Clark dit à Jor-El qu'il est prêt à commencer sa formation mais Jor-El le renvoie à Metropolis pour couper les liens avec Loïs avant qu'il ne puisse commencer. Chloe est choquée quand Loïs réapparaît subitement après avoir disparu depuis des semaines, mais la jeune femme n'a aucun souvenir de s'être évanouie dans les airs avec la bague de la Légion. Alors qu'elle enquête sur un accident de monorail, Loïs rencontre John Corben, un reporter du Daily Planet qui a une attitude négative envers "l'homme à la tache rouge et bleue". Chloe supplie Clark d'utiliser l'Anneau de la Légion pour revenir en arrière et ainsi sauver Jimmy, mais il refuse, creusant un peu plus un fossé dans leur amitié. Pendant ce temps, Oliver avance sur une route obscure et Zod arrive au manoir des Luthor.

Après avoir été heurté par un camion, John Corben se réveille seul dans un appartement abandonné, comme un homme machine avec un coeur de Kryptonite. Corben réalise qu'il a maintenant une force surhumaine et se met en tête de se venger de "l'homme à la tache rouge et bleue", qu'il considère comme un irresponsable. Contre la volonté de Clark, Loïs se rend compte que Corben n'est pas normal et se retrouve kidnappée par ce dernier.

Un des hommes de Zod libère un virus dans l'air qui transforme les humains en zombies. La seule façon de l'arrêter est de créer un antidote à partir du sang d'un autre kryptonien. Après que Loïs a été infectée, Chloe demande à Clark de donner son sang pour arrêter l'épidémie.

Tess force Oliver à venir à un gala de Queen Industries afin de mettre le conseil d'administration à l'aise, mais les choses tournent mal quand Toyman arrive avec une bombe et un plan pour se venger d'Oliver. Il veut qu'Oliver avoue le meurtre de Lex où il fera sauter le bâtiment. Pendant ce temps, dans le cadre de sa formation, Jor-El donne à Clark la capacité d'entendre les pensées des autres.

Oliver est drogué et kidnappé par une femme prénommée Victoria, alias Roulette, qui lui dit qu'il est impliqué dans un jeu dangereux et qu'il doit se battre pour sa vie. Après que Victoria est retrouvée morte, Oliver est arrêté par la police et il se tourne vers Chloé pour l'aider. Pendant ce temps, Loïs reproche à Clark de ne pas lui avoir parlé de la tentative de suicide d'Oliver.

Oliver essaye d'aider une jeune fille de la rue, Mia, alias Speedy. Il veut la sortir de sa vie dangereuse en l'entraînant mais elle le double. Loïs demande à Clark de l'aider à décrocher un emploi comme animatrice de télévision mais le duo est stupéfait quand la chaîne veut les embaucher en tant qu'équipe.

Jor-El, à la recherche de son fils, arrive mystérieusement à la ferme des Kent mais c'est sur Chloé qu'il tombe. Convaincu que "l'homme à la tache rouge et bleue" est Jor-El, Zod demande à Tess de l'aider à le chercher pour le forcer à révéler le secret de ses pouvoirs. Quand Clark réalise que Jor-El est vivant et sur Terre, il comprend qu'il doit absolument le trouver avant Zod.

Les super jumeaux Zan et Jayna arrivent à Metropolis pour aider "l'homme à la tache rouge et bleue" à combattre le crime mais ils finissent par saboter plusieurs sauvetages, mettant Clark dans une situation délicate par rapport aux autorités locales. Il prend alors la décision de révéler la véritable identité de "l'homme à la tache rouge et bleue" pour ne pas entacher sa réputation.

Tess kidnappe Loïs pour savoir où elle était quand elle a disparu pendant des semaines. Les souvenirs du futur de Loïs dépeignent Metropolis sous le contrôle de Zod, Clark sans pouvoirs sous un soleil rouge et Chloe et Oliver qui forment un groupe de résistance. Après avoir pris connaissance de ces événements futurs, Clark prend une décision importante concernant Zod. A noter que cet épisode se déroule presque exclusivement dans le futur.

Le passé d'Oliver revient le hanter sous la forme du Dark Archer, son ancien professeur, qui cherche à se venger de son ancien élève en prenant Lois et Chloé pour cible. Oliver affronte le Dark Archer après que son ancien mentor ait kidnappé Mia alias “Speedy” mais il est poussé dans ses derniers retranchements et Clark entame une course contre la montre pour l'empêcher de faire une autre erreur fatale.

Un homme dénommé Sylvester Pemberton recherche Chloé et lui dit qu'il connait son équipe de super-héros et qu'il a besoin de leur aide. Mais avant qu'il ne puisse en dire d'avantage, il est attaqué et tué par Icicle. L'enquête de Clark et Chloé mène Clark à l'ancien quartier général de la "Justice Society of America" où il rencontre Nelson - Dr. Fate -, Carter Hall - Hawkman - et Courtney - Star Girl -. Courtney implore Hawkman et Dr. Fate de l'aider à attraper le tueur qui élimine leur groupe mais ils sont rétissants à revêtir à nouveau les costumes. Clark, John Jones, Green Arrow et Chloé se réunissent pour leur venir en aide et arrêter Icicle avant qu'il ne tue un autre membre du groupe. Dans le même temps, Lois reçoit un paquet d'une mystérieuse agence, Checkmate, dirigée par Amanda Waller.

