Après avoir aidé Wallace, un nouveau qui avait été accroché au mât du lyçée, Veronica finit par avoir des problèmes avec le gang de motards qui l'avait accroché là haut. Afin d'éloigner le gang de Wallace, Veronica met au point un plan qui éviterait la prison à des copains de Weevil, le chef de gang, mais créerait aussi pas mal de problèmes à Logan Echolls et au Sheriff Lamb.

Veronica et Wallace mènent l'enquête lorsque la police suspecte Weevil de fraude de carte bancaire appartenant à la famille Echolls et pour laquelle sa grand mère a été arrêtée. Lorsque Weevil confesse plus tard avoir libéré sa grand mère, Veronica n'est pas convaincue de sa culpabilité et continue ses investigations....

Un camarade de classe, Justin, demande à Veronica de retrouver son père. Keith rencontre la conseillère d'orientation de Veronica qui se fait du soucis au sujet des récents évènements tragiques dans la vie de la jeune fille. Pendant ce temps, les sentiments de Veronica pour Duncan ne semblent pas avoir disparu…

La fille dont Wallace est amoureux, Georgia a été arnaquée de 6000 dollars. Wallace demande les services de Veronica pour l'aider à coincer son pseudo ami l'ayant arnaqué. Pendant ce temps, Véronica hésite à accepter l'invitation de Troy au bal et est hantée par le souvenir de Lilly et du merveilleux bal qu'elles ont vécu l'année dernière.

Lorsque la voiture de Troy est volée à Tijuana, Veronica tente de le sauver du pensionnat en localisant la voiture. Malheureusement, elle rencontre plusieurs obstacles et doit aussi aider son ami Luke dont un paquet de stéroïdes qu'il devait à son entraîneur était sur le siège arrière.lors de l'enquête, Veronica en découvre plus sur son petit-ami... Pendant ce temps, Keith sort avec la conseillère d'orientation de Veronica ce qui ne lui plaît pas du tout.

Lorsque Wanda Varner annonce publiquement qu'elle se présente comme présidente de classe afin d'abolir le système Pirate Points , Logan prend les choses en main et nomine Duncan à fin de lui mettre des batons dans les roues. Duncan gagne l'élection sans même faire campagne et Veronica suspecte de la triche. On découvre dans cet épisode les parents de Logan et notamment son père abusif.

La voisine de Veronica disparaît après s'être disputée avec son petit ami. Aussi, Veronica est désignée pour aider le coordinateur de la réunion de la promo 1979 et découvre que sa mère et Jake Kane étaient un couple. Pendant ce temps, Weevil et Logan sont en retenue ensemble et se découvrent des intêrets communs...

Veronica aide Meg une amie 09er dont la réputation a été ruinée par les faux résultats à un test de pureté qu'elle n'a pas fait. V recherche le pirate mais les choses se compliquent lorsqu'elle se rend compte qu'il a son mot de passe privé de l'école. Pendant ce temps, la mère de Wallace fait face à un colocataire dangeureux mais refuse l'aide de Keith...

Lorsque Casey, un élève de Neptune High, change du jour au lendemain de comportement, ses parents engagent Keith à fin d'enquêter sur une sorte de secte, dont leur fils est membre. Mais plus Veronica enquête sur les membres de la "communauté", moins elle pense qu'ils sont dangereux…

Lorsque les 5000 dollars que Weevil avait gagné au poker organisé par Logan disparaissent, Veronica accepte de les aider à retrouver l'argent. Pendant ce temps, Lynn Echolls engage Keith à fin qu'il enquête sur d'étranges mots laissés par un admirateur de son mari

Selon la rumeur à Neptune High, Veronica est bonne pour découvrir la vérité sur les gens. Mais quand Mac lui demande son aide, elle trouve certaines informations à son sujet qu pourrait radicalement changer sa vie. Pendant ce temps, le Shériff demande l'aide de Keith à fin de traquer un serial killer que tout le monde pensait en prison...

Veronica est accusée de fabriquer de fausses cartes d'identité et est suspendue du lycée avant d'être arrêtée. Un garçon qu'elle n'a jamais rencontré lui dit que tout cela a été organisé par une société secrète connue sous le nom des "Tritons". Aussi Veronica, en mettant un micro dans le bureau de la conseillère d'orientation apprend de nouvelles choses concernant Duncan, Logan, Lilly mais aussi Weevil...

