Claire éprouve des difficultés à s'habituer à la vie d'étudiante, d'autant plus qu'une mort mystérieuse la projette à nouveau au devant de la scène. Hiro et Ando continuent à essayer d'aider le plus de gens possible et vont même jusqu'à se faire de la publicité. Angela craint que Nathan ne découvre sa véritable identité et Matt souhaite simplement s'installer et élever son fils sans avoir à subir de visites impromptues. Pendant ce temps Peter utilise ses pouvoirs pour faire le bien et un cirque mystérieux, dirigé par Samuel, arrive en ville.

Une mort mystérieuse sur le campus a attiré l'attention sur Claire. Angela craint que Nathan ne découvre sa véritable identité et Matt reçoit une visite surprise. Tracy et Noah font équipe pour enquêter sur un crime et un ami demande l'aide de Peter.

Peter gère les conséquences de ses actes héroïques et rencontre une femme avec des pouvoirs (Deanne Bray). Claire voit certains de ses secrets révélés alors que Samuel fait tout ce qu'il peut pour retrouver les souvenirs de son frère. Matt confronte ses démons intérieurs quand Sylar réapparait.

La santé d'Hiro continue à se déteriorer. Angela prend à coeur d'aider Nathan à retrouver la mémoire. Tracy tente de retrouver son ancien travail.

Samuel se prépare à agrandir sa famille mais Lydia s'inquiète des répercutions que cela pourrait avoir. De son côté, Claire est surprise de découvrir que Gretchen a un projet secret ; Peter entre en contact avec Emma malgré les réticences de cette dernière ; et Sylar tente de se souvenir de qui il était avant.

La véritable identité de Sylar commence à ressurgir. Peter et HRG partent à la recherche de quelqu'un capable de sauver Hiro.

Sylar continue de tourmenter Matt. HRG et Tracy aident un garçon qui a déjà vécu pas mal d'épreuves. Claire et Gretchen se font bizuter par les membres de leur sororité.

Un voyage dans le passé pourrait permettre à Hiro de sauver l'amour de sa vie.

Claire cherche le responsable de l'agression de Gretchen et Annie. Sylar maintient son contrôle sur Matt et Peter utilise son nouveau pouvoir pour aider Emma.

Peter et Nathan découvrent la vérité sur la mort de Sylar grâce à Matt. Tracy, n'arrivant plus à contrôler son pouvoir, trouve de l'aide auprès de Claire. 8 semaines auparavant, les raisons de la "mort" de Mohinder sont révélées.

Lors de Thanksgiving, de nombreux évènements se produisent. Peter et Nathan questionnent leur mère à propos de la mort de ce dernier et elle et Peter se retrouvent confrontés à Sylar. Lydia et Hiro s'allient pour affronter Samuel et découvrent la vérité sur la mort de Joseph. La famille Bennet fait un grand repas qui se termine en dispute.

Peter est résolu à vaincre Sylar pour faire revenir Nathan. Claire s'interroge et se demande si sa place ne serait pas au Sullivan Carnival. Noah et Lauren reçoivent la visite d'Eli, de la part de Samuel qui réussi à s'emparer de documents confidentiels. Nathan se résout à abandonner son corps qui est en vérité celui de Sylar.

Ayant le cerveau retourné, Hiro se retrouve dans Tokyo. Il parle en langage codé sorti tout droit de ses bandes dessinées. Il joue au héros et la police finit par le ramener à son bureau. Sa sœur veut appeler un docteur mais Ando réalise que Hiro essaie de dire quelque chose : ils doivent aller à l'hôpital psychiatrique en Floride. Pendant ce temps Samuel part à la recherche d'Emma. Claire comprend qu'il cache quelque chose et commence à enquêter mais Eli la surveille. Samuel demande à Emma d'appeler un homme en jouant de la musique (telle une sirène). Claire fait face à Samuel et l'accuse de la mort de Joseph.

Claire en veut à son père pour ne pas lui avoir dit la vérité à propos de la mort de Nathan. Peter essaie de calmer un homme qui devient fou dans un bâtiment et qui est armé. Cela se passe mal et Peter se fait tirer dessus. Claire ne veut pas le laisser prendre son pouvoir car elle en a assez de le voir prendre des risques. Elle finit par accepter et ils se promettent de toujours se dire la vérité. Plus tard, Peter demande à Claire d'appeler West pour retrouver la capacité de voler. Sylar, lui, va au cirque pour tuer Samuel. Edgar (l'homme aux couteaux), va chez H.R.G., mais ce dernier l'attend et le capture et il essaie d'avoir des informations sur le cirque et Samuel.

Hiro, qui n'est pas en pleine possession de ses actes ou paroles, et Ando vont dans le centre psychiatrique pour faire sortir le Dr Suresh. Noah Bennet va voir Matt Parkman pour lui demander de l'aider à attraper Samuel. Noah Bennet organise une rencontre entre Vanessa (celle que Samuel recherche) et Samuel mais ce dernier arrive à kidnapper Vanessa et à s'enfuir. Noah retourne voir sa fille Claire pour se faire pardonner et récupérer la boussole...

Tandis que Sylar rend une petite visite à Claire et Gretchen, Samuel tente de réparer ses erreurs auprès de Vanessa pour qu'elle reste avec lui. Il s'ensuivra malheureusement de terribles conséquences... Pendant ce temps, Hiro lutte littéralement pour sa vie alors qu'il est jugé par deux de nos défunts héros: Kaito Nakamura et Adam Monroe !!!

Tandis qu'a la fête les choses dégénèrent pour Samuel, celui-ci prendra une solution drastique pour revenir dans les bonnes grâces de "sa famille". Claire, Noah et Lauren s'y rendront également après avoir découvert l'a tragédie qu'a provoqué Samuel. De son coté, Sylar rend une petite visite a Matt pour qu'il lui vienne en aide, tandis que Peter continue de faire d'étranges rêves concernant Emma et Sylar.

Coincé dans le cauchemar de son pire ennemi, Peter devra apprendre à cohabiter avec Sylar pour pouvoir en sortir. Plus loin à la fête foraine, Samuel a toujours plus d'un tour dans son sac. Il usera de la mémoire de Noah pour atteindre sa fille Claire. Au même moment, Emma et Lauren se rencontrent.

Tout le monde s'unit dans un effort pour empêcher Samuel de tuer des milliers de personnes. Peter fait équipe avec un allié des plus inattendus pour sauver Emma. Entre-temps, la vie de HRG est mise danger alors que lui et Claire se retrouvent piégés sous terre manquant rapidement d'oxygène.