C’est les vacances et tout le petit monde part pour Long Island. Nate sort avec Catherine , une femme marié mais il n’ose pas le dire à Serena. De son côté, Serena est seule et ne cesse de penser à Dan, qui de son côté semble bien profiter d'un statut de tombeur de ses dames. Blair Waldorf revient de ses vacances et ne semble pas oublier que Chuck l'a abandonné là-bas alors qu'il devait la rejoindre.
Chuck cherche à reconquérir sa belle qui sort maintenant avec un "Lord", ce qui le déstabilise d'autant plus. Mais son machiavélisme entre en scène.
Serena et Dan se retrouvent enfermés dans un accenseur pendant une coupure de courant et se disent tout ce qu'ils ont sur le coeur. Marcus et Blair ressentent une passion mutuelle tandis que Chuck se rend compte qu'il n'a plus aucune passion pour les autres femmes que Blair. Nate doit choisir entre Vanessa et Catherine, les deux femmes dont il est amoureux.
Quand Serena remarque que Dan s'intéresse un peu trop à la nouvelle fille de l'école, Amanda, Blair décide de se lier d'amitié avec la jeune femme afin de mieux pouvoir saboter la soi-disant romance de cette dernière avec Dan. De son côté, Vanessa découvre un secret scandaleux sur Catherine et a besoin de l'expertise de Blair pour utiliser l'information au mieux et aider Nate. Pendant ce temps, Lily se trouve une nouvelle fois attirée vers on ex, Rufus.
Blair décide de saboter le défilé de mode de sa mère quand elle apprend qu'Eleanor a attribué des places au premier rang à Serena et sa nouvelle amie. Dan commence à trainer avec Chuck. Lily découvre que son mari a un secret.
Après une dispute avec Blair, Serena décide de se venger. Sachant que le rêve de Blair a toujours était de rentrer à Yale, Serena décide de mettre de côté son séjour à Brown et de répondre à l'invitation personnelle du proviseur de Yale. Lorsqu'il découvre que ses lettres de recommandations n'ont pas étaient envoyés à l'université, Dan tente le tout pour le tout afin de s'en faire écrire durant le week-end. De leur côté, Chuck se fait kidnappé par des membres de la société secrête de Yale "Skull ans Bones" et Nate sort avec l'une des étudiantes.
Vanessa essaye de faire du chantage à Blair pour qu'elle devienne plus gentille, en utilisant les images de Marcus et Catherine. Mais Queen B d'écide de se venger et fais un pacte avec Chuck pour que celui-ci séduise Vanessa. Lily et Bart organise une soirée mondaine et espèrent que leur enfants feront bonne figure. Malheureseument Serena ne s'en tient pas au plan initial. Cet épisode nous permet aussi de découvrir l'identité du nouveau petit ami d'Eric. De leur côté, Dan et Jenny apprennent un secret que Nate a longtemps voulu caché à ses amis.
Jenny devient amie avec une jeune top model, Agnes, qui l'encourage à explorer le côté sauvage de sa personnalité. Elle lui demande aussi d'affronter sa patronne, Eleanor Waldorf, qui essaye "d'emprunter" ses designs. Dan et Serena se mettent d'accord pour aller à une exposition d'art à la galerie de Rufus en tant qu'amis mais les choses se compliquent lorsque Serena commence à flirter avec l'un des artistes, Aaron Rose. Blair essaye de séduire Chuck mais celui-ci se montre plus coriace que ce qu'elle avait imaginé.
Serena invite Aaron à un gala de charité organisé par Lily et Bart, mais après avoir découvert un secret qu'il lui avait caché depuis le début, elle commence à se demander s'il est bien le garçon qu'elle pense qu'il est. En espérant augmenter ses chances d'entrer à Yale, Blair décide de faire du baby-sitting pour la fille de 15 ans d'un des plus grands donneurs de l'école. mais l'adolescente se révèle plus difficile que prévue et cela pourrait bien faire basculer les chances de Blair en sa défaveur. De son côté, Jenny et Agnes décident d'organiser un défilé qui pourraient au choix faire exploser Jenny au grand jour, ou au contraire, détruire sa carrière à jamais.
Blair désapprouve le nouveau petit ami de sa mère, Cyrus Rose. Elle se donne pour mission de faire rompre les amoureux peu importe le moyen. Jenny emménage chez Agnes tandis que les amies poursuivent leurs plans pour créer leur ligne de vêtements. Serena continue de tomber sous le charme d'Aaron mais elle apprend quelquechose sur lui qui pourrait menacer leur amourette alors les deux s'entendent pour le mieux. Dan décide de gagner la confiance de Bart Bass pour en apprendre plus sur le personnage et potentiellement écrire un essai sur lui pour Vanity Fair mais les choses se compliquant quand Chuck découvre la vraie raison pour laquelle Dan passe autant de temps avec sa famille.
A l'occasion de Thanksgiving, Blair s'énerve contre sa mère dont le petit-ami semble vouloir briser toutes ses traditions, mais rien ne la prépare à ce qu'il va arriver ensuite. Lily essaye quand à elle de faire renouer le contact entre Jenny et Rufus lorsque la jeune fille décide de demander son émancipation. De son côté, Serena a du mal à accepter le passé de Aaron mais lorsque Dan révèle accidentellement quelques détails sur le passé de son ancienne petite-amie, la situation se retourne contre elle. Blair et Chuck s'alie pour aider leur ami commun Nate, lorsque celui-ci est obligé de faire face à son père, de retour en ville. Enfin, Eric découvre un terrible secret que Bart avait caché à sa famille depuis le début.
