L'épisode débute quelques instants après les coups de feu tirés sur Nathan tandis que l'identité de l'assassin et les raisons pour lesquelles la conférence de presse au Texas a du être raccourcie sont dévoilées. Peter et Matt se retrouvent alors dans un territoire inattendu et inconnu. Avec ses pouvoirs partiellement de retour, Sylar décide qu'une visite à Claire pourrait le redynamiser. Pendant ce temps, à Tokyo, Hiro et Ando sont responsables de la préservation d'un secret familial qui pourrait anéantir la planète. Ils découvrent que la route vers un avenir sombre débute et rencontrent une certaine Daphne, rapide comme l'éclair. A New York, grâce à Maya, Suresh fait une découverte qui pourrait changer le monde.

Dans cet épisode, Angela Petrelli prend le contrôle de la Compagnie et révèle un secret incroyable. Puis elle se confronte à son fils, Peter qui a bien changé, pour déterminer les actions à mener pour empêcher une catastrophe mondiale. De son côté, Sylar qui a déclaré la guerre à la Compagnie en attaquant l'installation principale, découvre plus de choses qu'espérées au Niveau 5. Durant une bataille dévastatrice avec Elle, une douzaine de criminels, tous dôtés d'aptitudes terribles, s'échappent. Pendant ce temps, Claire découvre quelque chose de nouveau sur ses aptitudes. Déterminés à récupérer le secret familial, Hiro et Ando traquent Daphne jusqu'à Paris. Après une nuit fatidique, Suresh est très excité de voir que ses recherches, sa vie et sa relation avec Maya évoluent à pas de géant. Enfin, piégé dans un territoire inconnu, Matt trouve un guide pour l'aider.

Quatre Villains impitoyables et puissants appelés Knox, Flint, The German et Jesse débarquent dans une banque et prennent des otages. Angela envoie alors H.R.G. et son nouveau partenaire à leurs trousses. Pendant ce temps, Hiro et Ando traquent Daphne et une partie de "la formule" en Allemagne mais tombent finalement sur l' Haïtien. Horrifiée par son nouveau don, Tracy Strauss quitte Washington pour chercher des réponses concernant Niki. Parallèlement, Claire est bouleversée par sa récente attaque et demande à sa mère de lui apprendre à combattre. Enfin, tandis que sa romance avec Maya s'intensifie, Mohinder se trouve déstabilisé lorsque son expérience génère des résultats inattendus.

Peter se confie la tâche de sauver le monde, destiné à la destruction. Il absorbe pour cela un pouvoir dangereux et incontrôlable qui a pour but d'empêcher cet avenir où tout le monde a des pouvoirs. Il parie que ce pouvoir ne le détruira pas lui et ses proches, et se prépare au combat qui approche. Après avoir permis que la moité de la formule d'Angela soit volée, Hiro et Ando vont à la recherche de l'identité du "Villain" qui a engagé Daphné, et pour ce faire doivent consulter la personne connaissant le mieux ces personnes... Adam Monroe. De son côté, après le bain de sang à la banque, HRG se résout à se débarrasser de son nouveau partenaire. Entretemps, déterminée à être un Héros, Claire prend la route à la poursuite d'un "Villain" répertorié dans les anciens dossiers de son père. Mohinder se laisse quand à lui emporter par ses pulsions. Linderman et Molly reviennent de manières inattendues dans cet épisode. Une nouvelle romance se déclare entre deux Héros.

Armée des anciens dossiers de H.R.G. et avec un taser pour seule arme, Claire tente d'arrêter son premier Villains, un évadé du Niveau 5 avec le pouvoir de créer des trous noirs. Entre-temps, c'est avec horreur que Peter échappe à la mort lors de la destruction du futur, et qu'il découvre que cela l'a profondémment changé. Frustré qu'Adam Monroe ne les ait pas rapprochés davantage de "la formule", Hiro tente de devenir ami avec Daphne et son nouvel associé Knox, en trahissant Ando. Par ailleurs, la précipitation de Mohinder à corriger les erreurs dans ses recherches met Maya dans une situation délicate. Linderman conseille Nathan de soutenir Tracyavec la vision qu'ils peuvent accomplir de grandes choses ensemble. En Afrique, Matt voit sa vision d'une "fin heureuse à tout jamais" détruite et découvre enfin sa nouvelle mission.

Impressionnés par sa soudaine méchanceté, Knox et Daphne emmènent Hiro chez Pinehearst et lui donnent une mission. La jeune femme repart ensuite à la recherche d'autres Heroes afin de les ralier à la cause de Pinehearst. Angela et la Compagnie sont paralysées par les récents événements, et Peter se rend directement chez Pinehearst pour avoir des réponses. Mais la rencontre qu'il va faire le changera brutalement. Entretemps, Claire et sa mère Sandra font équipe pour libérer Meredith de l'emprise de Doyle, un des "Villains" échappés de la Compagnie, qui a le pouvoir de contrôler mentalement et physiquement les autres personnes. De son côté, Nathan emmène Tracy chez Mohinder, espérant qu'il puisse les éclairer sur la surprenante origine de leurs pouvoirs.

Piégés et terrifiés, Nathan et Tracy se battent pour survivre contre un Mohinder monstrueusement transformé. Ils font alors une tentative pour s'échapper, accompagnés par Maya et d'autres victimes de Suresh Claire et sa famille ont la suprise de voir revenir Elle, qui leur délivre une nouvelle choquante. Entretemps, Angela essaye de convaincre Sylar de sauver son frère Peter, après son échec face à ses rivaux de pinehearst. En refusant de rejoindre les Villais, Daphne se retrouve devant un ultimatum: tuer Matt ou être tuée. Émerveillé par le pouvoir de precognition de Usutu, Hiro lui demande conseil pour connaître le meilleur moyen pour faire face à ses ennemis qui sont en train de se rassembler.

Afin de mieux se préparer à la confrontation qui se profile à l'horizon, Hiro explore ses forces, et fait de nombreuses découvertes sur les personnes qu'il connait. Il recherche alors ce qui a poussé Flint, Arthur et Sylar a devenir des Villains. On suit donc les derniers jours de Arthur Petrelli avant sa "mort" afin de découvrir ce qu'il l'a poussé à ouvrir la compagnie rivale "Pinehearst" et à s'attaquer à sa femme. On apprend aussi que Sylar aurait pu arrêter sa poursuite aux pouvoirs depuis longtemps si HRG et Elle avaient mis fin à leur mission désastreuse. De son côté, Meredith voit sa vie partir en fumée lorsqu'elle asssite à l'arrivée de son frère "brûlant".