Après avoir sauvé Lana de la tornade, Clark découvre que son père ainsi que son vaisseau spatial ont disparu. Jonathan est en effet enterré vivant dans une cave avec le journaliste Roger Nixon, qui a découvert l'identité de Clark. Pendant ce temps, Lex sauve in extremis la vie de son père, mais ses blessures le laissent aveugle. En cherchant Jonathan, Clark réalise que Lex lui a menti en affirmant ne pas connaître Nixon.

Alors qu'il se se trouve en biologie avec son nouveau professeur, Mlle Atkins, Clark se découvre un nouveau pouvoir et met le feu à la classe. En sortant pour s'aérer, il apprend que Mlle Atkins va devenir la future Mme Luthor. En effet, Lex qui ne la connaît que depuis peu va l'épouser dans quelques jours. Clark qui est très surpris par cette décision va vite se rendre compte que son professeur a une grande force de persuasion: elle envoute les hommes grâce à ses phéromones. Juste après son mariage, elle va jeter son dévolue sur Jonathan afin de devenir une très jeune veuve.

Le docteur Hamilton souffre de tremblements aigus dus aux météorites. Il provoque ainsi un accident de voiture à la suite duquel Pete découvre le vaisseau de Clark. Particulièrement enthousiaste, le jeune garçon se rend chez celui-ci pour lui annoncer sa découverte. Contre l'avis de ses parents, Clark décide alors de révéler la vérité à son ami. Ne supportant pas d'avoir été dupé pendant tant d'années, Pete décide alors de couper les ponts.

Clark achète une bague ornée d'une pierre, sans se douter qu'il s'agit d'un fragment de kryptonite rouge. Très vite, les effets secondaires se font ressentir et notre héros se change en un jeune homme arrogant et totalement imbu de sa personne. Ce comportement cause des affrontements avec ses parents, ainsi qu'avec son entourage y compris Lana. Désespérés, les Kent avertissent Pete pour qu'il essaye de trouver ce qui a pu conduire leur fils à agir de la sorte. Parallèlement, une nouvelle élève et son père sont poursuivis par un shérif.

Un soir, alors que Lana se recueille sur la tombe de ses parents, elle trouve un poème écrit à son attention. Aussitôt informé, Clark lui conseille de garder ses distances par rapport à ce mystérieux écrivain. Cependant, Lana et Clark ne tardent pas à sympathiser avec Byron Moore, le poète, et ils vont découvrir que le jeune homme est séquestré par ses parents. Voulant l'aider, ils se rendent chez lui avec le shérif, mais là bas ils apprennent que Byron est décédé depuis longtemps.

Un élève du lycée, Troy Turner, se noie pendant une séance de natation. Lorsque son corps émerge de l'eau, il a l'aspect d'un vieillard. Chrissy Parker, sa petite amie au passé trouble, l'a embrassé juste avant sa mort. Pendant que Clark enquête sur cette affaire, les difficultés s'accumulent à la ferme. Incapable d'honorer ses dettes, Martha se tourne vers son père pour lui demander de l'aide. Tandis que Clark est heureux de rencontrer son grand-père, Jonathan réagit plutôt mal. De son côté, Lana déniche des photographies troublantes d'un homme qui pouurait être son véritable géniteur.

Rachel Dunleavy arrive à Smallville afin de retrouver Lucas, le fils qu'elle a eu avec Lionel Luthor. Persuadée qu'il s'agit de Clark, elle rend visite aux Kent, et les contraint à faire passer un test A.D.N à l'adolescent. De son côté, Lana demande à Chloé de l'aider à retrouver l'homme qui pourrait être son père. Fatiguée par les mensonges de Lionel, Rachel décide de kidnapper Lex. Elle menace même de le tuer si son ancien amant ne lui dit pas la vérité concernant son fils.

