En 1989, un vaisseau spatial transportant un petit garçon s'écrase à Smallville au milieu des météorites. L'enfant est adopté par Jonathan et Martha Kent, qui le baptisent Clark. Treize ans plus tard, Clark fait tout son possible pour dissimuler ses dons surhumains à ses amis Pete et Chloé et à la fille qu'il aime en secret, Lana Lang. Il utilise néanmoins ses pouvoirs pour sauver la vie de Lex Luthor, héritier d'une puissante dynastie et nouveau directeur de l'usine d'engrais de la ville. Ses dons vont également lui permettre de secourir ses camarades menacés par un mutant capable de générer des champs électriques. En effet, alors que les météorites rendent Clark vulnérable, elles ont provoqué des mutations chez certains habitants de Smallville...

Geg, un ancien ami de Clark, se transforme en mutant après avoir été piqué par des insectes infectés par les météorites. Il kidnappe ainsi Lana afin de s'accoupler avec elle à la manière des insectes. Clark parvient à la sauver et à vaincre Geg, mais, suite à un concours de circonstances, la jeune fille pense que c'est son petit ami Whitney, qui l'a libérée.

L'entraîneur de l'équipe de football américain du lycée devient capable de déclencher des incendies après avoir été exposé aux météorites. Il en profite pour éliminer tout ceux qui pourraient l'empêcher de remporter le championnat. Clark s'oppose à lui quand il attaque Chloé et le proviseur.

Suite à son exposition aux météorites, Tina, une lycéenne qui adule Lana, est capable de prendre l'apparence de n'importe qui. Mais Clark n'est pas dupe, il a développé un nouveau pouvoir, la vision aux rayons X qui lui permet de reconnaître Tina, même quand elle se fait passer pour Lana.

Sean, un ami de Whitney, tombe dans un lac gelé rempli de météorites. Il en ressort vivant, mais doit désormais aborder la chaleur des autres pour survivre. Quand il attaque Chloé, puis les parents de Clark, ce dernier s'interpose.

Harry, un vieillard, tombe dans un ruisseau infesté de météorites et retrouve sa jeunesse. Il décide alors de tuer les descendants des jurés qui l'avaient condamné pour meurtre. Clark sauve de justesse sa mère avant de neutraliser Harry. Parallèlement, il fait la connaissance de Cassandra, une dame âgée capable de voir l'avenir. Mais elle meurt après avoir eu une vision du terrible futur qui attend Lex Luthor...

Lasse que l'on se moque d'elle au lycée, Jodi entreprend de perdre ses kilos en trop en faisant un régime à base de plantes. Mais les légumes ont été infectés par les météorites. Jodi devient mince en quelques jours mais ne peut plus contrôler sa faim. Après avoir dévoré un lycéen, elle s'attaque à Pete et Clark est contraint d'intervenir. Par ailleurs, Lex engage le docteur Hamilton, un expert des météorites de Smallville, afin d'en savoir plus sur les mutations qui affectent la ville...

Earl Jenkins, un ami de Jonathan Kent, souffre de terribles tremblements à la suite de son exposition aux météorites dans le niveau -3 de l'usine d'engrais de la ville. Lionel Luthor refusant de l'aider et niant l'existence du niveau -3, il prend alors Clark et d'autres lycéens en otages pendant leur visite de l'usine. Lex accepte de négocier face à face avec Earl en échange de la libération des otages. Clark reste en arrière pour aider Lex qui va bientôt découvrir qu'il existe bien un niveau -3...

De passage à Métropolis avec Lex, Clark utilise ses pouvoirs pour sauver un sans-abri sur le point d'être écrasé par un bus. Mais son intervention est remarquée par Sam Phelan, un policer corrompu. Il suit Clark à Smallville pour l'obliger à l'aider à se débarrasser des accusations qui pèsent sur lui. Il va jusqu'à faire emprisonner son père pour meurtre pour lui forcer la main. Clark parvient cependant à retourner la situation à son avantage et Phelan est abattu.

Lex et Victoria Hardwick, héritière d'une famille ennemie des Luthor, complotent afin de s'emparer de la fortune de leurs pères respectifs. Mais pendant son séjour, Victoria est attaquée. Clark soupçonne Amy, la fille des employés de maison de Lex, qui est obsédée par le jeune industriel. Mais il s'agit en réalité de son frère Jeff, un mutant.

