Bienvenue à Hearst College, où Veronica prend ses premiers cours... de criminologie!! La nouvelle vie d'étudiante, les nouveaux colocataires... Nouveaux colocataires??? Eh oui! Wallace partage la chambre d'un certain Piz, et Mac celle de Parker. Et qui dit nouvelles personnes dit nouveaux problèmes pour Veronica! Ainsi, il lui faut retrouver les affaires qu'on a volé à Piz. Quant à Parker, Mac a du mal à la supporter, et ose à peine entrer dans sa chambre... mais le personnage va malheureusement évoluer au fil de l'épisode pour finalement constituer le premier gros mystère de la saison. En parlant de mystère (et donc d'enquête)... Nous voici à Mars Investigations: Keith est chargé par Kendall d'aller chercher son amant à sa sortie de prison, ce qui n'est pas de tout repos, pas vrai Keith? Et Logan dans tout ça? Mais Logan a suivi Veronica, à Hearst College: à eux deux, ils forment toujours le LoVe, mais Logan est rongé par la mort de Beaver, tout comme l'est Dick... mais les deux garçons ne le vivent pas forcément de la même manière.

Logan et Wallace participent à une expérience dans le cadre d'une étude sociologique sur les prisons. Logan, et d'autre avec lui, sont ainsi les prisonniers pendant une semaine, et Wallace en sera l'un des gardiens. Il s'agit de voir les comportements entre dominants et dominés. Keith fuie la maison dans laquelle il a amené Cormac. Ce dernier est tué par son frère Liam, qui se lance à la poursuite de Keith et de la valise pleine d'argent. Parker est traumatisée par son viol et en veut à Veronica, qui était présente lors de son agression et n'a rien fait pour l'empêcher. Veronica se défend du mieux qu'elle le peut, et se promet de découvrir l'identité du violeur. Pour gagner de l'argent, elle devient membre du journal de l'université. Sa première mission est de se rendre chez les Zeta Theta Beta, une association d'étudiante (l'équivalent féminin des fraternités), pour y mener une enquête sur les comportements sexuels. Parker s'est rendue chez les ZTB avant son viol.

Piz demande à Veronica de découvrir qui a volé le cahier de tactique de l'équipe Kurt, c'est à dire celle de Hearst College. Veronica est jalouse car Logan accepte de se rendre à une soirée, alors qu'il refuse sans cesse ce qu'elle lui propose. Elle décide donc de le pister. Cet épisode signe aussi le retour de Weevil, dont la peine de prison a été commuée en liberté, sous condition qu'il trouve un travail. Engagé dans une station essence, il se fâche avec le pompiste, et Veronica lui trouve un nouveau job: assistant à Mars Investigations, au désespoir de Keith. Veronica aime toujours autant l'administration scolaire. Cette fois-ci, c'est à Dean O'Dell qu'elle a affaire. Le Directeur lui donne un ultimatum: soit elle dénonce ceux qui ont fait des plantations de canabis, soit elle est virée de l'université. Après le viol de Parker et celui de l'an dernier, des féministes manifestent en s'offrant comme victimes potentielles aux vioeurs. Certains ont plaisanté en refusant sans façon, à l'exception de la blonde au centre, Claire.

Une femme charge Keith d'enquêter sur son mari, et ainsi de savoir s'il la trompe ou non. En fait, ils se connaissent depuis longtemps, et le courant passe bien entre eux. Veronica explique à Parker qu'elle a déjà été violée et lui explique qu'elle va enquêter sur ces séries de viols. Les féministes, de leur côté, mènent leur propre enquête et accusent la fraternité des Pi-Sigs. Dick demande donc à Veronica de les dédouaner, ce qui entraîne des conflits d'intérêt pour Veronica. Logan demande à Veronica d'enquêter sur ses comptes, car de l'argent en disparait chaque mois. Veronica découvre que cet argent est destiné à un certain Charlie Stone, que Logan devra apprendre à connaître...

Wallace rate ses examens: ses coéquipers lui proposent donc de tricher en achetant le test et les réponses à l'assistant du prof. Lors d'une soirée au casino, Veronica, ainsi que les autres personnes présentes, se font braquer, et on vole le collier que Lilly lui avait offert. Veronica soupçonne Weevil et le fait arrêter. Le Doyen O'Dell et sa femme engagent Keith pour retrouver le fils de Mindy, qui peut aider leur propre fils en faisant un don.

