Les vaisseaux de la flotte Oris s'engagent dans la galaxie où l'équipe SG1 semble prise au piège de la bataille qu'ils ont perdue. Vala donne naissance à une petite fille aux pouvoirs étranges, qui mûrit à une vitesse exceptionnelle et devient très vite une jeune femme prête à défendre la cause de ses créateurs maléfiques. L'équipe du colonel Mitchell arrive tant bien que mal à s'en sortir et tente de trouver un moyen de sauver Carter qui dérive dans l'espace. Teal'c, quant à lui, est capturé par un bataillon de Jaffa rebelles

Les prêtres Oris, dirigés par Adria, la fille de Vala, ont déjà réussi à conquérir six planètes de la voie Lactée. Daniel découvre que l'arme de Merlin pourrait bien être cachée sur une planète dont l'adresse se trouve dans un des livres de ce dernier. L'équipe part alors en mission sur l'une de ces planètes et fait face à une épidémie qui les plonge dans un sommeil profond. De son côté, Vala passe des tests psychologiques pour tester son aptitude à intégrer SG-1 et savoir si l'on peut lui faire confiance.

SG-1 se rend à Atlantis pour consulter la base de données des Anciens afin de trouver des indices sur le lieu où pourrait être cachée l'arme de Merlin. Pendant que Vala et Daniel interrogent l'hologramme de la bibliothèque de la cité, Carter et McKay cherchent un moyen d'empêcher une nouvelle super-porte Oris de fonctionner.

Alors que Daniel est à Camelot pour des recherches dans la bibliothèque de Merlin, le SGC est menacé par l'approche d'un vaisseau Goa'uld. Par chance ils abattent l'appareil et découvrent que celui qui le conduisait n'est autre que Ba'al. Prisonnier du SGC, Ba'al leur avoue qu'il sait peut-être où se trouve l'arme de Merlin, mais que pour leur en révéler l'emplacement, ils devront détruire ses clones qui se sont rebellé contre lui.

Le général Landry invite SG-1 à passer un week-end paisible dans la maison de campagne du général O'Neill, afin de mieux se connaître mutuellement. Cependant, Vala, Sam et Teal'c sont retenus à la base à cause d'un rapport d'attaques Oris. Mitchell et Landry se retrouvent seuls en pleine campagne et doivent faire face à une menace inquiétante.

Michell se prépare à passer la Porte des étoiles pour la 200ème fois, mais une avarie matérielle cloue l'équipe à la base. Martin Lloyd, l'alien qui a créé une série télévisée d'après les aventures de SGC est de retour à la base pour reccueillir l'avis des membres de SG-1 sur son prochain film. L'équipe revisite alors le monde de la science-fiction à travers leurs idées pour le script.

Sur une planète récemment conquise par les Oris, SG-1 assiste au sermon d'un prêtre, suivi par un discours d'Adria, la fille de Vala à moitié Oris. Soudain un puissant éclair s'abat sur la planète annihilant toute forme de vie sur la planète, y compris le prêtre. Seuls Adria et SG-1 sortent indemnes de ce massacre.

Vala se fait kidnapper par la confrérie alors qu'elle dînait dans un restaurant avec Daniel. Le SGC lance alors les recherches pour la retrouver, mais en vain. De son côté, Vala est relâchée et reprend une vie normale, sans se rappeler de son passé comme hôte Goa'uld, ni de sa contribution au sein du SGC.

Sam embarque sur l'Odyssée pour retrouver la nouvelle super-porte des Oris et la neutraliser. Mais leur appareil est abattu en plein espace par trois vaisseaux Goa'uld. Sam envoie un signal de détresse avant de se faire capturer par l'alliance Luxienne avec le reste de son équipe. A la réception du signal de Carter, Landry envoie SG-1 en mission pour la sauver.

