En Inde, un spécialiste en génétique décide de poursuivre les recherches de son père disparu. L'une de ses théories concernait l'évolution de l'espèce humaine. Celui-ci était persuadé de l'existence d'un certain nombre de personnes - en apparence ordinaire - dotées de capacités "hors du commun". Une évolution de l'espèce susceptible de changer l'humanité à jamais !... A New York, Peter Petrelli tente de convaincre son frère, un politicien, qu'il sait voler... Claire, une adolescente vivant à Odessa dans le Texas, découvre qu'elle est invincible... Un artiste, rongé par sa dépendance aux drogues, a la faculté de peindre l'avenir... Au Japon, un jeune homme peut arrêter le temps... Ils ne comprennent pas tous ce qui leur arrive et les répercussions que tout cela peut avoir...

Des individus à travers le monde commencent à prendre conscience de leurs prodigieuses facultés. Une pom-pom girl invincible fait part à ses parents adoptifs de son intention de découvrir qui sont ses géniteurs... Un fonctionnaire japonais brise le continuum spatio-temporel et se retrouve à New York où il fait une étonnante découverte... A la suite de la mort de son père, le professeur Suresh décide de poursuivre les travaux de celui-ci et trouver ces personnes dont les gènes ont muté, leur conférant des facultés exceptionnelles... Peter Petrelli se retrouve à l'hôpital après avoir sauté du toit d'un immeuble. Il est persuadé que son frère Nathan a volé pour le rattraper... Lorsqu'elle se réveille dans son garage, Niki Sanders découvre avec horreur les cadavres des hommes venus réclamer l'argent qu'elle avait emprunté à leur patron. La jeune femme ignore ce qui a pu se passé...

Niki enterre les cadavres dans le désert. Elle a bien l'intention de disparaître avec son fils... Claire est rassurée quand son père accepte de mettre en route des démarches pour retrouver ses parents biologiques. Pour l'heure, elle a d'autres préoccupations. Son équipe doit jouer un match important... Hiro tente de convaincre son ami qu'il est allé dans le futur et qu'il doit à tout prix empêcher qu'une catastrophe se produise... Peter essaie de reproduire son expérience du vol... Simone ne supporte plus de voir son petit ami se détruire ainsi avec la drogue. Elle ne croit pas à ses histoires de dessins prophétiques... Matt Parkman est arrêté par le FBI. Interrogé, il tente d'expliquer qu'il peut lire dans les pensées. Et que c'est de cette façon qu'il a su où était cachée la petite fille... Mohinder découvre de nouveaux indices dans l'appartement de son père. De nouveaux indices qui amènent de nouvelles questions...

Alors que Claire se réveille à la morgue où un médecin légiste est en train d'effectuer une autopsie sur elle, Matt se retrouve également en mauvaise posture après le malaise survenu dans le bar... Nathan apprend que sa déclaration publique sur la prétendue tentative de suicide de son frère lui a valu des points dans les sondages. Peter, pour sa part, a trouvé du réconfort dans les bras de Simone... Niki est conduite à Las Vegas où un associé de Linderman lui propose un marché en échange de l'argent qu'elle doit... Sur le chemin qui les mène à New York, Hiro et Ando font escale dans la ville du jeu...

Mme Bennet est dans tous ses états. Sa fille, Claire, a été hospitalisée à la suite d'un accident de voiture... Peter Petrelli fait une étrange rencontre. Le temps semble s'arrêter tout autour de lui, tout le monde est immobile, sauf lui. Il voit arriver un certain Hiro Nakamura, venu du futur pour lui communiquer un message d'un extrême importante. Peter se voit confier une mission susceptible de changer le cours des choses et sauver le monde... Niki se réveille nue dans le lit de Nathan Petrelli. Elle ne comprend pas comment elle est arrivée là alors qu'elle avait quitté la chambre, refusant de céder aux avances du politicien. Celui-ci en revanche a disparu...

Peter et Isaac doivent impérativement retrouver un des tableaux emporté par Simone pour reconstituer le puzzle et retrouver la pom-pom girl avant qu'il ne soit trop tard... Mr Bennet apprend à Claire qu'il a retrouvé ses parents adoptifs et qu'ils sont prêts à la rencontrer si elle le souhaite... Niki voit son époux réapparaître dans sa vie et dans celle de son fils... Quant à Suresh, il semble déterminé à rentrer en Inde...

