d'un transgénique à un poste de contrôle, la population et la presse ne parlent plus que de la menace que représentant les mutants. Joshua qui a dû rompre avec Annie pour la protéger, ne peut se résoudre à ne plus la revoir. Il finit par prendre le risque de sortir de chez lui pour aller la retrouver. C'est le début d'une longue journée de traque.

White pense avoir retrouver la trace de Max à San Franscico mais lorsqu'il parvient à capturer la jeune femme, il se rend compte qu'il s'agit en fait d'un clone. De son coté, Joshua décide de quitter définitivement la maison de son père pour aller vivre à Terminal City.

C.J, un homme interné dans un asile psychiatrique dirigé par les Familiers parvient à s'enfuir en profitant du fait que la plupart des membres du personnel assistent à une cérémonie religieuse. De son coté, White découvre le moyen de repérer sans aucune difficulté un transgénique perdu dans une foule.

Après un accident de la circulation, Mole, Joshua et deux autres transgéniques partent se réfugier à Jam Pony. Repéré et encerclé par la police, ils n'ont pas d'autre choix que de prendre en otage, les coursiers. Arrivé sur les lieux, White tente de prendre le contrôle de la situation afin de pouvoir faire intervenir des Phalanx, des guerriers du culte des Familiers. L'épisode dure exceptionnellement 90 minutes.