L'équipe du Jeffersonian doit réduire sa pause d'un an à sept mois, alors que Camille Saroyan se retrouve avec les médias sur le dos pour identifier les restes d'un enfant.

Un couple de randonneurs découvre deux squelettes dans une grotte d'un parc national. Le groupe autour de Bones et Booth se reforme, avec une nouvelle arrivante : Hannah, la petite-amie de Booth qui revient de loin et qui s'est fait muter à Washington pour être auprès de Booth et qui laisse une impression que Brennan reste jalouse de cette nouvelle arrivante.

Un corps est retrouvé enseveli dans le sable d'une plage, en pleine décomposition accélérée et des asticots sautillant autour. Il s'agissait d'un culturiste. Brennan profite donc de l'affaire pour étudier le monde des jeunes.

Un crâne et deux mains sont retrouvés dans une poubelle. Pour cette enquête, Bones se voit contrainte de prendre comme assistant, un animateur télé d'émission scientifique pour la jeunesse, qui veut l'inviter dans son show.

Un morceau de crâne est retrouvé dans une dalle de béton, mais il semblerait que le reste du squelette ait disparu. L'équipe de l'institut Jefferson découvre qu'il s'agit d'un danseur classique reconverti dans le hip-hop de rue.

Le navire négrier Amalia rose a été retrouvé, et l'équipe du Jeffersionian est chargée d'identifier les restes. Mais parmi les corps, un squelette d'un jeune homme mort depuis seulement un mois est identifié, recouvert d'un duvet long et rose.

Lors de l'homologation de la plus grande tablette de chocolat du monde, un corps est retrouvé dedans. Pendant ce temps, Hodgins veut annoncer officiellement la grossesse d'Angela alors que tous sont au courant, et Camille s'inquiète de voir partir Michelle à l'université.

Une affaire s'annonce étrange pour Bones : un squelette est retrouvé dans un pick-up qui a explosé et les os auraient fondu, une impossibilité pour l'anthropologue. Il identifie néanmoins la victime, ce qui les mène vers un ferrailleur et un lycée où des jeunes rebelles se distinguent. Sweets se charge de leur interrogatoire.

Alors que Bones organise un dîner chez elle avec Booth, Hannah, Angela et Hodgins, ils sont appelés pour une affaire : une femme chirurgien dont le squelette est retrouvé entre les racines d'un arbre. Mais au fur et à mesure qu'elle se découvre des points communs avec la victime, Bones va de plus en plus s'identifier à elle.

Un corps est retrouvé en décomposition sous l'eau de la douche d'un appartement. La propriétaire est une jeune fille riche superficielle, qui a disparu depuis plusieurs jours. L'atmosphère devient un peu tendue depuis les confessions du Dr Brennan à Booth, mais l'enquête doit être menée.

Le procès de Heather Taffet, le Fossoyeur, va avoir lieu. Booth, Sweets et le procureur Caroline Julian sont présents quand la tueuse en série est abattue d'une balle qui lui explose la tête. Cette mort et ses circonstances vont toucher beaucoup de personnes.

Le corps d'un fermier est retrouvé dans un champ de maïs. Bones et Booth découvrent qu'il avait épousé trois sœurs, soit autant de suspectes. Parallèlement à cette affaire, Camille a du mal à concilier vie professionnelle et vie privée, son petit ami étant lui aussi débordé.

Le corps d'un homme est retrouvé sur le toit d'un bâtiment de la Navy, recouvert d'une moisissure jaune. Un examen plus poussé montre qu'il a subi une multitude de fractures. Pendant ce temps, Sweets et Booth envisagent le mariage avec leurs compagnes.

Le corps d'une organisatrice de mariage est retrouvée dans sa cabine de bronzage. Quand le Dr Brennan montre qu'il s'agit d'un meurtre, Camille ordonne à son équipe de résoudre l'affaire dans la journée, afin qu'elle puisse célébrer la fête de la Saint-Valentin.

Le corps d'un homme est retrouvé dans une chaufferie et Booth reconnait vite le mode opératoire : c'est Jacob Broadsky qui l'a tué. Bones et lui comprennent rapidement qu'il y a plusieurs cibles potentielles. Booth en fait une affaire personnelle.

Le blizzard se lève sur Washington et une affaire urgente s'annonce pour l'équipe du Jeffersonian. Mais une panne d'électricité plonge la ville dans le noir, forçant Hodgins, Angela, Wendell et Camille à travailler dans le noir d'un côté, Bones et Booth coincé dans un ascenseur avec Sweets pour seule aide. Booth et Brennan vont en profiter pour faire le point sur leur relation

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