Simone débarque effondrée chez Peter. Son père vient de décéder... La cassette compromettante montrant Claire dans des situations incroyables tombe entre les mains de son frère, Lyle... Lorsqu'elle reprend connaissance, Niki découvre que son fils et son mari ont disparu... Un autre meurtre ayant été commis par Sylar, Audrey demande à Matt de l'aider...

En Inde, Suresh fait le deuil de son père. Il est déterminé à laisser derrière lui toutes ces théories inconcevables et profiter du début du second semestre pour reprendre les cours à la fac... Toujours en route pour New York, Hiro et Ando font une halte au Texas pour manger. Ils font la connaissance d'une serveuse dotée d'une étonnante facilité à mémoriser... Audrey fait appel à Matt pour l'interrogatoire de Ted Sprague. Le policier, suspendu pour avoir agressé son supérieur, espère en savoir plus, à travers l'expérience de Ted, sur ce qu'il lui arrive... Mr Bennet veut pousser Isaac à peindre le futur afin d'en savoir plus sur le drame qui menace sa fille, Claire...

Le grand jour est arrivé ! Ce soir c'est la fête du lycée et Claire apprend avec stupéfaction qu'elle a été élue reine par ses camarades, au grand désarroi de sa rivale Jackie. Peter tente son possible pour trouver la pom pom girl et accomplir sa mission en sauvant le monde. Sachant le drame qui se profile à l'horizon, Mr Bennet cherche un moyen d'empêcher sa fille de se rendre à cette fête... D.L. essaie de rassurer son fils et lui expliquer que sa maman est une menace pour eux en ce moment... Quant à Suresh, toujours en proie aux doutes après son expérience étrange du rêve, il veut retrouver le garçon qu'il a vu dans ses songes...

Hiro use de son pouvoir pour remonter le temps et sauver la jeune serveuse du terrible sort qui l'attend. Guère habitué à utiliser ses récentes facultés, il se retrouve propulser 6 mois plus tôt. A cette époque, Peter Petrelli vient tout juste de réussir son examen d'infirmier. La femme de Nathan n'a pas encore eu son accident de voiture. Chandra Suresh va à la rencontre de Gabriel Gray, qu'il pense atteint d'une mutation génétique... Claire se voit proposer d'intégrer l'équipe des pom-pom girls. Et Niki est encore avec son époux D.L...

Audrey Hanson, aidée de Matt, est toujours sur la piste de Sylar. Peter, trouvé par la police sur les lieux du drame, a été arrêté. Quant à Sylar, blessé, il est retenu contre par l'équipe de Mr Bennett... Claire avoue à son père ce qu'elle est... Armée, Jessica chasse DL. pour récupérer son fils. Mais hors de contrôle, elle pourrait bien blesser Micah...

Deux semaines sont passées et l'état de Peter est toujours critique. Inconscient, le jeune homme est pris par une forte fièvre que les médecins ne parviennent pas à expliquer. Agacé d'attendre entre 4 murs, Nathan demande à Simone de lui présenter le fameux peintre visionnaire... Claire fait croire à son père que sa mémoire a bien été effacée et qu'elle n'a plus aucun souvenir des récents événements... Matt et l'agent Hanson dirigent une perquisition dans la fabrique de papier dirigée par Mr Bennett, sans succès... Se sachant incontrôlable, Niki s'est rendue aux autorités...

Après le traitement de choc qu'on lui a infligé, Sylar est dans un sale état... Peter tente d'obtenir des réponses d'un homme prénommé Claude, qui a la capacité de se rendre invisible. Mais celui-ci ne semble pas disposé à l'aider... Hiro désespère d'avoir perdu ses pouvoirs. Il est convaincu que lorsqu'il trouvera l'épée qui lui est destinée, les choses rentreront dans l'ordre... Claire compte sur l'aide de Zach pour trouver des informations que son père lui cacherait, notamment sur ses parents biologiques...

Claude accepte finalement d'enseigner à Peter comment maîtriser ses pouvoirs. A nouveau libre, Sylar a bien l'intention de terminer ce qu'il a laissé en plan : tuer la pom-pom girl ! Hiro est sommé par son père de cesser les distractions et rentrer à la maison afin de reprendre le travail et lui succéder un jour à la tête de l'empire familial. Comment expliquer à son père que son destin est désormais tout autre ? Claire est déterminée à aller à la rencontre de sa mère biologique...