Le Doyen O'Dell vire Claire, qui a menti sur son prétendu viol. Nish perd son job au journal, car elle n'a pas couvert l'histoire: de nouvelles amies de Veronica, pas de doute! Le prof de criminologie, Landry, propose à Veronica de la superviser, mais au même moment, la jeunne fille est accusée de plagiat. En se rendant au bureau de l'assistant de Landry, vronicadécouvre que Foyle s'occupe aussi du violeur en série. Wallace, qui a été démasqué, a le choix entre avoir un zéro, mais rester dans la promo, ou participer à un match et y gagner sa place de titulaire. Piz invite Veronica à un bowling: elle y vient accompagné de Logan et de Parker, qui a visiblement un faible pour le jeune homme, qui lui, préfère note détective. Mercer est suspecté de viol à la fois par Veronica, dont Parker se souvient avant son viol, et par Lamb, qui a trouvé du GHB chez lui... Mais Mercer a un alibi... Keith, quant à lui, passe de plus en plus de temps avec Harmony, mais rompt avec elle car elle est toujours mariée. Un évènement le fait changer d'avis.

Landry propose à Veronica un stage au FBI, ce que refuse la jeune fille, pensant ainsi qu'il cherche à l'acheter. Keith et Harmony filent le parfait amour jusqu'à être victimes de chantage. Keith doit également gérer l'attitude de sa fille, qui ne dort plus à la maison, ni même chez Logan, mais cherche à les fuir en restant chez Piz et Wallace. Veronica doit également trouver le petit ami de Meryl, ce qui conduit notre détective dans un endroit des plus caleureux: le pub des Fitzpatrick dont le chef Liam n'a pas oublié la famille Mars. Enfin, concernant le viol, Veronica avance en découvrant que Mercer avait un appel de l'émission de radio. Elle demande quand même à Logan de lui raconter ce qu'il s'est passé ce soir là.

Selma Rose, la petite fille de l'un des fondateurs de Hearst, et membre du Conseil d'Administration de l'université, disparait la nuit précédant le vote concernant l'avenir du système grec. Avec l'aide de Veronica, Keith enquête sur cette disparition à la demande du doyen O'Dell. Pendant ce temps Veronica est reprise comme photographe au journal de Hearst mais elle se dispute avec Logan à proposs de son implication dans l'affaire des viols sur le campus.

Les confréries sont réhabilitées par le doyen O'Dell qui apprend par Keith que sa femme le trompe avec le professeur Landry. Pendant ce temps, après avoir été plaquée par Logan, Veronica se replonge dans l'affaire des viols et découvre lors d'une soirée des Pi Sigs l'identité du violeur et de son complice à ses risques et périls. Heureusement, Keith arrête les deux hommes alors que Logan provoque les forces de l'ordre et se fait incarcéré dans la même cellule qu'eux... Le matin aprés la fête, Weevil retrouve le corps du doyen O'Dell.

Veronica convainc Mac de l'accompagner pour infiltrer une association qui défend les droits des animaux pour résoudre une affaire de kidnapping...de singe!! C'est aussi pour Veronica le moyen d'oublier sa séparation d'avec Logan. Pendant ce temps Mindy O'Dell demande à Keith d'enquêter sur le suicide de son mari...

Veronica aide un ami à retrouver la fille qu'il pense être "La bonne". Mais les recherches l'amène à découvrir que la fille est une prostitué ce qui cause beaucoup d'ennui à Veronica et à son ami.

Veronica fait des cauchemars de Logan en train de coucher avec Madison, bien que ce dernier fasse son possible pour qu’ils reprennent leur relation. Le jour, elle parvient quand même à enquêter sur la fausse couche de Bonnie, dont l’enfant était celui de Tim voire même celui de Dick. Il apparaît très vite que la jeune femme a absorbé des médicaments à son insu, médicaments destinés à lui faire perdre son enfant. Keith enquête toujours sur la mort du Doyen, et demande à Mindy des renseignements à propos du minivan. Cette dernière lui affirme avoir conduit une Volvo, mais elle est démentie par son ex-mari. Veronica découvre de son côté un nouveau témoin qui affirme avoir entendu le coup de feu.

