Clark vit à Metropolis depuis trois mois. Sous l'influence de la kryptonite rouge, il est mis en relation avec un baron du crime nommé Morgan Edge qui l'embauche pour s'introduire dans la tour LuthorCorp. Pendant ce temps, désespéré de ne pouvoir réunir sa famille, Jonathan prend des mesures draconiennes pour ramener Clark à la maison. Au manoir, Lionel accuse Helen d'avoir tué Lex.

Après que Jor-El ait octroyé temporairement des supers-pouvoirs à Jonathan, celui-ci s'engage avec son fils dans une terrible bataille au sommet de l'immeuble de la LuthorCorp. Entretemps, Lex revient chez lui et se demande qui de Lionel ou de Helen a provoqué son accident d'avion.

Clark découvre que quelqu'un chasse les gens affectés par la kryptonite et que la prochaine cible du tueur est Lex Luthor. Clark utilise ses pouvoirs pour sauver Lex, mais il est pris au dépourvu quand le tueur apprend sa faiblesse et lui tire dessus avec une balle en kryptonite.

Dans ses rêves, Clark est poursuivit par une jeune fille qui a besoin de son aide. Il découvre que c'est une voisine à lui, qui est dans le coma, un coma dont elle aurait dû sortir depuis longtemps. Il demande à Lana de l'aider à découvrir la vérité, ce qui lui fait courir un grave danger. Pendant ce temps, Lionel exige que Lex fasse une évaluation psychologique avant de reprendre le travail.

Perry White, un ancien journaliste prometteur dont la carrière fut détruite par Lionel Luthor, arrive à Smallville à la recherche d'histoires extraterrestres pour un tabloïd d'informations. En dépit du fait qu'il soit constamment ivre, Perry croit avoir vu Clark en train d'utiliser son extraordinaire supervitesse, alors il conçoit un dangereux plan afin de dévoiler les pouvoirs de Clark. Entretemps, Lex apprend que Perry a des preuves extrêment compromettantes sur le passé ombrageux de Lionel.

L'oncle de Lana, qui fut condamné pour le meurtre de sa femme il y a quarante ans, montre à sa nièce une image de l'homme qui d'après lui a réellement tué sa tante, et elle est choquée de découvrir que la personne ressemble étrangement à Clark. Persuadé que cet homme est en réalité Jor-El, Clark mène une enquête qui le conduit à un médaillon kryptonien qui lui permet de voir des éléments du passé et la vie que Jor-El avait commencé à lui préparer longtemps avant son arrivé sur Terre.

Clark devient suspicieux quand Lana, soudainement attirée par un étudiant, commence à agir avec rébellion, et finit par se retrouver en prison. Les soupçons de Clark sont confirmées lorsqu'il découvre que le nouveau petit ami de Lana possède des pouvoirs magnétiques et qu'il est capable de déplacer des objets ainsi que de changer les émotions des gens, mais quand il essaie de libérer Lana de l'emprise paranormale qui la contrôle, celle-ci tente de le tuer. Pendant ce temps, Lex découvre que Chloe a fouillé dans le passé de Lionel et essaie de la rallier afin d'unir leurs forces contre son père.

Lex retrouve Morgan Edge et le force à avouer ses combines douteuses avec Lionel, mais avant que Lex puisse les transmettre aux autorités, quelqu'un tente de le tuer au manoir. Echappant de peu à la mort, Lex s'enfuit et demande de l'aide à Clark. Cependant, lorsque Clark retourne au manoir pour enquêter, il ne trouve rien de suspect et commence à se demander si quelque chose s'est vraiment produit, surtout après que Lionel annonce que Lex a eu un traumatisme psychologique et qu'il devrait être interné.

Lex s'associe avec trois kryptomonstres pour attirer Clark à l'hôpital afin qu'il l'aide à s'enfuir après qu'il ait entendu Lionel demandé qu'on lui fasse subir des électrochocs pour effacer sa mémoire. Cependant, le plan tourne mal quand les kryptomonstres doublent Lex et utilisent de la kryptonite pour voler les pouvoirs de Clark. Entretemps, à l'hôpital, Lana rencontre un mystérieux étranger.

En essayant d'arrêter un vol, Clark est temporairement aveuglé quand il se sert de ses rayons thermiques et qu'ils sont accidentellement reflétés dans ses yeux par un morceau de kryptonite. Il réalise bientôt que son corps a développé une superbe audition pour compenser sa perte de vue. Cependant, Clark ne contrôle pas vraiment son nouveau pouvoir.

Clark et Lana attentent à la vie de Chloe pour des raisons inconnues après qu'ils aient reçu un mystérieux e-mail de l'Institut Sommerholt. Clark doit découvrir la source de ces e-mails après que Chloe lui ai indiqué qu'elle a découvert que ce laboratoire fait des recherche sur le contrôle de la pensée et elle réalise qu'ils vont essayé de la tuer pour l'empêcher d'écrire un article. Pendant ce temps, Lana décide de louer l'appartement au-dessus du café à Adam bien qu'elle sente qu'il cache quelque chose de dangereux au sujet de son passé.