Nathan Petrelli apprend que l'enfant qu'il a eu hors mariage quelques années plus tôt a survécu à un incendie criminel... Suspendu, Matt prend un boulot de garde du corps. Il doit escorter un important avocat... Hiro et Ando sont de retour à Las Vegas. Ils espèrent récupérer l'épée dont Linderman est en possession... Suresh se démène pour contacter des personnes de la liste et tenter de leur venir en aide...

Isaac prévient Mr Bennett que Peter Petrelli est une menace. Avec son homme de main, celui-ci part à la recherche du jeune homme qu'il sait désormais en compagnie d'une vieille connaissance capable de se rendre invisible... Ted Sprague se laisse convaincre par Hana Gitelman, une jeune femme qui comme lui a des pouvoirs, qu'ils doivent retrouver ceux qui leur ont fait ça... Sylar a trouvé un bon moyen de trouver d'autres individus dont il pourrait voler les pouvoirs. Il lui suffit d'abuser de la confiance de Mohinder Suresh, le généticien en possession d'une liste recensant les personnes comme lui... Claire, inquiète de l'état de santé de sa mère, est en colère contre son père...

Ted et Matt pénètrent dans la maison de Bennett pour pirater son ordinateur. Lorsque celui-ci rentre chez lui avec sa petite famille, ils décident de prendre tout le monde en otage. Ils espèrent ainsi pouvoir utiliser la famille pour faire pression sur Mr Bennett et obtenir des réponses à leurs questions. La situation devient vite hors de contrôle...

Peter et Isaac sont désemparés après la mort de Simone. Peter demande l'aide de son frère. Nathan, de son côté, a d'autres soucis à gérer. Le FBI compte sur lui pour coincer Linderman... Le Haïtien a promis de veiller sur Claire. Mais l'adolescente n'est pas prête à disparaître laissant tous ceux qu'elle aime derrière elle... A Las Vegas, Hiro ne parvient pas à passer le barrage de sécurité... Quant à Sylar, il utilise toujours Suresh pour établir une liste des personnes qui, comme lui, sont dotées de ce gène spécial...

Nathan a une explication avec Linderman. Ce dernier lui révèle ses motivations. Selon lui, l'explosion qui va anéantir New York est un Mal nécessaire pour l'Humanité... Mr Bennett compte sur Parkman pour échapper à la Compagnie... Peter se retrouve face à face à Sylar ! Et Claire fait la connaissance de sa grand-mère, Angela Petrelli...

Hiro et Ando sont projetés dans le futur, 5 ans jour pour jour après l'explosion de la bombe qui a dévasté New York. Ils croisent sur leur chemin le Hiro du futur. En apprenant que la pom pom girl a été sauvée, celui-ci est soulagé ! Cela signifie que Sylar n'a pas pu prendre son pouvoir. Il pourra mourir cette fois-ci si Hiro effectue son retour au bon moment pour stopper les agissements de Sylar. Mais Hiro est capturé par le service de sécurité qui voit en lui une menace...

De retour dans le présent, Hiro est déterminé à sauver le monde. Il se rend chez Isaac pour savoir quel piste suivre... Claire s'apprête à partir pour Paris afin de ne pas gêner son père durant sa campagne... Mr Bennett prend la route avec Parkman et Ted pour tenter d'empêcher l'apocalypse qui se prépare... Suresh accepte de collaborer avec la Compagnie pour neutraliser Sylar...

Hiro perd espoir : il n'a pas été capable de neutraliser Sylar alors qu'il en avait l'occasion et son épée est cassée... Le jour de l'élection est venu : Linderman s'assure que Nathan Petrelli fera le bon choix en se servant de la catastrophe imminente pour accéder jusqu'à la Maison Blanche... Claire est rassurée de retrouver son père, Bennett. Nathan est, quant à lui, exposé au pouvoir de Ted. Parviendra-t-il à le gérer ? D'autant plus que Sylar est dans les parages...

Pour sauver son ami, Hiro part affronter Sylar. Celui-ci se cache dans l'appartement d'Isaac où les dernières prédictions lui dévoilent ce qui adviendra dans le futur proche : une terrible confrontation avec Peter Petrelli l'attend... Claire prévient son père que Sylar s'est approprié le pouvoir de Ted. Et Peter est le mieux placé pour l'arrêter... Mme Petrelli tient à s'assurer que son fils Nathan fera le bon choix : laisser l'explosion se produire en sacrifiant des millions de vies pour un avenir meilleur...