Veronica enquête sur la mort de l’entraîneur de basket. Le fils de ce dernier est accusé, mais Veronica ne croit pas à sa culpabilité, et va donc faire son possible pour l’aider, surtout si cela implique retrouver les PCHers et embêter Sheriff Lamb. Logan, déprimé, reçoit la visite de Dick, qui a une manière bien à lui de réconforter son ami : il ramène deux filles : une de leur âge, et une gamine, que Logan aura à garder. Keith explique à Mindy qu’il abandonne l’enquête sur la mort du Doyen, mais Mindy, que beaucoup de choses accusent, lui demande de continuer. Veronica, de son côté, enquête sur la nuit de la mort du Doyen et interroge son professeur sur le film qu’il a commandé ce soir-là. Elle apprend également qu’il y a eu une dispute dans la chambre d’hôtel ce soir-là, entre deux hommes.

Veronica Mars derrière les barreaux... Lamb en rêvait, Lamb l'a fait! Mais Veronica parvient à se sortir de là, et part à la recherche de celui qu'elle aurait aidé à s'évader: Josh Barry. Elle va tout de même tenter de le disculper du meurtre de son père. Logan se reprend un peu et rejoint la bande formée par Wallace, Piz, et Parker lors d'un concours de la St Valentin. Cupidon va frapper, mais qui sera atteint par ses flèches? Keith et Veronica découvrent que le Doyen n'est pas mort à laquelle tout le monde le croyait, ce qui remet les Mars en plein doute.

Le Shériff Mars décide de reprendre l'enquête de la mort du Dean à zéro. Il interroge à nouveau Mindy, puis Landry, et en vient à arrêter le professeur de Veronica. Cette dernière, après avoir surpris Tim fouillant à Mars investigations, aide l'assistant à prouver que Landry n'a pas commis le meurtre. Veronica apprend une nouvelle fois à se méfier des apparences. Pendant ce temps, Landry, relâché grâce aux efforts des deux étudiants, retrouve Mindy au Papa's Cabin. Au revoir, Professeur Landry...

Desmond Fellows, un chanteur d'un group pop des années 90, est invité à participer à un concert de charité organisé par la radio de Hearst. Piz est donc chargé de s'occuper de son idole durant le séjour de celui ci sur le campus. Mais quand les enregistrements de secours viennent à disparaître, Piz implore Veronica pour qu'elle l'aide à les retrouver. Les élections au poste de shériff approchent et Keith pense être le seul candidat en course quand soudain surgit une autre candidature, une personne à laquelle on ne s'attend pas.

Veronica passe un examen pour devenir détective privée. Elle cherche non seulement à le réussir, mais également en profiter pour battre son père. Piz interview Apollo Bukenya, qui a été engagé très tôt dans l'armée ugandaise. Ce jeune n'a jamais connu son père. Or, ce père absent sera justement le premier client de Veronica, qui sera chargée de prouver qu'Apollo est bien son fils. Parker, quant à elle, connait ses premiers doutes avec Logan, qui avait décidé de partir surfer en la seule compagnie de Dick. Elle demande conseil à Veronica. Nous assistons aussi au retour de Richard Casablancas, ce qui donne de très belles scènes avec Dick. Enfin, Keith est confronté à une série de vols, qui le met une nouvelle fois aux prises avec les Fitzpatrick... et avec Cliff, qui se voit obligé de défendre l'un des accusés.

Des étudiants prétendent que Weevil leur a donné de fausses cartes d'identité. Veronica est donc chargée de l'innocenter, comme au bon vieux temps. Veronica cherche également à rassurer Piz. Cette phase câline est filmée et diffusée à tout le campus. et deux enquêtes, pour Veronica, deux! Wallace, pendant ce temps, est suivi. Il est en fait détecté pour appartenir à une mystérieuse organisation.

Logan a frappé Piz, pensant que le jeune homme avait lui-même diffusé la vidéo. Veronica, en colère, lui explique qu'il n'a plus rien à faire dans sa vie. Elle prend enfin le temps de découvrir qui est le coupable... une véritable surprise qui va la mettre dans une mauvaise posture, et son shérif de père avec.