Clark reçoit un appel téléphonique alarmant de Ryan qui le supplie de venir le sauver. Ce dernier, devenu le cobaye du docteur Tale, a tout juste eu le temps de fausser compagnie au corps médical pour alerter son ami. N'écoutant que son courage, Clark file à Métropolis pour arracher Ryan des griffes de ce perfide scientifique. Grâce à l'aide de Lex, il obtient la garde du jeune rescapé mais le destin va une nouvelle fois lui jouer un bien mauvais tour: Ryan souffre d'une maladie incurable et il ne lui reste plus que quelques jours à vivre. De son côté, Nell annonce à Lana qu'elle va déménager à Métropolis.

Clark met en garde Lana et Chloe qui sortent toutes les deux avec Ian Randall. Ces dernières font toutefois la sourde oreille et lui conseillent de ne pas céder à sa jalousie et de ne surtout pas s'occuper de leurs affaires de coeur. Mais elles ne tarderont pas à saisir que Clark avait raison. Lex, quant à lui, croise le chemin d'une jeune doctoresse, après qu'il se soit livré à un acte de vandalisme.

Alors qu'il fait de la moto avec Pete, Clark tombe dans une caverne souterraine où il remarque d'anciennes inscriptions qui pourraient détenir la clé de son identité. Une jeune indienne prénommée Kyla ne tarde pas à le secourir avant de l'éclairer sur ces précieuses peintures murales. Clark veut alors absolument préserver ce site de la démolition et va demander de l'aide à son ami Lex. En effet, le père de celui-ci menace de détruire le site. Lana, de son côté attend ses résultats A.D.N. pour confirmer qu'Henry Small est bien son père.

Victime d'un accident, Whitney profite du congé sabbatique accordé par l'armée pour aller se ressourcer à Smallville. A peine débarqué, ce dernier cherche à renouer ses liens avec Lana qui le prend en pitié. Mais le comportement suspect du jeune marin en alerte plus d'un, surtout Clark lorsqu'il le voit arracher d'une seule main la porte des toilettes. En parallèle, Lex se dispute avec Helen Bryce, sa nouvelle petite amie, qu'il soupçonne d'être de connivence avec son père.

Lex pète littéralement les plombs lorsqu'il comprend que son père a truffé sa maison d'appareils numériques pour l'espionner. Ne supportant plus ses turpitudes, il engage un professionnel pour lui rendre la monnaie de sa pièce, mais les choses dégénèrent : Lionel et Martha se retrouvent pris en otages par des bandits. Par ailleurs, Mme Kent découvre que son patron possède un dossier sur Clark ainsi que des lingots de kryptonite et la pièce octogonale qui active le vaisseau spatial. De son côté, Clark doit trouver un moyen de sauver sa mère sans s'exposer à la face du monde.

Alors qu'il se trouve au manoir, Lionel se fait tirer dessus. Jonathan est tout de suite suspecté et la police l'arrête pour tentative de meurtre. Intimement convaincu de l'innocence de son père, Clark mène sa propre enquête et en déduit que plusieurs personnes en veulent à Lionel, y compris son propre fils. Pendant ce temps, Lana demande à son père de plaider la cause de l'inculpé. Contre toute attente, il refuse pour d'obscures raisons.

Pete et Chloe sont infectés par un virus. En quelques minutes seuleument, les deux jeunes gens deviennent des drogués adeptes de sensations fortes et utilisent la kryptonite rouge pour rallier Clark à leur cause. Inconscient du danger qui le guette, l'adolescent se désinhibe complètement et embrasse fougueusement Chloe sous les yeux exhorbités de Lana à qui il avait donné rendez-vous. De son côté, Lex engage un célèbre linguiste, le professeur Walden, pour décoder les symboles peints dans la grotte.

Après des mois de recherche, Lex retrouve enfin la trace de Lucas, le fils que Lionel a eu avec sa maîtresse. Bien décidé à rattraper le temps perdu, Lex l'accueille chez lui en espérant ainsi que leur union fera leur force face à leur despote de père. Il ne se doute pas encore que son piège va se refermer sur lui. De son côté, Clark se fait embaucher au Talon.

Clark essaye de trouver un antidote après que Martha ait été atteinte par un puissant virus et qu'elle soit tombée dans le coma. Par malchance, l'adolescent est également infecté et Jonathan doit se débrouiller seul pour trouver un traitement à temps. Pour compliquer les choses, le docteur Bryce exige une explication de M. Kent quand celui-il refuse que des examens soient pratiqués sur Clark.