Un producteur de hip hop Percy "Bone" Hamilton engage Keith à fin qu'il retrouve sa fille Yolanda, qui selon lui, a été kidnappée. Veronica prend l'affaire à cœur car Yolanda était de ses amies il y a longtemps de ça. Pendant ce temps, Logan refuse de croire au suicide de sa mère…et l'attitude de son père n'arrange rien.

Quand une jeune fille poursuit un professeur très populaire pour harcèlement sexuel, Veronica doit travailler contre son père, ce dernier ayant été engagé par les parents de la jeune fille à fin de prouver que le prof est coupable.

Veronica recherche le fiancé d'une jeune femme russe, un acteur nommé Tom Cruz. Elle tente aussi de découvrir qui est l'admirateur secret de Meg alors que les espoirs de Logan concernant sa mère sont réduit à néant.

Après des retrouvailles très émotionnelles avec sa mère, Veronica est engagée pour retrouver la mascotte du lyçée de Neptune, Polly le perroquet. Il aurait apparemment été kidnappé par l'école rivale la veille d'un match important de basket entre les deux équipes. Pendant ce temps, les soupçons de Veronica sur la famille Kane s'accentue, Elle tente d'accéder aux K7 d'interrogatoire des époux Kane dans le coffre de son père.

Veronica cherche à savoir qui fait tout son possible pour empêcher Sabrina, élève studieuse d'obtenir une bourse pour une école prestigieuse. Keith voit débarquer dans son bureau un détective frimeur qui lui fait une prpoposition. Veronica poursuit son idée de trouver une preuve qu'Abel Koontz n'a pas tué Lilly, alors que Logan tombe sur l'ordinateur de Veronica où elle stocke toutes son investigation sur le meurtre de Lilly.

Une série inhabituelle de sonnerie d'alerte à incendie amène Veronica à découvrir que le lyçée de Neptune a reçu des alertes à la bombe. Elle pouse alors Wallace et Mac à l'aider à trouver qui parmi leurs camarades de classe a pu lancer une menace sérieuse d'alerte à la bombe, même le nouveau lyçéen Ben est interrogé. Keith apprend avec qui Veronica sort. Duncan confronte Veronica au sujet du fichier qu'elle a sur lui dans l'enquête sur le meurtre de sa soeur.

En aidant Mandy, une de ses camarades de classe à retrouver son chien, Veronica tombe sur un très gros mystère, qui affecte les animaux de compagnie de Neptune. Chez les Echolls la tension monte lorque Trina essaye de convaincre son père, maintenant "retraité" de participer au projet de son petit ami producteur. Plus tard, Weevil est arrêté alors qu'il était rentré par effraction dans la chambre de Lilly, à la résidence des Kane.

Quand un lyçéen se fait larguer par sa copine et la menace d'envoyer à tous leurs amis une video humiliante d'elle si elle le largue définitivement, Veronica aide la fille à concocter une affaire qui les détruirait tous les deux si le garçon n'accepte pas d'arrêter leur relation de façon calme. Keith commence à chercher Duncan après que ses parents ont promis une forte récompense pour toutes informations sur le lieu où il se trouve. Plus tard, alors que sa relation secrète avec Logan commence à se mettre en place, Veronica découvre quelque chose au sujet de la nuit où elle a été droguée et agressée.

Determinée à découvrir la vérité au sujet de la nuit où elle a été droguée et violée, Veronica interroge ses amis et ses nombreux ennemis sur une chaîne d'évènements qui se sont passés la nuit de la fête chez Shelley Pomroy. Quand une petite affaire de Veronica et Wallace affecte son travail chez Kane's Software, Alicia confronte Keith au sujet de la trahison de sa fille. Aaron Echolls, dans le but de se rapprocher de son fils programme une fête surprise d'anniversaire qui surprendra tout le monde pour d'autres raisons.

Dans un épisode final bourré d'action, Veronica doit être trahie par quelqu'un à qui elle tient énormément alors qu'elle résoud le mystère de toute la saison, à savoir qui a tué Lilly Kane? Mais ce qu'elle découvre met sa vie en danger. La veille d'une réception pour le gouverneur de Califorie chez les Kane, Jake Kane demande à Duncan s'il veut savoir ce qui s'est réellemnt passé la nuit où Lilly est morte. Keith reçoit les résultats du test de paternité.