Pour le bal annuel de noël, Blair et Chuck font le pari de se trouver mutuellement le cavalier idéal. L'ex petite amie de Aaron s'éprend de Dan qui de son côté complique sa relation avec Serena tandis que les quatres se rendent ensemble au bal. D'autre part, Nate, Jenny et Vanessa se retrouve au coeur d'un triangle amoureux dont certains pourraient ne pas ressortir indemme.
Un accident tragic a un effet désastreux sur la vie de nos East Siders préférés. La culpabilité de Lily commence à se voir alors qu'elle se rapproche de plus en plus de Rufus et qu'un de ses plus ancient secret refait surface et remet en cause leur relation pour toujours. Serena doit de son côté faire un choix définitif entre Dan et Aaron, tandis que Blair essaye tant bien que mal d'aider Chuck à se remettre de la perte de son père. L'épisode apporte aussi un peu de joie avec le mariage de Cyrus et Eleanor.
L'oncle de Chuck, Jack, arrive en ville pour aider son neveu en deuil, qui était porté disparu depuis les funérailles de son père, Bart. Pendant ce temps, Blair tente de se faire accepter dans un club distingué et Jenny retourne à l'école, prête à reprendre avec Pénélope.
Chuck, Jack, Blair et Nate se rassemblent pour la lecture des dernières volontés de Bart. Pendant ce temps, Rufus essaie d'en apprendre plus sur Lily et son enfant. Dan, intrigué par le comportement étrange de son père, fait des recherches et découvre le secret de Rufus et Lily.
Les étudiants découvrent qui peut prétendre à une admission anticipée à Yale. Serena se lie avec une nouvelle prof qui enseigne Shakespeare, et qui n'a aucune idée de ce qui va arriver quand elle donne à Blair le premier B de sa vie. Chuck trouve un allié surprenant dans sa bataille pour le contrôle de Bass Industries et Nate et Vanessa passent une soirée romantique à l'opéra.
Blair prépare un plan sournois pour faire tomber sa professeur pendant que Chuck se réveille dans un hôtel sans aucun souvenir de la veille. Nate et Vanessa essayent de l'aider à retrouver les pièces manquantes ...
Les dernières années de Constance Billard et de St Jude doivent monter une pièce, "Le Temps de l'innocence". Serena a le coup de foudre pour le metteur en scène, Julian, et demande à Vanessa de l'aider à attirer l'attention du jeune homme. Blair reçoit de mauvaises nouvelles en ce qui concerne son avenir. Elle se lance alors dans une traque acharnée de la personne responsable de ses malheurs. De peur d'être découverts ensemble, Rachel et Dan décident d'un commun accord de se tenir éloignés l'un de l'autre. Mais ils n'arrivent pas à tenir leur engagement. Chuck a fort à faire lorsque le passé trouble de son père refait surface. Il trouve de l'aide auprès d'un ami improbable, Carter Baizen. Lily et Rufus se demandent où les mène leur relation.
Anéantie par de récents évènements, Blair revêt à nouveau son côté sombre, ce qui inquiète Serena et Chuck. Vanessa tente de convaincre Nate qu'il est peut-être temps pour lui de tirer un trait sur le passé et de pardonner à sa famille maternelle, les Vanderbilts. Lily et Rufus décident d'être totalement honnêtes l'un envers l'autre. Ils décident alors d'échanger les listes de leurs anciens amants.
Serena organise une chouette soirée pour les 16 ans de Jenny, mais les choses vont devenir plus compliquées lorsque Poppy Lifton prend en charge les festivités. Pendant ce temps, Rufus recherche des fonds pour financer la formation de Dan à Yale, après avoir appris qu'il ne pourrait pas bénéficier d'aide.
Serena revient de son voyage en Espagne avec Poppy et Gabriel. Blair conclue un marché avec le grand-père de Nate. Dan cherche un travail afin de financer ses études.
Georgina est de retour. Mais elle n'est plus la G. que tout le monde a connu. L'intérêt que Chuck et Nate portent à Blair les pousse à s'interroger sur leur amitié. Quant à Serena, sa relation avec Gabriel devient de plus en plus compliquée.
L'enfant présumé mort de Lily et Rufus semble bel et bien vivant. Il vient chercher l'aide qui lui permettrait de terminer son année de terminale. Blair fait pression sur Georgina : B. aimerait que G. l'aide à mettre au point un nouveau plan diabolique. Ce serait l'occasion pour G. de faire amende honorable et de tirer un trait sur son comportement passé. La rivalité entre Chuck et Nate au sujet de Blair atteint un point de non-retour. Lily cherche une solution pour aider Rufus à payer les frais de scolarité de Dan.
Flashback...De retour dans les années 80. Une certaine Lily Rhodes, alors âgée de 17 ans, est virée de son pensionnat. La jeune fille fuit à Los Angeles et tente de reprendre contact avec ses parents, Rick et Cece, et sa soeur, Carol. De retour dans le présent...Blair et Nate se rendent ensemble au bal de promotion. Mais la soirée ne se déroule pas comme prévue et Chuck n'est pas étranger à ce revirement. Serena et Lily ne sont pas sur la même longueur d'onde en ce qui concerne le récent démêlé de S. avec la justice.
Gossip Girl envoie un e-mail aux airs de scandale, qui fait l'effet d'une bombe lors de la cérémonie de remise des diplômes de Constance Billard et de St Jude's. Serena organise une risposte. Le "Mean Girls Club" (le club des méchantes filles) lance un défi à Jenny : succéder à Blair et devenir la nouvelle "Queen Bee" (Reine des abeilles)à la rentrée. Après que Lily ait trahi Rufus, le couple se débat pour sauver leur relation. Et pour laisser un peu de suspense, nous vous dirons que : Blair et Chuck finissent enfin par..., que Serena est choquée par..., que Georgina décide de...et que Dan, Nate et Vanessa, sans le savoir, vont...