Clark découvre que son camarade de classe Jordan peut prévoir le futur, mais il est horrifié quand Jordan lui apprend qu'il "voit" Lana mourir dans un incendie dans les jours à venir. Pendant ce temps, trouvant le comportement d'Adam suspect, Chloe enquête sur son passé et découvre quelques informations inquiétantes.

Après que Pete est volontairement perdu une course de voitures dans les rues, les voyous qui courent contre lui, menace sa vie et il demande donc à Clark d'utiliser ses pouvoirs pour les arrêter. Bien que furieux que Pete le mette dans une telle situation, Clark doit trouver une manière de sauver Pete et de protéger son secret. Pendant ce temps, Jonathan commence à ressentir les conséquences de son pacte avec Jor-El.

Clark est forcé d'utiliser ses pouvoirs devant Alicia, une nouvelle élève à l'école, mais il est étonné de découvrir qu'elle aussi possède des dons. Un lien se crée entre eux de par leurs pouvoirs cachés, mais les choses tournent mal après qu'Alicia devienne obsédée à l'idée de partager Clark avec n'importe qui d'autre, particulièrement Lana. Pendant ce temps, Lana demande à Lex d'enquêter sur Adam.

Tandis que son père attend son opération chirurgicale, Clark aide un jeune garçon qui est devenu son ami, Garrett, dont le frère Vince vient de mourir d'une maladie du foie. Cependant, tout le monde est choqué quand Vince apparaît bien vivant à l'hôpital, jusqu'à ce que son foie le rende de nouveau mourant. Dans une tentative désespérée de maintenir son frère en vie, Garrett place une bombe de kryptonite sur lui et demande que l'on greffe le foie de Jonathan sur Vince ou il fera sauter le bâtiment.

Clark reçoit un appel paniqué de Lana et entend un coup de feu avant que la ligne ne soit coupée, mais quand il arrive au Talon il est surpris de découvrir qu'elle est vivante et qu'elle va bien. Clark réalise que l'appel téléphonique aura lieu le lendemain et qu'Adam est celui qui veut tirer sur Lana.

Quand Jonathan commence à se comporter de façon étrange, Clark croit que Jor-El envoie des messages à Jonathan par le biais de la clé et que cela serait la cause de son retrait de la famille. Clark se rend dans les grottes pour affronter son père biologique mais Lionel le surprend et commence à rassembler les éléments entre eux, le menant directement au docteur Swann. Face à face, les 2 milliardaires concluent un accord et les véritables motivations de Lionel sont révélées.

Quand Chloe inhale accidentellement un mystérieux krypto-gaz, elle découvre que cela lui sert de sérum de vérité avec toutes les personnes qui rentrent en contact avec elle et décide alors de profiter de son nouveau pouvoir en se rendant chez les Kent pour découvrir le secret de Clark. Cependant, son pouvoir entraine de fatales conséquences et Clark doit trouver une antidote avant qu'elle ne découvre la vérité sur lui ou pire, qu'elle meure.

Croyant que des informations importantes sur son père ont été perdues lors de l'effacement de sa mémoire, Lex décide de rejoindre un programme expérimental dirigé par le docteur Garner pour regagner ces informations et ainsi livrer son père au FBI. Sachant que Lex découvrira son secret s'il récupère sa mémoire, Clark essaye de l'en empêcher mais il est attrapé par Lionel et le docteur qui l'expose au même traitement radical, de sorte que Lionel puisse résoudre le mystère du passé de Clark.

Quand un indien Kawatche vole un couteau mythique dans les grottes, il bénéficie de supers pouvoirs semblables à ceux de Clark, ce qui porte le jeune homme à croire qu'il est le légendaire Naman, "l'homme qui est venu des étoiles." Clark apprend que selon une légende Kawatche un certain couteau serait capable de tuer Naman et il prévoit alors de le récupérer avant que le jeune indien ne puisse l'employer contre Lionel.

Clark décide de révéler son secret à Lana pour qu'ils puissent enfin être ensemble. Pendant ce temps, un agent du FBI corrompu enlève et torture Pete pour le forcer à révéler le secret de Clark. En outre, Lex panique quand le FBI lui donne 24 heures pour fournir des informations sur son père s'il ne veut pas aller en prison, mais une source inattendue lui apporte son aide.

Les choses s'accélèrent à Smallville lorsque Kara, une jolie fille avec de superpouvoirs, assure venir de Krypton et essaye de convaincre Clark d'accomplir sa destinée. Accablé, Clark se tourne vers ses parents pour leur demander conseille mais il est choqué quand Kara oblige finalement Jonathan à révéler l'accord passé avec Jor-El. En outre, Clark fait une découverte qui redéfinit finalement ses rapports avec Lex, et sa relation avec Lana prend un dernier tournant.