Clark est irrésistiblement attiré vers les caves indiennes. Il finit par placer la pièce octogonale activant son vaisseau dans l'un des murs. Il est alors mis K.O par un rayon lumineux qui lui permet ensuite de décoder le langage des habitants de sa planète. En revanche, quand le professeur Walden tente de faire la même chose, il sombre dans un profond coma. Clark est bientôt contacté par le docteur Swann, un scientifique qui connaît son secret et qui lui révèle qu'il est le dernier survivant de la planète Krypton. Plus tard, l'adolescent découvre avec horreur un message peu sympathique laissé par son père biologique.

Clark se pose beaucoup de questions sur Cyrius, un de ses camarade de classe, après que celui-ci est utilisé les rayons thermiques. Clark mène son enquête et finit par penser que ce garçon pourrait lui aussi venir de la planète Krypton. Entre temps, Helen, en s'installant chez Lex, découvre une pièce fermée à clé dans le manoir et demande des explications au fils Luthor qui est forcé d'avouer ses recherches secrètes sur Clark.

Quand Lana se fait agresser par un jeune homme prénommé Andy, Clark perd son contrôle et blesse l'agresseur. Martha et Jonathan qui doivent répondre des actes de leur fils, manque de perdre la ferme. L'adolescent commence alors à se poser des questions sur ses pouvoirs. Entre temps, l'ex-petit ami d'Helen débarque en ville pour la reconquérir. Celle-ci refuse et son ancien amant la poignarde, poussant Lex à rendre justice lui même.

Clark est le témoin du vol d'un camion transportant une grande quantité de kryptonite. En voulant arrêter les bandits, il est surpris de constater qu'il ne peut pas les stopper car ils sont aussi forts que lui. Il découvre qu'un des voleurs est un lycéen prénommé Eric qui inhale de la kryptonite pour améliorer ses performances sportives. Il le dénonce à la police mais quand le jeune homme s'en prend à M. et Mme Kent, il décide de régler l'affaire lui-même. Parallèlement, Lionel Luthor fait une proposition à Chloe tandis que Lana rencontre quelques problèmes avec son père et sa belle-mère.

Lana est terrifiée en voyant réapparaître son amie Emily, une petite fille de 10 ans qui s'était noyée il y a des années. Clark découvre qu'il s'agit d'un clone de la vraie fillette. Son père, qui travaille pour Lionel Luthor, a en effet réalisé une réplique de sa fille après sa mort. Quand Emily tente de noyer Lana, Clark la sauve mais le clone s'enfuit. Il trouve refuge auprès de Lionel, qui a, en prime, repris le contrôle des caves indiennes.

Le docteur Walden sort du coma et s'échappe de l'hôpital où Lex l'avait placé. Désormais doté de pouvoirs, il est persuadé que Clark est sur le point de détruire l'humanité et informe Lionel et Lex de tout ce qu'il sait. De son côté, Clark est terrifié en entendant la voix de Jor-El, son père biologique, qui l'appelle depuis son vaisseau spatial. Parallèlement, l'adolescent trouve enfin le courage d'avouer ses sentiments à Lana, ce qui provoque la jalousie de Chloe. Quant à Lex, il compromet sa relation avec Helen, qui rompt leurs fiançailles à la veille du mariage.

Jor-El annonce à Clark que l'heure est venue de réaliser sa destinée et de quitter Smallville. Clark refuse mais Jor-El lui assure que s'il n'obéit pas, le malheur s'abattra sur ceux qu'il aime. Désespéré, Clark décide de détruire le vaisseau. Une gigantesque explosion s'ensuit et ravage la ferme. Martha est blessée accidentellement et perd son bébé. Pendant ce temps, Chloe accepte l'offre de Lionel et s'apprête à révéler tout ce qu'elle sait sur Clark. Parallèlement, Helen et Lex qui se sont finalement mariés, prennent l'avion pour partir en lune de miel.