Quatre mois se sont écoulés depuis les événements qui se sont déroulés à New York ! Nathan est très affecté par la disparition de son frère. Sous un nouveau nom, Claire tente de passer inaperçue dans son nouveau lycée... Le Dr Suresh mène une série de conférences sur la mutation des gènes et l'existence de personnes dotée de pouvoirs exceptionnels. Guère pris au sérieux, il attire peu de monde ! Il est cependant contacté par un mystérieux individu... Alejandro tente de quitter le Honduras dans l'espoir de trouver un médecin qui pourra venir en aide à sa soeur, Maya, capable de faire malgré elle des choses terribles... Quant à Hiro, téléporté dans le Japon du 16ème siècle, il rencontre le légendaire samuraï Takezo Kensei, son héros...

Peter Petrelli reprend connaissance en Irlande ! Amnésique, il est accusé par un certain Ricky d'avoir dérober les iPods qu'il venait chercher... Kaito Nakamura a été assassiné ! Matt Parkman, promu inspecteur, mène l'enquête avec le détective Bryan Fuller. Ando témoigne à la police que Mr Nakamura a eu une dispute avec Angela Petrelli, peu avant sa mort... Hiro se démène pour convaincre Takezo Kensei de voler au secours de la princesse. Ce dernier étant ivre mort, le jeune homme décide de se faire passer pour le héros... Suresh est envoyé à Haïti où un nouveau cas de virus a été déclaré...

Ayant quelque chose d'important à accomplir, Niki laisse son fils à la Nouvelle-Orléans dans la famille de son défunt époux... Pour récupérer la boîte contenant les informations liées à son passé, Peter n'a d'autre choix de coopérer avec Ricky dans une affaire de vol. Il découvre qu'il est capable de réaliser des choses étonnantes... Démasqué par un garçon de son école, Claire tente de rattraper le coup en le persuadant qu'il a mal vu... Alors qu'il poursuit sa route vers les Etats-Unis avec sa soeur, Alejandro est arrêté au Mexique... Et Hiro doit s'assurer que Kensei suive sa destinée. Il découvre que son héros est également doté d'un pouvoir... Suresh est de retour à New York où un laboratoire a été spécialement aménagé pour lui dans l'ancien appartement d'Isaac Mendez... Enfin, Sylar, en convalescence, reprend conscience. Grièvement blessé par l'épée d'un samuraï, il a subi plusieurs opérations chirurgicales...

Mr Bennet s'inquiète de savoir si Claire voit un garçon. Il craint que celui-ci pourrait apporter des problèmes à sa famille... Matt et Mohinder sont désarmés face aux cauchemars de Molly. Les deux hommes aimeraient tant pouvoir trouver un moyen de soulager les souffrances de la jeune fille... Inquiète pour sa sécurité, Angela Petrelli préfère avouer le meurtre Kaito Nakamura. Nathan tente en vain de la dissuader... En fuite avec Derek, Maya et Alejandro font une rencontre en cours de route...

Afin de localiser le père de Matt, Molly a bravé son pire cauchemar. La jeune fille est depuis inconsciente, prise au piège. Matt doit en savoir plus sur ce père qu'il ne connaît pas. Il a heureusement le soutien de Nathan Petrelli dans cette épreuve... En Irlande, redoutant son passé et ce dont il est capable, Peter n'est pas pressé de découvrir qui il est. Une jeune femme, qui semble en savoir long sur lui, est cependant sur ses traces...

Hiro, Kensei et Yaeko s'apprêtent à pénétrer sur le campement de Barbe Blanche pour délivrer le père de la jeune femme... Debbie refuse de prendre Claire dans l'équipe des pom-pom girls. West convainc son amie de ne pas se laisser faire... A la recherche des autres tableaux d'Isaac Mendez, Mr Bennet retrouve un vieil ami qui détient les réponses qu'il cherche... Suresh effectue une série de tests sur la jeune Monica, tandis que Maya, Alejandro et Sylar approchent de la frontière...

Blessé par la trahison de Hiro, Kensei le livre lui et la princesse à Barbe Blanche. Une fois les derniers tableaux d'Isaac mendez récupérés, Noah met en garde Suresh contre la Compagnie. Bob tente d'ailleurs de convaincre le scientifique de la nécessité d'utiliser le virus... Peter et Caitlin se retrouvent propulsés dans un futur apocalyptique, où la population new-yorkaise a été décimée par le virus Shanti... Claire découvre que West a fait la connaissance de sa mère...

Peter se retrouve face à l'énigmatique Adam Monroe. Ce dernier le convainc d'utiliser ses pouvoirs pour retrouver la mémoire. Peter se remémore ainsi les événements de ces 4 derniers mois, suite à la terrible explosion qu'il a causée à New York, blessant gravement son frère Nathan...

Claire s'oppose à son père : elle refuse de déménager et de prendre une nouvelle fois la fuite. La jeune fille préfère rester avec West. Mais celui-ci parviendra-t-il à lui pardonner ses mensonges ?... Hiro refuse d'accepter la mort de son père. Il espère que son pouvoir lui permettra de le sauver... Matt, qui travaille toujours sur l'affaire Kaito Nakamura, découvre que son don a évolué...

Adam convainc Peter de l'aider à retrouver Victoria Pratt, un biologiste qui sait où se trouve le virus Shanti. Virus qu'ils doivent détruire s'ils veulent éviter l'extermination de la race humaine... Effondrée par la mort de son père, Claire regrette son comportement... Niki retrouve son fils et lui révèle qu'elle est atteinte d'un virus... Hiro décide de retourner dans le passé pour arrêter Takeso Kensei...

Peter et Adam sont à Odessa au Texas pour s'emparer du virus Shanti. Hiro, déterminé à venger la mort de son père, s'interpose... Sylar oblige Mohinder à le guérir... Elle essuie les foudres de son père... Micah convainc sa mère qu'ils doivent venir en aide à Monica... Et Claire, accablée par la perte de son père, est décidée à révéler au monde entier l'existence de la Compagnie et des gens hors du commun comme elle...