Samantha Carter organise une mission de secours pour venir en aide aux habitants d’un monde victimes d’une explosion massive. En même temps, elle doit combattre Michael et sa nouvelle armée de "super wraith" car ce dernier veut lui aussi récupérer des survivants de l’explosion

Quand un organisme étranger frappe d'incapacité le Docteur Keller, le docteur Beckett est sorti de sa stase pour trouver une solution à ce mystérieux problème

Ronon est capturé par les Wraiths qui tentent de le transformer en adorateur des wraiths par le biais d'un lavage de cerveau

Un vaisseau identique au Dédale apparait inexplicablement. Après être montés à bord, un pic d'énergie se produit et la cité d'Atlantis a disparu. Le vaisseau se déplace dans des dimensions parallèles. L'équipe doit alors tout faire pour revenir dans notre dimension.

Quand les Asuran tentent de faire l'ascension, celà entraine quelques problèmes et le Dr Weir utilise Fran pour communiquer avec Atlantis.

Rodney McKay souffre d'une version pégasienne du virus Alzheimer et perd très rapidement la mémoire et retourne à un état enfantin. Son état a été diagnostiqué trop tard pour le soigner mais Ronon pourrait bien avoir la réponse qui le sauvera.

Revenu d'entre les morts, le Dr Beckett et une équipe d'exploration font une découverte intéressante sur une autre planète.

Teyla se fait passer pour la Reine de Todd afin de mener des négociations avec d'autres vausseaux ruches.

L'équipe se rend sur un monde récemment visité par les Wraiths, mais ils doivent rapidement secourir le Dr Keller qui s'est fait kidnapper par un "runner"

Daniel revient sur Atlantis pour faire quelques recherches sur Janus, un scientifique Lantien

Les membres de l'équipe de Sheppard se retrouvent dispersés un peu partout dans la galaxie

Sheppard et son équipe doivent évacuer des survivants de l'empoisonnement à la drogue Hoffan avant qu'ils ne soient exterminés par les Wraiths...

L'équipe de Sheppard doit répondre de ses actes dans la galaxie face à une coalition d'humain de Pegase

La situation sur Atlantis est grave, Michael est parvenu à s'infiltrer dans la cité et à en prendre en partie le contrôle...

Alors que Sheppard a été enlevé et que Woolsey fait la connaissance de la mystérieuse docteur Conrad, l'expédition fait une découverte choquante sur la nature d'une ancienne race ayant vécue sur cete planète.

Rodney McKay retrouve son rival lors d'une démonstration scientifique qui va réserver des sueurs froides à tous les invités.

La Ruche de Todd sort d'hyper-espace au-dessus de la planète où se trouve Atlantis, mais Sheppard et son équipe, en s'approchant d'elle dans un Jumper occulté, ne détectent aucun signe de vie à l'intérieur comme si tous les Wraith à bord étaient en hibernation.

Jennifer Keller est contrôlée par une conscience alien, une femme rusée et manipulatrice répondant au nom de Neeva. L'équipe découvre que Neeva et Keller ont échangé de corps, utilisant une technologie cachée sur un autre monde.

Quand un autre corps est découvert dans le désert bordant la ville de Las Vegas, l'enquête est confiée au détective John Sheppard. Malgré sa longue expérience de ce genre d'affaires, Sheppard éprouve des difficultés pour résoudre cette affaire, étant confronté à un nouveau type de meurtrier : un Wraith !

Todd contacte Atlantis pour leur révéler qu'un Wraith subalterne a réussi à obtenir plusieurs EPPZ et qu'il les a utilisés pour alimenter un formidable nouveau vaisseau ruche. Il presse alors Woolsey d'attaquer et détruire ce vaisseau avant qu'il ne devienne une menace. Mais ce nouveau vaisseau prouve qu'il est un très puissant adversaire, paralysant le Dédale avant de faire un soudain et inexplicable saut en hyperespace. Perplexe devant ce départ soudain des Wraith, l'équipe découvre un faible signal subspatial Wraith. En l'analysant, McKay remarque vite que ce message a été envoyé, à travers le sous-espace, d'une autre réalité. Une fois déchiffré, leurs pires craintes se concrétisent. Le message Wraith contient les coordonnées de la Terre !