Clark rencontre Zatanna a une convention de comics, où elle confit à Clark que son père a jeté un sort sur un des livres Warrior Angel et qu'il contient des pouvoirs magiques. Un jeune homme, Stephen vole le comic en question et développe des supers pouvoirs, le faisant devenir Warrior Angel en sauvant la vie de Chloé d'un horrible accident. Pendant ce temps, Lois devient jalouse du rapprochement entre Clark et Zatanna.

C'est la Saint Valentin et alors que Clark est dehors en rendez vous avec Lois, il est inconsciemment contaminé par de de la kryptonite, qui exhausse ses moindres vœux. Clark mentionne à Lois qu'il aimerait avoir une relation plus traditionnelle avec elle, Lois démission alors du Daily Planet, emménage à la ferme et commence à planifier leur mariage. Toujours inconscient de son pouvoir, Clark confie à Chloé qu'il aimerait qu'elle soit plus protectrice avec lui, c'est donc une chloé infectée qui s'exécute et a une nouvelle cible.. Lois.

Bernard Chishom, un docteur décédé mais ramené à la vie par les kandoriens, pour pouvoir expérimenter sur lui, s'échappe et kidnappe quelques kandoriens afin de prouver que les extraterrestres ont envahit la terre. Bernard essaye de faire écrire à Lois une histoire pour valider ses déclarations, mais lorsque Lois refuse, il l'a kidnappe elle aussi. Dans un effort pour sauver son peuple, Zod se présente comme un journaliste du Daily Planet et découvre le laboratoire secret de Bernard. Clark arrive au laboratoire juste à temps pour voir Zod se faire tuer.

Lois et Clark s'éloignent un peu de la ville le temps d'une escapade romantique, mais leur plan est contrarié lorsqu'ils tombent sur Chloé et Oliver dans leur auberge Bed and Breakfast. Cette étrange et surprenante rencontre est interrompue par l'arrivée de Silver Banchee, qui jette son dévolu sur Clark et Oliver. Loin de tout ça, Tess affronte Zod dans un combat dont la finalité est pour le moins surprenante.

Tess met en place un stratagème dans le but de kidnapper Green Arrow et le livrer à Amanda Waller, qui lui dit que le gouvernement recrute pour servir le pays. Mais Green Arrow s'échappe avant qu'ils ne découvrent son identité. Oliver informe alors Clark et Chloé, et le trio enquête alors et Clark est surpris de retrouver John Jones enquêtant sur la même affaire. Clark sent que John lui cache quelque chose, mais il n'est pas au bout de ses surprises lorsque Tess révèle qu'Amanda est sur le point de trouver la "Tour de guet". Waller menace alors de tuer Chloé si Clark ne lui donne pas les noms et localisations des membres de la Justice League.

Zod continue à se faire passer pour The Blur et demande à Lois d'enquêter sur un des laboratoires secrets de Tess. Une explosion a lieu au laboratoire et Lois est sauvé par John Corben, qui était le sujet d'études des expériences. Alors qu'il enquête sur l'explosion, Clark est exposé à de la kryptonite rouge. C'est un Clark infecté qui emmène Zod à la forteresse. Tess s'en remet à Chloé pour de l'aide, et elles envoient Corben empêcher Clark de révéler tous ses secrets.

Loïs, enquête à propos de la récente sortie de prison de l'ex procureur du district, Ray Sacks, mais il la menace avec une arme lorsqu'ils se retrouvent face à face. The Blur la sauve, mais la scène est photographiée par un livreur qui prévoit de vendre la photo à Sacks. Loïs et Clark tentent chacun d'empêcher la livraison de la photo et se heurtent à Maxwell Lord, riche magnat et chef de l'organisation Checkmate, qui est essaye de découvrir l'identité du Blur afin de l'éliminer. Pendant ce temps Chloé découvre le secret de Zod.

Tess pénètre dans la Tour de Guet, déclenchant un système de haute sécurité installé par Chloé, qui a pour conséquence de piéger les 2 femmes à l'intérieur. Chloé réalise que les kandoriens téléchargent des informations depuis le serveur de la Tour de Guet, ce qui l'incite à effectuer un geste radical. Oliver affronte Zod mais se retrouve avec un "Z" brûlé sur la poitrine. Finalement, Clark découvre que Zod a partagé ses pouvoirs avec ses soldats.

A la grande surprise de Clark, Martha Kent revient à Smallville en compagnie de son nouveau petit ami, Perry White. Lois et Perry s'aperçoivent qu'ils enquêtent tous deux sur la Reine Rouge et décident de former une équipe, ce qui les met sérieusement en danger. Chloé aide Clark à chercher le Livre de Rao, dont ils pensent qu'il contient des informations sur la manière d'arrêter Zod et son armée.

Zod lâche son armée à travers le monde, forçant Chloé à appeler des vieux amis en renforts. Zod révèle à Loïs qu'il est le Blur et lui demande de dérober le Livre de Rao à Clark. Déchirée entre Clark et le Blur, Loïs demande à Clark d'être honnête et de tout clarifier mais il refuse. Chloé et Oliver tentent de reconnecter le système satellitaire de la Tour de Guet dans le but de combattre les Kandoriens mais Oliver se fait kidnapper et disparait, au grand désespoir de Chloé. Tess tente de stopper Zod mais il la laisse entre la vie et la mort. Clark et Zod combattent pour le contrôle de la Terre.