Bob Rickman, un redoutable homme d'affaires, est capable de modifier la volonté des gens à son gré, en leur serrant simplement la main. N'écoutant que sa soif de pouvoir, il se rend chez les Kent et persuade Jonathan de vendre son domaine pour y faire construire l'une de ses prochaines industries. Il va sans dire que Clark ne se laissera pas aussi facilement abuser. Il devra également régler les problèmes qu'il a avec Lana car celle-ci lui en veut à cause d'une altercation qu'il a eu avec Whitney.

En tentant de sauver Eric, l'un de ses camarades de classe, Clark est frappé de plein fouet par la foudre. Il découvre par la suite que ses pouvoirs ont disparu. Trop heureux d'être un adolescent comme les autres, il ne s'aperçoit pas immédiatement qu'Eric, lui, est entré en possession de ses pouvoirs et qu'il devient très vite incontrôlable. De son côté, Lex pense avoir la preuve que Clark a des pouvoirs.

Pendant que Clark et Chloe font une interview de Lex au manoir, trois cambrioleurs apparaissent comme par magie à l'intéreur du château. Alors que Clark se bat avec l'un d'eux, Chloe est violemment projetée par une des fenêtres. Inconsciente et gravement blessée, elle est conduite à l'hôpital. Clark décide de mener une enquête. Il retrouve la piste des malfrats en suivant Whitney qui, s'est laissé enrôler après avoir reçu une mauvaise nouvelle.

Lex est très surpris lorsqu'il apprend que Jude Royce, un homme qu'il croyait mort depuis trois ans, est arrivé à Smallville. Celui-ci est venu se venger et connaître les circonstances exactes d'une mésaventure qu'il a eu avec le fils Luthor. Clark va tout faire pour aider son ami, mais il devra également surveiller Chloé qui, pour un devoir, cherche absolument à tout connaître de Clark, et commence à poser trop de questions.

James Beales, pour se venger d'avoir été renvoyé par Lionel Luthor, vole une mystérieuse plante appelé Nicodemus. A la suite d'un accident de voiture, la plante est ejecté et James est contaminé. Peu après Jonathan devient macho, Lana drague Clark et Pete essaye de tuer Lex: ils sont contaminés eux aussi. Clark, qui lui n'a pas changé, doit absolument trouver un remède car après avoir fait changer les comportements, la plante entraîne la mort.

Martha renverse accidentellement un jeune garçon prénommé Ryan. Feignant l'amnésie pour échapper à ses beaux-parents qui utilisent sa faculté de lire dans les pensées à des fins criminelles, Ryan est recueilli par les Kent. Un lien spécial se crée entre lui et Clark et il ne tarde pas à découvrir le secret de son nouvel ami mais également celui de Lex. Celui-ci se voit offrir par son père l'opportunité de retourner à Metropolis.

Clark doit stopper un homme infecté par la kryptonite qui cherche à soulager la douleur des personnes âgées et des malades en les transformant en cendres - et le père mal en point de Whitney pourrait être sa prochaine victime. Pendant ce temps, Lex est en colère contre son père qui a envoyé quelqu'un pour surveiller les comptes de la LuthorCorp.

Clark voit en l'élection du "président de classe" une occasion d'être "un ado normal". Il décide de s'inscrire mais quand ses concurrents sont attaqués un à un par un essaim d' abeilles, Clark suspecte que l'un des candidats veut éliminer tous les autres, et qu'il est le prochain sur la liste.

Clark fait face à un ennemi inattendu en la personne d'un artiste de retour à l'école après avoir eu un grave accident qui lui a fait perdre l'usage de ses mains mais qui lui a donné le don de télékinesie. Il cherche vite à se venger de ceux qu'il juge responsable. Pendant ce temps, Lana devient jalouse après qu'elle ait vu Clark avec Chloe et elle commence à remettre en cause sa relation avec Whitney.

Clark et Lana mènent une course contre la montre pour retrouver Chloe qui a été enlevée. Après avoir été victime d'une explosion Lana découvre qu'elle "voit" à travers les yeux du kidnappeur et elle observe Chloe être enterrée vivante. Pendant ce temps, Lex découvre la preuve évidente qu'un vaisseau spatial a débarqué à Smallville pendant la pluie de météorites.

Alors qu'une tornade approche de Smallville, Clark découvre le morceau manquant du vaisseau spatial. Pendant ce temps, Lex est trahi par son père qui décide de fermer l'usine et de ramener son fils à Metropolis. De son côté, le journaliste Roger Nixon découvre les pouvoirs et le vaisseau spatial de Clark.