Daniel et Vala ont enfin réussi à trouver les coordonnées de la planète où se trouve l'arme de Merlin. Ils arrivent alors dans un village qui ressemble à s'y méprendre à Camelot. Les habitants les envoient à la quête du Saint Graal, en commençant par leur montrer un parchemin que Merlin a laissé dans la bibliothèque.

L'équipe de SG-1, Adria et Ba'al poursuivent leur quête dans l'espoir de retrouver l'arme de Merlin. Ils terrassent un dragon et sont transportés sur une autre planète, à l'exception d'Adria. L'équipe trouve Merlin, mais son corps est en stase depuis longtemps, ce qui l'a affaibli. Merlin délivre alors son savoir à Jackson et c'est à ce dernier que revient la mission de construire le Sangreal avant qu'Adria ne les retrouve...

Mitchell, Carter et Teal'c arrivent sur une planète menacée par les Oris. Afin de protéger les habitants de l'invasion, ils décident d'employer une technologie de Merlin pour transporter tout un village dans une autre dimension...

Après la destruction d'une de ses cargaisons, Netan décide que le seul moyen d'arrêter les membres de SG-1 est de mettre leurs têtes à prix. Des chasseurs de primes l'apprennent et partent sur Terre pour traquer Jackson, Carter et Teal'c.

En utilisant l'appareil de Merlin, Carter est accidentellement transportée dans un univers parallèle où l'existence du programme Stargate a été révélée au public. Mais elle comprend bientôt que retourner à la réalité va être une tâche délicate...

Les membres de SG-1 deviennent la cible d'une impitoyable bande de chasseurs de primes après que Netan, chef de l’alliance Luxienne, ait offert une forte récompense pour leur tête. Bien que Daniel, Carter et Teal'c parviennent à maîtriser certains assassins, Vala et Cameron sont ignorants du péril auquel ils font face et deviennent vulnérables alors qu’ils se rendent à la réunion d’anciens élèves du lycée de Cameron. Quand le chasseur de primes Odai Ventrell prend la réunion en otage, SG-1 est obligée de se rendre ou de faire face à l’exécution de masse des invités de la réunion.

Les membres de l'équipe SG-1 débarquent accidentellement dans un musée où ils sont pris pour des rebelles. Enfermés avec des civils dans le musée, ils découvrent qu'endosser le rôle de preneurs d'otages qu'on leur attribue pourrait les sortir de cette embuche

Les représentants Jaffas, Teal’c et Bra’tac inclus, se réunissent sur Dar Eshkalon afin de parler de leur futur face à la menace des Ori. Mais leurs ennemis sont nombreux, et une attaque terroriste vient interrompre le sommet, faisant de nombreuses victimes dont femmes et enfants. Bra’tac est sérieusement blessé lors de cette attaque. Teal'c décide alors de partir seul pour se venger, contre l'avis du reste de son équipe, pensant que l'homme responsable de ce massacre est l’un de ses anciens adversaires : Arkad, un guerrier virulent mais un chef charismatique, opposé au sommet, et qui souhaite que les Jaffas suivent le dogme des Ori…

Le père de Vala, Jacek, annonce au SGC qu'il possède des informations capitales qui pourraient avoir une influence sur la survie de la Terre. Le SGC est obligé de conclure un pacte avec celui-ci lorsque la véracité de ces informations est confirmée

L'équipe SG-1 élabore un stratagème pour attirer Adria et la capturer. Mais c'est sans compter sur l'intervention de Ba'al qui met en péril leur opération...

L'équipe SG-1 apprend qu'il ne reste plus que quelques semaines à vivre aux Asgards. Craignant que leurs connaissances ne tombent entre de mauvaises mains, ceux-ci décident de les transmettre à SG-1. Mais avant qu'ils en aient le temps, l'Odyssée est attaqué par les Oris. Pour trouver une solution, Carter parvient à placer le vaisseau dans un champ de dilatation temporelle... mais pourront-ils en sortir ?